蒙醫的辨證方法主要有病因、定位、疾病。另外還有探索性用藥的辯證方法，多用於疑難病癥。治療的主要內容包括立法、處方和手術。蒙醫有十法:清、泄、溫、補、和、汗、吐、降、寧、養；還有幹“白蘇”(黃水)、殺“粘”(病菌、病毒)、導熱、溫補等獨特的治療原則。急是暫時的，慢是永久的。蒙醫非常重視人與自然環境、生活習慣和疾病的關系。特別是蒙古族，以肉、奶、炒飯為主食，經常會看到消化道疾病。所以蒙醫認為胃是人體的基礎，飲食起居得當尤為重要。在內科疾病的診療中，首先要關註消化系統是否異常，代謝是否無障礙，把改善胃腸消化吸收功能放在首位。因此，蒙醫在胃腸疾病的診治方面有著豐富的經驗和良好的療效。
此外，還有“臟腑學說”、“白脈學說”、“黑脈學說”、“四季發病規律”、“南北人口差異”等，以及獨特的鼠疫、發熱等理論學說和治療方法，指導著蒙醫的臨床實踐。