早在原始社會，我們的祖先就通過烤火取暖，他們知道用植物的葉子或動物的毛皮包裹熱石頭，放在身體的壹些部位，可以消除或減輕寒冷帶來的壹些疼痛。這是最早的熱熨法。後來他們了解到燃燒幹草和局部固定的溫熱刺激可以治愈更多的疾病，這就是艾灸的開始。古人用像針壹樣鋒利的石頭針刺身體的某些部位來治病。這是針灸。東漢《說文解字》中說:“可以用石頭捅出病來。”是對針灸的描述。針灸經常壹起使用，這就是所謂的針灸療法。大約從青銅時代開始，針灸的工具逐漸從砭石變為金屬制品，九針的創制就是這壹時期的產物。
中國在2000多年前就有關於針灸療法的書籍。如1973年長沙馬王堆西漢墓發現《足臂十壹脈灸經》和《陰陽十壹脈灸經》。這兩本書記錄了沿經絡的疼痛和麻木等癥狀，以及壹些疾病的艾灸治療。戰國時期重要的醫學著作《黃帝內經》提出了經絡理論，為針灸的發展提供了理論解釋。經絡是人體氣血循環的道路，經絡循環的路徑上有穴位，也稱“經穴”。臟腑的變化往往通過經絡反映在經絡穴位上。反過來，經絡穴位的針灸可以通過經絡的傳導來治療臟腑的疾病。這些都體現了中醫對人體的整體觀。
戰國時期，有壹位非常擅長針灸的名醫扁鵲。有壹天，扁鵲在虢國偶遇太子郭，因昏厥而死。皇宮裏的侍從們正準備棺材準備下葬。當扁鵲聽說王子生病了，他認為王子並沒有真的死，他被允許治療王子。扁鵲進宮後，檢查了王子的臉色，並為他把脈。他認為王子只是受了驚嚇。扁鵲拿出針，刺了王子的八個穴位。過了壹會兒，王子睜開眼睛，醒來了。扁鵲救了王子的消息很快傳遍了全國，人們稱贊他高超的醫術和使他起死回生的能力。
針灸是魏晉時期皇甫謐系統總結的。他參考了前人關於針灸的資料，結合自己的從醫經歷，撰寫了《針灸學A、b》壹書，這本書是我國最早的針灸專著。皇甫謐糾正了過去腧穴的紊亂，統壹了腧穴的名稱和位置。他確立了49個單穴和300個雙穴，闡述了針刺深度、留針時間和艾灸時間，說明了各穴的適應癥和禁忌癥的範圍。
唐代孫思邈繪制了三幅大型彩色針灸掛圖，其中人體前、後、側的12經脈用五色繪制，奇經八脈用綠色繪制，使針灸作品更加豐富多彩。孫思邈曾經治療過壹個腿疼的病人。他根據醫書上的穴位給病人針灸。半個月過去了，病人的腿痛卻不見好轉。後來他突然想到，除了醫書上提到的穴位，病人身上可能還有新的穴位。於是他耐心地尋找患者腿上的痛點，然後沿著痛點快速地將針紮進去，患者立刻有了刺痛感。過了壹會兒，病人的疼痛減輕了。第二天，孫思邈繼續在這個穴位紮針，沒有效果。他像昨天壹樣尋找新的痛點，沿著痛點紮針。幾天後，病人的腿痛痊愈了。從那時起，孫思邈創造了壹種新的針刺方法，哪裏有疼痛就刺哪裏，從而擴大了傳統穴位的範圍。他記得病人喊過:“啊！是的，是的……”於是我靈機壹動，給這個穴位起了壹個奇妙而貼切的名字“阿是穴”。這種紮石穴的針法壹直流傳至今。有壹次，孫思邈在救治壹位因難產而生命垂危的婦女時，只插了兩針，嬰兒就出生了，救了母親和嬰兒。孫思邈醫術高明，被老百姓尊稱為“藥王”。
1026年，宋代醫生王撰寫了《同仁腧穴針灸學圖說》，統壹了各派對腧穴的不同見解，選取了全身651個腧穴，為全國腧穴的統壹發揮了重要作用。他設計並監制了前兩個針灸銅像，使針灸圖像立體逼真，在針灸教學中發揮了巨大作用。在給針灸師檢查的時候，要先給銅人打蠟，然後幫他穿上衣服，往他體內註水。如果針進入穴位，水就會出來，否則針無法穿透。銅人是珍貴的針灸教學模型，結構精巧，造型逼真。《銅仁穴針灸圖說》和《銅仁穴針灸圖說》被醫家廣泛重視，並為後世所用。
針灸作為我國醫學的重要組成部分，在漫長的歷史發展過程中積累了臨床經驗，豐富了理論知識，也傳播到了世界各地，為人類保健和醫學科學的發展做出了巨大貢獻。