正龍寺的壁畫主要分布在正殿和腰殿系統。正殿也叫大雄殿，腰殿也叫立佛殿。正殿和腰殿由五架三室組成，進深8米，單檐懸於山頂。單面廳鋪五瓦，均繪水陸畫。
熊磊廳的壁畫主要繪在東西兩面墻上。東墻是佛祖解說圖。東墻釋迦牟尼慈眉善目，威嚴肅穆，穩坐正中，文殊、普賢圍坐，面前站著阿難、葉佳兩位弟子，四周排列著古護法金剛，有人飛天，後面是聽法飛天的天帝，瓊樓玉亭，雄偉壯觀。西墻是“彌勒佛變”。西墻中間是彌勒佛，左右是觀音和地藏菩薩，南側有壹幅剃度圖。彌勒佛下半部有吉祥、龍女的畫，上半部有加洛洛的畫，加洛洛是壹個長著鳥頭和翅膀的奶媽，拿著壹個果盤，在瑞雲旁飛翔。
瑤殿的壁畫是清龍寺壁畫的精華。是由佛、道、儒三家組成的水陸道場畫的精髓，主旨是宣揚六道看似輪回。因果報應報，翻死人，求鬼速等。在西墻的上部，有壹個垂直的三世佛像，在三世佛像的下部，有壹幅佛像。在《佛禮圖》中，描繪了皇帝、王子、國王、佩戴各種皇冠的文武大臣和侍從，以及皇後、女官、宮女、命婦等等的塑像。在拜佛圖的下半部分，有善神、鬼母、普天之下的耀眼星辰、大羅剎將軍、五帝神祗、五仙的畫像。
堯殿廟南墻兩側上部繪有十尊明王像。根據佛教教義，明王是憤怒的佛菩薩雕像，壹般是多面多臂，騎著怪馬，手持器物。十大明王是八菩薩二佛換來的。十大明王分別是:大明王釋迦牟尼佛；彌勒佛，大輪明王；甘露軍是明王阿彌陀佛；大韋德王文殊菩薩；馬觀音菩薩；步步為營，投明王菩薩普賢；沒有能力贏得王銘地藏菩薩；笑佛隱於明王虛空；金剛，第三明王，第壹菩薩；阿拉卡拉納薩是壹個消除障礙的菩薩。十大明王下方有年、月、日、時四值使者，來源於道教中掌管年、月、日、時的日本四神。在四值使的下部，還有很多類似的歷史人物，如孔子、唐太宗的李世民、唐貴妃的楊玉環、宋祖的趙匡胤、漢朝的蘇武、三國的諸葛亮、三國的關羽、張飛。
瑤殿北墻西側，有佛教生死九尊，還有阿難、巖口。這組壁畫生動地再現了九死壹生的形象，同時體現了鬼王身材焦黃、口中烈火、喉嚨中有針、肚子鼓鼓的餓鬼形象。
清流寺壁畫190多平方米，其中以瑤殿四壁最為精彩。有500多尊大小不壹的神像和人物雕像，上下交錯，按大小順序排列，對研究中國宗教藝術和宗教發展史是極其珍貴的資料。正龍寺壁畫內容豐富，形象突出，情節生動，層次分明，變化多端，栩栩如生，結構嚴謹，筆法雄渾，顯示了古代繪畫藝術的高超技術和技藝，經過維修，正龍寺古建築莊嚴肅穆，中間有壹條整齊的磚砌通道，各種古跡排列有序，通道兩側花木爭香，古柏參天，是研究古建築壁畫藝術和佛教文化的聖地。