黃壹舟自幼在家受教育，師從孟、鐘等兄弟，取長補短。他的父親，黃，寫了幾本書，如簡要介紹周和論語。他特別擅長“三禮”。他堅持鄭玄的學說，寫了《舉舉記》，說他以學問精湛著稱。《居記》中有壹篇論阮士仁的文章，稱阮元的《論語》、《孟子仁學》、《古人生訓》等著作都是出自段玉裁之論；也有人說，段《說文朱雯》中對仁、敬、才、理的解釋，可以革除前人之弊，是文字、聲音、訓詁所學不到的。段學因戴震而被黃氏三與神代之氣論、神代之理論、神代之性論所發明。可見徽派樸學學術思想的淵源和傳承。黃的家學淵源對黃壹舟影響很大，他獨尊禮治也源於他的家學。
黃壹生致力於經學，尤其是"三禮"，博大精深。他收集了漢唐清三代有關“三禮”的筆記和雜記，對古代禮制、學校、封建國家、田賦、樂法、刑法、名物乃至占蔔等進行了詳細的考釋和思考，堪稱晚清“禮”學之冠。據《清史稿》記載:“周獨守家學，以為鄭、宋為三代最著名的經學。而漢學、宋學之流弊，則背離聖經，不適用於鄭、朱。孔孟呢？有講學倡自理亭之清風。顧嘗雲:“經學即理學。”是顧家的教誨，是孔孟的遺言。《易》、《史》、《春秋》都有記載，尤以為始祖。”清代誌偉成《樸學大師傳》有雲:
先生是文人，不論漢宋門戶。他體現了“經學即理學”的訓練，遵循了孔子的遺言。說“易”，綜言成古，鄭、王無所忌憚。許多詩歌的序言。“書”必須堅持義的原則。《春秋》用的是類比的方法。三、傳記的校對以經典為例，確定其長短。而三“禮”尤為深刻。每詳考象說，日夜研究，成百卷，五十目，包括禮，本科備，究天人之性，傾註古今，蓋以杜甫《通典》，其考證不壹。古代儒者的訴訟聚會甚至被解凍了。
黃壹舟關於土地和農田制度的著作有《軍禮司馬法》兩卷，主張實行均田制。他說:“以北朝的均田制為標準，用尺子校準。據說今天的八寸是壹分，所以車不夠三個人坐。”其目的是為了治療儀式。在經學方面，黃壹舟學識醇厚，不提倡門派觀點。雖然他崇拜和朱，但這並不是簡單的皈依。他對近代朱的宋學和全謝山的忠信經學兼收並蓄，但只排斥陸、王的心學，認為他過於偏重，離經叛道。在《經訓義比較》壹書中，我認為:“要想克服漢宋學之弊，唯壹的學習方法是什麽？或雲‘禮是忠厚之薄’，謂壹言既出，駟馬難追；或者雲‘為吾輩之禮’，是壹個亂字。學術不詳，待遇尷尬。”在學習四書的時候，我覺得應該學習孟子的孔子。"薄熙來毀約，再也沒有吻過孔子."黃壹舟深信溫柏的儒家經典《禮記》是正確的行為方式，因此他要求孟子向孔聖之學習，並以《子思》作為其學術思想的支點。晚年撰寫《子子思解》，闡述自己的學術觀點。
黃毅周撰《李叔同古》、《景訊弼時》，編《軍禮司馬法》、《子子思解》。亦有《經說》六卷，專論名物之度，可與古相提並論，收入當季雜文。