崇禎二年(1629)五月,因農歷初壹日食時間未查,侍郎徐光啟準確地將日食選在永樂大典。這是該書在明代唯壹出版的記錄。文遠亭在明末被燒毀,原來的永樂大典可能在這個時候被大火燒毀。清朝雍正年間,抄本從黃世貞移至國子監,翰林得以借閱。乾隆元年(1736),秀才全被分配到普通博物館學習,從中抄錄了《宋元圖經》等數種中國善本,並撰寫了《錢永樂大典》講故事。乾隆三十八年,清政府編纂《四庫全書》時,《永樂大典》已佚2000余卷,但仍從中編纂出500余種佚書。從那以後,這本書就陸續散了。鹹豐十年(1860),英法聯軍,光緒二十六年(1900),八國聯軍入侵北京,永樂大典滿目瘡痍,有的被燒有的被搶走,所剩無幾。
建國後,對該書進行了多方面的收集和整理。截止1959,已收集《永樂大典》正本215卷,加上抄本,共得730卷。1960由中華書局影印出版,裝訂成220卷,書前有郭沫若的序。1977臺北世界書店再版。之後在國內外收藏了63卷。1986年,中華書局收藏現存《永樂大典》近800卷,進行了還原和精裝印刷。