1978建校時，學院名稱為哲裏木盟醫學院([78]經教字第1427號)。當時，哲裏木盟屬吉林省管轄。哲裏木盟醫學院分為本科部和過渡部。本科部有蒙醫和臨床醫學兩個本科專業。1979，吉林省教育廳將哲裏木醫學院更名為哲裏木醫學院(字[79]第43號)。1979招收第壹屆蒙醫與臨床醫學專業本科學生。1984中專分離，恢復哲裏木盟衛校原建制。
1979年秋哲裏木盟回歸內蒙古自治區管轄後，1980+00月，內蒙古政府將籌建中的內蒙古民族醫學院從呼和浩特遷至通遼，哲裏木醫學院合並組建內蒙古民族醫學院，更名為內蒙古民族醫學院，確立了以蒙醫教育為主題的辦學方針。2月7日1987變更為內蒙古蒙醫學院(內務發展6號[1987])，同年4月20日召開成立大會。烏蘭夫副校長為內蒙古蒙醫學院題詞:“繼承和發揚蒙醫優秀遺產”，原衛生部部長崔月犁為學校題寫校名:“內蒙古蒙醫學院”。
通遼地區位於內蒙古東部，蒙古族人口絕對數量居自治區各市之首，占全區蒙古族人口的1/3，占全國蒙古族人口的1/4。當時通遼民族醫學院的選址是自治區政府對教育的區域均衡和民族分布的主要考慮。
學院成立蒙醫系1981，蒙醫系1987。
1985年，學院開始組織編寫第壹版國家蒙醫高等教育教材，出版了23本。截止1993年底，已全部投入使用，其中6本教材獲得自治區和國家獎勵。這項工作填補了蒙醫高等教育沒有正規教材的空白。
蒙醫專業獲1985自治區重點支持專業，蒙醫學科獲1987自治區重點學科。
1988招收第壹屆蒙醫專業大專班。
1995新增蒙醫骨科專業。
65438年7月+2000年6月，通遼三所高校合並組建內蒙古民族大學，65438年6月+10月65438+4月，成立蒙醫藥學院。