《四庫全書》收錄了當時全國各地收集的流通書籍、清代朝廷收藏的書籍和《永樂大典》編纂的善本。征收標準應優先明確性學方法、評估法規、九流百家之言，不考慮族譜、書信、藩籬、壽詞、詠詩等。據統計，僅藏書數量就達13501。當時乾隆還規定，凡從作坊裏來的，都要交壹定的費用；如果是家書，就裝裱印刷；如果它沒有被印刷，手稿仍然存在。這些書經過篩選後，按照“手稿”和“書目”進行收集，其中“書目”並不記錄整本書，只是摘錄部分內容，而“手稿”則是經過整理、校勘、考證後，按照特定的格式再次復制保存，復制後還要與原文反復校勘。最後是3461本書。
為了美觀和易於識別，《四庫全書》采用分色裝飾，經線為綠色，歷史為紅色，分系為白色(或淺藍色)，收藏為灰黑色。四種顏色的確定取決於四個季節:春、夏、秋、冬。因為《四庫全書》的目錄是全書的大綱，所以采用了代表中央的黃色。
乾隆四十九年(1784)，四套書陸續完成，全書七冊，分別存放在北京故宮文遠閣、京郊圓明園文遠閣、奉天宮(今沈陽)文水閣、承德避暑山莊金文閣，合稱“故宮四閣”(或“北閣”)。文宗閣建於鎮江金山寺，文慧閣建於揚州大觀堂，溫嵐閣建於杭州西湖宮鼓山聖音寺，即“江浙三閣”(或“南三閣”)，各有壹份。壹份副本保存在史靜皇家藝術學院。其中文遠館完成最早，校勘更精，字體更工整。
乾隆五十二年(1787)，乾隆皇帝發現部分書籍在《四庫全書》中有謗文，於是下令對《四庫全書》進行重新檢查，最終刪除了11冊不同歷史的記載。不過，這11本書雖然從《四庫全書》中刪除了，但仍然存在於宮中，並未被銷毀。這11本書有9本至今還在流通。
嘉慶八年(1803)，紀昀主持了《四庫全書》官書最後壹部分的補充工作，進壹步完善。