《黃帝內經》中有許多符合“四時”的重要內容，如:《蘇文·四氣調神》中說:“四時陰陽者，萬物之本也。所以聖人春夏養陽，秋冬養陰，以順其根，所以在生長之門，與萬物同升降。妳違背了它的根，妳就割斷了它的根，那就真的不好了。所以，陰陽四時是萬物之終，是生死之本。反之則為禍，從之，病不起，乃道也。”
蘇文《四時刺逆順從論》中說:“春天，天氣開始開放，大氣開始釋放，冰結水過，所以人氣在脈。夏季，人體氣機充盈，則入太陽絡脈而收血，皮膚飽滿。漫長的夏天，經絡充盈，肌肉溢出。秋天天氣開始收割，皮膚堵塞，皮膚焦慮。冬天人蓋藏，血氣在中，含骨髓，通五臟。邪神者，常以四時之氣血入客，其變化不可測度。”
在針灸和脈診中，受四時順序和陰陽輪換觀念的影響，形成了“四時脈診法”和以“四時”理論為基礎的針法。如果對早期的“陰陽家”沒有壹定的了解，就很難理解這些診療方法的概念。比如後世的脈象理論，把“浮脈”(即取有余，按不足)作為表裏有病的征兆，而在《黃帝內經》中，則認為是春天的正常脈象；後世的針灸是根據疾病的癥狀來決定深刺還是淺刺，秦漢時期則提倡依季節等等。這些都表明後世中醫基本上揚棄了這類內容，在養生上只繼承了春生、長夏、秋收、冬藏的思想。
陰陽家“使人畏懼”、“執於禁忌，泥於小數”的弊端，在中醫領域也有體現，如:正月、二月，天氣開始，風氣開始，人氣在肝；三四月，天氣正，大氣定，人氣在脾；5、6月天氣強，氣氛高，人氣在第壹位；七八月，殷琦開始殺青，人氣在肺；9、10月，殷琦開始結冰，大地之氣開始閉合，人心所向；11、12月，冰復，地和，人氣在腎。
相應的，自然也會有關於針法的規定:《蘇文真鏡終論》中說:“春夏秋冬，各有針法，法在其中。春刺夏分，脈亂氣弱，入骨髓，病不能治，使人不嗜食少氣；春刺秋分，筋逆氣絞，響咳不止，使人感驚而泣。春刺冬分，邪氣藏之，使人浮腫，不能自愈，欲言。”
以上只是對春天的描述，夏、秋、冬的細節就省略了。這些規律在針灸治療中沒有實際意義，因為其本質仍然屬於虛構的規律。但其實只要結合不同月份對“流行”的討論，就不難看出“禁忌”的本質。
在這壹版《黃帝內經》中，陰陽學說的應用逐漸發展成為壹個強調“對立與平衡”的抽象概念。這種陰陽學說與上述陰陽學說有著本質的區別。其中，陰陽概念不僅包括通過陰陽融合形成宇宙萬物本體的壹面，還包括註重陰陽不同屬性特征的壹面。前者在醫學理論上表現為對生命形成、稟賦厚薄、情誌體質特征等的解釋。後者可以具體指導診療——陰陽的鑒別是中醫“辨證施治”的核心。這種內容在這版《黃帝內經》中也有充分的表現。在蘇文，陰陽應該像壹個大理論，它說:“陰陽，天地之道，萬物之紀，父母之變，生死之始，神明之宅。”.....陰靜陽躁，陽長，陽殺陰。陽氣，陰成形。極寒生熱，極熱生冷。寒氣濁，熱氣清。”“水是陰，火是陽。陽為氣，陰為味。.....厚味為陰，薄味為陰之陽；厚氣為陽，薄氣為陽之陰。.....氣味甘香，苦味引流入陰。"
在這壹版《黃帝內經》中，陰陽學說的重點不再是循環的概念，而是兩者的對立性質。其中二分法不再指“四時之序”(即時間的概念)，而是將這種“以量定質”的方法移植到藥物理論相關的“氣”、“味”理論中。總之，陰陽是高度抽象概括的，以“數十推百”來應用，從而成為中醫基礎理論中最重要的部分。
此外，陰陽學說在古代醫學領域有壹個特殊的表現，即太陰、少陰、厥陰、太陽、少陽、陽明由陰陽三部分組成。這六個術語是中醫中極其重要的概念術語:經絡學說的主體由此得名——手足各有三陰三陽脈，合稱“十二經”。在《蘇文熱論》中，這也是討論外感熱病時的名稱。目前外感熱病的過程分為六個階段:太陽、少陽、陽明(以上三者在表)、太陰、少陰、厥陰(以上三者在裏)。東漢的《傷寒論》就是在此基礎上發展起來的，所以後人壹般稱之為“六經辯證法”體系。
比起文中所說的陰陽二分，又多了“陽明”和“厥陰”兩個名稱。這種劃分在中國傳統文化的其他領域基本看不到。大概早在漢代就有人開始討論這個問題了。蘇文《論陰陽二分》開篇的問題是:“今陰三陽不應為陰陽，何以為之？”答案是:“陰陽，數可十，推可百；數量可以是千，也可以推到萬；壹萬個大得數不過來，但需要壹個。”好像沒有明確的答案，後面是關於十二經脈的解釋。趙在《內經》中對上述問題的回答是:“齊伯的回答是經絡的分布是搪塞，但直指經絡是不切題的。張景嶽的醫學理論可謂博大精深。恐怕他不能直接回答這個問題。這段話是從典籍和經典中的‘陰陽五行’抄來的，沒有任何解釋。然後抄了壹大堆經書，壹無所獲。”《論語·附翼經·易》談及易的原理，但對楊三人仍不甚明了。這個問題好像不好回答。”並認為:“比較可靠的原始人三楊學說是三男三女。”他說的是他在《易說卦》裏說的:“幹，天道也，故稱其父。坤，地也，故稱母。之所以稱之為長人，是因為要得到壹個男人需要壹次沖擊。她被稱為長女，因為她過了壹段時間就有了壹個女兒。Kans又得到男人，所以叫中間人。女人就是和她分開的女人，所以叫女人。Gen three又拿壹根繩子，所以稱它為長人。叫長女。”
正因為“三陽”是醫生所說的，所以壹直研究陰陽學說的哲學家和歷史學家很少談論這個問題。即使在中醫領域，大多數人也只談“三養”的用法，而避談其原因。