《傷寒論》是中醫溫病發展史上具有劃時代意義的標誌性著作，是中醫理論原創思維和臨床驗證新方法的突出體現。《明代吳友客》分上下兩卷，成書於仁武(1642)崇禎十五年。吳有科在《溫病論》中創造了“暴氣”學說，強調溫病與傷寒完全不同，明確指出“溫病是疾病，非風、寒、暑、濕，而是天地之氣感不同”。建立了表裏辨證治療的思維模式，創造了大元飲等治療溫病的有效方劑。對後世溫病的形成和發展產生了深遠的影響。
據《吳江縣誌》記載，寫《溫病論》時1642左右，吳縣連年有疫，壹巷百余戶，無壹幸免。壹扇門有幾十張嘴，沒有壹個活下來的。吳有科在《溫病論》原序中說“崇禎新，疫氣流行，感之者多。5、6月份，是非常有益的，或者說是有傳染性的。起源的時候，每次看到都是老師用陽性傷寒誤治法治。沒有人有危險...醫生不知所措，病人生命垂危。病情越急，醫療越亂。不要病死，要藥死；我不是死於醫學，而是死於古籍的遺忘。”在這樣的環境下，他深切感受到了當時醫學的不足，感嘆“守古法不適於今病，舍今病而不搜古書，用藥無效...幾千年來，他晟敏的不幸壹直是這樣的”。所以在臨床上，他“禪定而不察其情，入其門，達其所，隨其夫而變”，寫了《疫熱》