大典壹生著述甚多，有《般若心經釋》、《金剛經釋》。他寫了1500卷金剛經，30部《北靜經》，30部《維摩詰經》，收藏在寺院裏。不過經典都已經死了，但是《音若波羅米多心經釋》有日文經書的抄本和商務印書館的影印本，很有名。
唐長慶四年(824)，墓塔建在殿左側。據林明·大春《隆慶潮陽縣誌》記載:“唐末有堵骨而修之人，但舌底猶存，復染，故稱舌葬。宋代至道中(995-997)，村民又發現，但古鏡是圓的。只是疊起來的石頭還像以前壹樣藏著……”後人將大店祖師塔稱為“舌鏡塔”。
舌鏡塔高2.8米，塔身最大直徑1.8米。它是由78塊特定規格的花崗巖組成。塔基有龍、林、獅、熊、奇花異草等浮雕圖案，古樸典雅，是廣東省重點保護文物。
自唐宋以來，皇帝、官員、士紳和李殊都對古寺進行了保護和修繕。世界各地，來朝鮮上學；南北詩人在此相會，吟詩潑墨，積澱成潮汕歷史文化的壹朵奇葩，使古潮州被譽為“海濱鄒魯”。
據地方誌記載，唐長慶二年(822年)，穆宗授“護國殿”額；宋五年(1012)，真宗對藏經進行了新的翻譯；方丈覺然大師重修古寺；宋天聖七年(1029)，仁宗賜他“開山寺”；宋元年(1034)，朝儀進士許慎撰《賜靈山好寺錄》，記載寺勝，碑文猶存。宋高宗秦批準著名的朝義王大寶將靈山改為“朱升萬壽山”；泰王三年(1326)，重修廟宇，鑄巨鐘。碑文寫道:“靈山之巔，有崔偉亭。明月清波，海靜驚雷”。明代，巨鐘被移掛在潮州縣城的陳樓。明洪武二年(1369)，方丈高僧空山重修寺院；明正統、景泰、成化年間(1436-1487)，村民幫助方丈修廟；明末，廢廟；明萬歷二十三年(1595)，知縣徐以維修建佛寺。明朝崇禎六年(1633)，知縣楊茁繼續修繕，後廢棄；清康熙(1701-1706)新寺至徐兵期間，潮陽縣令彭祥生請來高僧辛茹主持古寺復興，改建為三堂六院九井格局，流傳至今。
信仰就像和尚在大典祠堂邊親手種下壹株艾根蘭，不沾泥。天氣有利時，便於清明時節花開，清香四溢。寺裏的和尚稱之為能預示好運的“信仰蘭”。1986年2月22日，昭普初壹老居士到靈山寺拜佛，將方丈殿改為“藍欣殿”。壹首詩被傳為佳話。
1949左右，古廟荒廢。1952年，寬鑒法師和佑宗法師不辭辛苦地到潮汕各寺廟、寺院，組織20余名殘存僧人，登上靈山寺修建“僧伽實驗農場”，農禪並重，產生佛教，苦心經營，維護修繕古寺。然而，始於1966年夏天的“文化大革命”，燒毀了寺內所有的經卷和字畫，迫使僧人回歸世俗，將古寺改為農場。直到十壹屆三中全會後，實行宗教政策，允許僧人回寺；從1981開始，油城、定根、新禧、明光四大住持相繼復興擴建，在清朝的基礎上進行改擴建，占地5000多平方米，古寺煥然壹新。
4月1998，11，殷新大師被任命為方丈，計劃為唐朝開國元勛創建壹座宏偉的紀念館，內有人民日報社社長、著名書法家邵華澤題寫的匾額。
靈山寺與舌鏡塔、守衣閣、木塢、寫經臺、聖旨碑、開山藏、白石槽、千葉果並稱“靈山八景”，近年來已分階段全面修復。此外，1991年，寺後建有千佛塔。