第壹，焚書。
《史記·秦始皇本紀》:“我請史家把秦代的記錄都燒了。敢有詩，敢有書，敢有世界上幾百種語言而不做博士官的人，會小心翼翼地保存，燒掉。壹些敢於談詩談書的人拋棄了市場。把過去看做不是現在的壹家人。那些當官的見了不提，都是壹樣的罪。接下來30天不燒，就是壹座城了。不去者，醫蔔種樹之書。欲學法，以官為師。”
導火線:秦始皇三十四年(公元前213年)，齊余純嶽大夫反對當時實行的“郡縣制”，要求按古制分封子弟。宰相李斯予以駁斥，主張禁止民眾以私學取經，汙蔑國家大事。秦始皇采納了李斯的建議，下令燒毀除季芹以外的其他國家的史籍，還限期交出並燒毀了不屬於博士館的詩詞和書籍；有人敢談“詩”“書”處決，用過去滅絕民族；私塾是禁止的，想學法律法規的要以官為師。這就是“焚書”。但是，秦始皇保留了醫學、農業和畜牧業方面的技術和實用書籍。
第二，坑儒。
《史記·秦始皇本紀》:“皇帝聽說侯生、呂生的死訊，大怒曰:“我曾集天下無用之書。有許多文學方士，他們想促進和平與繁榮，方士想實踐神奇的藥物。今天聽說韓仲不報，徐石等費用幾萬塊。最後他拿不到藥，卻把強奸獲利的事告訴了日本人。盧生和其他人對我很好，但現在他們誹謗我，說重吾不道德。"
殺他的是方士，不是儒生。秦始皇三十五年(公元前212年)，方士呂生、侯生為秦始皇求仙未果後，私下議論秦始皇生平、治國、求仙之事，後攜巨額求仙款潛逃。秦始皇知道了這件事，大怒，遷怒於方士。他下令在首都進行搜查和審訊，抓獲了460人，並將他們活埋。
直到西漢末年才提出焚書坑儒的說法。《史記·儒林列傳》中記載“至秦末，六藝已失。”以司馬遷的風格，如果秦始皇殺了儒生，也就是“說書人”，肯定不會隨便寫成“術士”。直到西漢末年，孔安國(孔子10之孫)也在《尚書·序》中說:“第壹代經典為秦始皇所滅，天下士子皆逃而散。”劉向《西漢戰國策序》:“以刑為治，信小技為道。然後燒詩書，殺儒生。”從此變成了“焚書坑儒”。
所以，當初焚燒埋葬儒學的書籍，都是他國的詩詞、書籍、史籍，為的是防止儒生、遊客諷刺今人、議論此事，而醫書、農耕、種植所用的技術書籍並未受損；另外，困死的不是儒生，而是胡說八道汙蔑秦始皇的方士。直到漢武帝以後，儒家才排外，壹致認定秦始皇是暴君，秦朝是暴君，於是原來的焚書坑儒變成了“焚書坑儒”，作為秦始皇暴政的壹大證明。