沿湖有35條河流。其中較大的河流有杭埠河、白石天河、排河、南淝河、楊洋河、高哲河和趙賀河。入湖河流呈向心性分布，且河源較短，區內地形凹凸不平，呈現出山溪性河流的特征。
巢湖水系分布很不對稱。杭埠河、白石天河、排河、南淝河、綏陽河、高哲河等主要河流均來自西部和北部山區，其中杭埠河、白石天河、南淝河是巢湖水系的主流，約占整個巢湖流域面積的70%。南方的河流較短，水量較少，如獅山河、古聖河、趙賀河、獅子河、郜林河等。巢湖水系的水從南、西、北三個方向流入湖中，然後在巢湖市城關流出湖，經玉溪河東南流向玉溪口，匯入長江。南淝河，發源於肥西縣長崗鄉，經東浦水庫、合肥市、建華、耿威、唐小營、楊墩、三岔河、板橋、石口流入巢湖，全長65公裏，流域面積1618.5平方公裏。其中，合肥市蕪湖路橋至石口可通航30公裏，是合肥市唯壹的水路。南淝河有13條支流，主要支流有李思河、上板橋河、店埠河、長樂河。
排河，發源於肥西縣中部的周公山、醴陵山等丘陵地帶，自西北向東南流經城西大橋、上排、中排、下排，流入巢湖，全長48.9公裏，流域面積584.6平方公裏。河床上遊窄而尖，下遊寬而緩。枯水期水深1m，主要支流有庫呂河、樹頭河、王老巖河、滾子河、古更河，多為季節性河流。常年被送到河口航行。
杭埠河是壹條天然河流。發源於嶽西縣主書苑，自西南向東北流經舒城縣龍河口、馬家河口至將軍氹，再經廬江縣京廣漢橋於王寺流下(肥西縣在左岸)，於大灘灣匯入豐樂河，匯新河入巢湖，全長139公裏。流域面積2070平方公裏(不含豐樂河)。
白石天河，又名白山河，發源於廬江北部金牛丘陵區，向東北流入三汊河牛首河，後右轉洛布河，經南嶺北流入巢湖，全長57公裏，流域面積843平方公裏。白石天河是壹條天然多沙河流。高山尖到石頭鎮36公裏叫金牛河。石頭鎮至白山河口21 km稱為白山河，河道淺窄，上遊泥沙流失嚴重。
趙賀是壹條人工河。原名漕河，又名皂河、馬尾河，全長13.6公裏。清代李恩減緩巢湖及其支流的記載；皂河位於潮縣馬尾河內，可連十余裏。被曹操打開，水進了窩。
高哲河，唐宋時名為石梁河，隨著高哲鎮的繁榮，改名為高哲河。發源於山東羅剎，流經高哲鎮，在河口村匯入巢湖，全長37公裏。是壹條平原河流，沿線有夏格河、中沿河流過，流域面積540平方公裏。
豐樂河，古稱桃溪，清代稱後河，又名何潔。總長117.5訴訟，流域面積2080平方公裏。有南、北、中三個源頭，都是出六安的。最初與杭埠河匯合，後向東延伸，在大灘灣匯合，註入巢湖。
唐川趙賀位於廬江縣東北部，由南向北，是連接黃陂湖、白湖、巢湖的樞紐水道。河道分為三段:峽橋至白湖段約5公裏，稱為唐川河(原名大峽、馬鹹、黃草溝、唐缺河)；唐川河至嶗山頸段稱為新河(白湖圍墾後新開的河道)，垂直貫穿白湖農場，長15km。嶗山頸至馬尾河口段稱為趙賀河(原名皂河，為人工河)，全長12公裏，是廬江與超縣的分界線。支流龍河(又名勝橋河)發源於二角子山，自西向東經勝橋鎮流入趙賀，長21.5km，匯水面積85km2。順崗河源頭出古山東麓，過海市蜃樓，經東灣進入新河，長11 km。白湖東環尾河環繞董大偉，其南北兩端分別與新河匯合，全長21.3km。西環衛河環繞西大圩，南北兩端分別與新河匯合，全長23公裏。環繞東西的渭河既是泄洪道和航運線，也是白湖農場與周邊縣的界河。
固勝河，橫穿廬江縣徐橋鄉，發源於牌坊附近的未名山，是壹條獨立的河流，自西南向東北流入巢湖，全長8公裏。1949、65438+10月、1後，對巢湖魚類資源進行了三次調查。1963采集到魚類標本83種，1973采集到67種，1980采集到78種。到20世紀90年代，巢湖共有魚類94種，隸屬於1目20科。
巢湖主要名優水產品有銀魚、美白蝦、湖蟹，被譽為“巢湖三鮮”。此外，在魚類資源中，湖鰱在巢湖漁業生產中占主導地位。紅鯉、“四大魚”、鯉魚、鯽魚等魚類都是巢湖優質的鮮活品種。
1，銀魚
巢湖產的銀魚主要是大銀魚和太湖短吻銀魚，長江銀魚也有少量。銀魚是巢湖的壹種定居魚類，古稱“殘魚”、“王魚”、“小白”。巢湖銀魚壹直有“魚中皇後”之稱。不僅體色俱佳，而且軟嫩可口，營養豐富，深受國內外消費者的喜愛。20世紀70年代以前，巢湖每年生產50 ~ 80噸銀魚。70年代後期，由於調整漁期、改革漁具漁法、保護產卵親魚等措施，銀魚資源逐年增加，1985年產量275噸。巢湖銀魚冷凍小包裝還遠銷德國、美國、日本等國家。
2.博尼托湖
是巢湖重要的小型經濟魚類，在巢湖魚類總產量中壹直占有較大比重。湖鯖魚遊動速度很快，肉質細嫩，肥而不膩，與鰣魚不同。每年6-7月是湖鰹繁殖高峰期。幼魚長得很快，三個月左右就能長成成魚，所以捕撈產量主要集中在兩個月:10，11。除了少量的鮮食，大部分湖鯉都是曬幹後銷往全國各地。
3.臥虎紅魚
翹嘴紅鲌是巢湖大型經濟魚類的優勢種，產量占巢湖大型魚類總產量的38 ~ 50%，是構成巢湖大型魚類產量的主要魚類。自上世紀60年代以來，由於“涼釣、濫釣”，“白魚”資源明顯減少。巢湖開發公司成立後，為提高“白魚”產量做了大量的研究工作。1981年“白魚”人工繁殖成功，為“白魚”資源的增殖和巢湖水產的發展開辟了壹條新路。
4.湖蟹
湖蟹，學名中華絨螯蟹，又名河蟹，俗稱“蟹”、“大閘蟹”，是巢湖珍貴的水產品之壹。巢湖建閘前，每年春天都有大量的中華絨螯蟹苗通過玉溪河入湖生長。自20世紀60年代設立玉溪門和巢湖門以來，幼蟹壹直被禁止進入巢湖。自1972以來，巢湖開發公司每年都向巢湖人工投放蟹苗和幼蟹，使巢湖湖蟹仍能保持壹定的產量。由於長江口蟹苗資源枯竭，巢湖湖蟹生產瀕臨危機。20世紀80年代，水產科技工作者在蟹苗人工育苗方面取得了重大突破，特別是安徽省滁縣水產研究所的淡水蟹苗人工育苗獲得成功，給巢湖湖蟹生產帶來了活力，巢湖每年蟹產量約為15 ~ 30萬斤。
5.美麗的白蝦
美麗白蝦，巢湖俗稱白蝦，是巢湖水產中的珍品，占巢湖蝦類組成的80%以上，是優勢種群。白蝦殼軟嫩，味道鮮美。因為分布在開闊水域湖區，所以產量高，是巢湖很多魚類的重要餌料。巢湖白蝦年捕獲量約為壹百萬斤。20世紀60年代，巢湖白蝦被運往國際市場。巢湖白蝦可以加工成蝦幹和蝦米，白蝦的籽可以加工成蝦籽。蝦又叫湖稻，巢湖是我國湖稻的主要產區之壹。巢湖沿岸的壹大片圩區裏有稻田和沼澤地。冬春季優勢種為扇尾雉、冠雉和紅腳鸛。白背磯鷸、森林磯鷸、綠腳磯鷸、澤鷸、黑腳磯鷸、尖尾磯鷸和紅嘴鷗是常見的種類；蒼鷺、大白鷺、紅點鴨、灰斑雉、大沙雉、針尾沙雉為稀有物種。夏季池鷺常見，偶爾可見小白鷺、劍鷺、灰頭雞。正常天氣下，裸露湖灘淺水區有大量水禽活動，但種類不多，以環頸鸻和紅嘴鷗為優勢種；鷺、扇尾沙雉、鷓鴣、海鷗為常見品種；黃貓頭鷹和鳳尾雉是稀有物種。風浪較大時，湖灘和淺水區很少有水禽活動。夏季由於雨水越來越多，入湖水量激增，湖水明顯上漲，湖灘面積銳減。在有限的裸露湖灘上只能看到大量的金眶鷸和少量的鷸。在蘆葦叢中，只看到大量的蘆葦鶯，偶爾看到蘆葦。湖區水鳥很少，偶爾也只看到幾只鴨子。但在鴨子遷徙期，可以看到大量野鴨在湖面上活動。冬季，湖區水面上空，尤其是湖灣支流上空，有大量紅嘴鷗和銀鷗在此越冬。