厥陰的病理變化主要與肝衰竭和心包功能障礙引起的病理變化有關。當邪氣侵入厥陰，肝臟失去了散氣的功能，心包火發炎，無法溫腎水滋養肝木，氣郁不暢，則臟腑功能失調，陰陽楊燦不平衡，導致疾病的發生。
厥陰在三陰之末，其陰寒之氣達到極致，所謂“兩陰盡”，“昏者亦極陰。”也包含了陽氣開始生成的機制，所以厥陰本身就具有陰盛陽極而歸的特點。厥陰的病理變化表現為寒熱、寒熱混合、兩極轉化，臨床表現也較為復雜。總結起來，大致可以分為以下幾種證型:
1.寒證——邪氣由寒變，出現心尖疼痛、幹嘔、吐白沫等癥狀。，如肝胃虛寒、濁陰上行；或者看血虛寒凝證，主要是四逆，暈厥，寒脈。
2.熱證——邪氣由熱而變，表現為壹系列實熱的癥狀，如肝熱逼腸熱之證。
3.寒熱雜證——可見口渴難耐，氣沖心，心熱疼痛，饑餓不想吃東西，吃東西時嘔吐，或嘔吐，通便等。如痰證、寒熱嘔吐證、痰濁流膿證等。
4.氣滯證——邪氣入厥陰，肝郁不舒，胸脅脹滿，手足不溫。
5.厥熱勝於復熱證——表現為厥熱交替，或厥熱等量，或厥熱多而厥熱少，或厥熱。此證是厥陰病的臨床表現之壹，並非單壹疾病。
暈厥的病機見《傷寒論》第337條。仲景在此明確指出，厥證的病機在於“陰不相合”，但前人對陰的概念有不同的看法，或從陽經、陰經的經脈，或從肝、脾胃的病理變化，都是混亂的，而陳平伯的解釋是準確的。他認為“四肢受氣，五臟受陰，陰與楊琪相交。寒厥則陽不接陰，熱厥則陰不接陽。”這是陰陽不相容的基本道理。
具體來說，在正常的生理條件下，人體表裏之氣是相互聯系的，如無止境的運行，維持和協調機體內環境的相對平衡，這就是所謂的序貫聯系。在病理狀態下，陰陽失去平衡，表裏之氣不能相通連絡，就會出現厥證。或者陽虛達不到四時之末，或者食積、肝郁、邪熱等實邪不能阻止陽氣滲透到四時之末，說明陰陽不和。可見，陰不和是各種厥證的共同病機，而手足冰冷是厥證的典型癥狀，是《傷寒論》不同於《內經》的獨特理論，對臨床具有指導意義。