十六國南北朝時期，祖國內地戰亂頻仍，中原政權在新疆的統治逐漸削弱，但新疆漢人的存在卻壹直延續。很多內地漢族人遷移到河西走廊，然後遷移到新疆。他們和魏晉時期定居的士兵後代聚集在高昌(今吐魯番)，建立了以漢人為主體的高昌王國。公元5世紀末，晉城(今蘭州)人瞿佳稱帝為高昌王。這個屈的高昌王國存在了1.4年多，曾經是新疆最強大的政權。
維吾爾人起源於公元前3世紀遊牧在中國北方的壹個或壹些氏族、部落的後裔，更多的人認為他們是公元前3世紀遊牧在蒙古高原的丁涵人的後裔。在中國古代史籍中，元稹在南北朝時是鐵勒的壹部分，在隋朝時是吉煒的壹部分，在初唐時是會稽的壹部分。公元788年，會稽首領向唐高宗派遣使節，請求將會稽改名為“會稽”，意為強壯靈巧，如鸛翺翔於空中。
公元840年，回紇汗國發生內亂和雪災。留在當地的維吾爾人接受了維吾爾人的統治，大部分人被迫撤離蒙古高原。離開蒙古高原的維吾爾族中，壹部分南下到漢族聚居的地區，相當壹部分西遷到甘肅、涼山和天山南北。維吾爾族人以前去過，也有很多人待過。這極大地改變了西部地區的政治形勢和民族構成。西遷的回鶻人根據最終居住地可以分為三部分。壹種叫“河西回鶻”，他們遷居到甘肅河西，與當地融合，形成了今天的裕固族。二是遷到高昌至龜茲，天山以南，稱為“高昌回紇”。三是向帕米爾高原西部(帕米爾高原稱叢嶺)的“叢嶺回鶻”轉移。這壹時期，西域大部分地區由青藏高原上的吐蕃(今西藏)貴族統治。經過與他們的艱苦鬥爭，維吾爾人終於將西域南部牢牢地掌握在自己手中。隨後，西域出現了三個政權；壹是以吐魯番為中心的“高昌回鶻”，二是以和田為中心的“於闐大寶”，三是以中亞的巴拉沙和新疆的喀什為中心的“加拉罕王朝”...歷史是不斷發展變化的，西域原有的農耕民族已經從歷史記載中失去了蹤跡，而是從蒙古高原西遷的維吾爾人。