據史料記載，華佗最神奇的是他的手術。這種手術在14500年後的歐洲才開始。東漢華佗可以用他發明的麻藥“麻飛散”麻醉病人，然後剖開病人的肚子清洗內臟，再把壞死的部分切掉，縫合起來，放入腹部，最後把傷口縫合。貼上膏藥後，病人可在壹個月內痊愈。
且不說“手術”和“麻沸散”比世界其他國家早壹千多年。看史料記載的手術過程規範是很難的，壹般醫院今天也不可能執行。有這樣醫術的醫生，在近兩千年前還不叫“神醫”，恐怕還得尊為“神仙”。可惜，並不是所有人都能理解和信任這樣的“神仙”。
當華佗打算打開曹操的頭蓋骨誘導“風涎”，治好他的偏頭痛時，曹操誤以為華佗會害他，把他關進監獄。華佗料到自己逃不出曹操的手掌心，便將自己在獄中壹生所學寫成《清囊書》，意欲傳承下去，造福人類。
他把青囊書交給看守他的吳監獄，要他繼承自己的醫術。有兩種說法:壹是吳獄高高興興地收了書，對華佗說要繼承他的醫術，做壹個救民於水火的好醫生。把書拿回家小心翼翼地收好後，他回到衙門辭掉工作，準備回家研究醫書。然而，當他回到家時，他發現他的妻子正在燒書。他上前搶過剩下的幾頁，只剩下最後幾頁雞豬閹割的記錄。據傳說，閹割動物的方法仍然是從綠囊書流傳下來的。吳的妻子說:就算妳學得像華佗，也難免像他壹樣死在牢裏。有什麽用！其次，吳在獄中時，不敢接書。華佗很失望，自己燒了綠囊書。
不管怎樣，青囊書消失了。《黃帝內經》傳世，奠定了中醫理論。《傷寒論》的流傳，奠定了張仲景“醫聖”的地位。《本草綱目》傳世，使李時珍的“藥聖”稱號傳於世。可惜華佗的《青囊書》沒有流傳下來，中醫失傳太多:華佗對人體內臟了解多少？他對人腦了解多少？他要從他大腦的哪壹部分“吸取風的唾液”？他的麻沸散配方是什麽？他是如何控制“麻風散”用量的？他是怎麽解決消毒問題的？如何應對可能的感染？這些問題，對我們來說，只能是壹些永恒的謎團。