在元朝、明朝和清朝，它壹直是封建統治階級的官方哲學，標誌著封建社會的意識形態更加完備。元清二年(1313)，恢復科舉，敕令以朱的《四書句註》為準，朱為科舉程序。明洪武二年(1369)，朱等人在科舉考試中“傳註為宗”。薛竹成為鞏固封建社會統治秩序的精神支柱。它強化了“三綱五常”，對後來封建社會的變革起到了壹定的阻礙作用。朱學說對明代王陽明心學也產生了深遠的影響。王陽明的知行合壹思想是在朱哲學基礎上的突破。
理氣論
朱的哲學體系是以程顥的理論為基礎，吸收周敦頤的太極學說、張載的氣論、佛道思想而形成的。這個體系的核心範疇是“理”，或者說是“道”和“太極”。朱的所謂理性有幾個相互關聯的含義。
理性是先於自然現象和社會現象的形而上的人。他認為理比氣更根本，邏輯上理先於氣；同時，氣具有變化的主動性，理性離不開氣。他認為萬物皆有其理，萬物之理終究是壹個，就是“太極”。
理性是事物的法則。
理性是倫理學的基本原則。朱，又稱太極，是世間萬物原理的總和，即總真理的原理。太極只是壹個詞。太極包含了萬物之理，萬物都可以單獨體現整個太極。這就是每個人都有阿泰之氣，事物都有阿泰之氣。每壹個人和事物都以抽象的理性作為其存在的基礎，每壹個人和事物都有壹個完整的理性，即理性是不同的。
理性是人的本性。朱，又稱太極，是宇宙原則的總和，即總真理的原則。氣是朱哲學體系中繼理之後的第二個範疇。它是有形的，有情的，摸得著的，有跡可循的；它具有銜接性和人為性的特點。是鑄造壹切的材料。世間萬物都是理性與物質統壹的產物。朱認為，理與氣的關系有其主要和次要的方面。理怒居氣，氣為首要，氣為賓背，氣為次要。
動態和靜態視圖
朱主張生物依氣而生，從氣出發，展開了壹分為二、不斷運動的生物運動，即壹氣分為二氣，動陽靜陰，分為五行(金、木、水、火、土)，散入萬物。壹分為二是氣體向物質分化過程中的重要運動形式。朱認為，對立統壹使事物變化無窮。他討論了事物的原因，把運動和靜止看作壹個無限連續的過程。時空的無限性表現為動與靜的無限性，動與靜密不可分。這顯示了朱思想的辯證觀點。朱也認為，動和靜不僅是相互排斥的，而且是統壹的。朱還論述了運動的兩種形式:相對穩定和顯著變化，他稱之為“變化”和“轉化”。他認為突變滲透漸變，漸變滲透突變。逐步積累，實現突變。
物知論
“從物而知”來源於大學裏的壹句“從物而知”，沒有認識論意義，基本講的是對壹般道德的理解。程頤是第壹個從認識論角度明確解釋“吳歌”的人。他說:“葛還是窮，事情還是合理的。只是我還是很窮。”朱繼承了程的理論，建立了較為系統的“窮物”說。他通過對“通過研究事物來理解知識”的解釋，表達了自己的認識論思想。
從認識的目的來說，朱所說的“師事”就是要成為聖人[5]。認為如果不能“以其人之道還治其人之身”，無論如何都是凡人，只有達到“以其人之道還治其人之身”，才能進入聖賢的境界。
“取經”的具體內容是“窮義、明人倫、講聖言、傳意外。”這裏的“天理”主要是指仁、義、禮、智等封建倫理道德，而“人倫”、“聖言”、“偶然”則是對天理的闡發和運用。朱認為，如果放棄了對正義的追求，只把精力花在植物和工具的研究上，那就如同流浪的士兵壹樣，是回不了故鄉的。他說:“很難學，因為它介於植物和動物之間！如果妳希望通過這種方式得到什麽，那就是煮沙子，想變成壹頓飯。”(《選集》)
在“知”與“行”的關系上，朱主張“知為先”。朱的知行觀指的是儒家的個人道德修養與實踐。因為道德實踐需要封建倫理的指導，是“知識先行”。又因為封建倫理不能只是壹句空話，它是“行為導向”的。“先知後行”和“重在行”是實踐道德的兩個方面，有其內在的邏輯壹致性。如果從認知的角度來看，“先知後覺”顛倒了主次關系。認識來源於實踐，“行動”應該是認識和行動之間的第壹件事。“先知道”的想法顯然是錯誤的。至於所謂“重行為”，雖有其合理因素，但只是強調封建知識分子的個人道德實踐。[6]
人性的二元論
在人性問題上，朱直接繼承了張載和二程的思想。張載把人性分為“天地之性”和“性情之性”，認為人性的善與惡是由不同的先天素質造成的。朱對此大加贊賞，認為這壹思想“有助於聖人，補充後世之學”，“發明了千古聖人之義，非常有功。”(體裁)繼張載之後，程二又對“性情之性”和“性情之性”進行了區分。朱在張、程思想的基礎上，綜合論證了人性的“天命之性”和“性情之性”的二元論。“理”和“氣”是人生不可或缺的[7]。“理”在人形成之前就在天上了。人壹旦形成，就依附於人體，成為人們先驗賦予的仁、義、禮、智等封建道德。是每個人與生俱來的善，故名“天命之性”。人體形成的時候，壹定是被賦予了這種氣。因為氣的精、厚、濁、久的不同，所以有善惡、德愚、富貴長壽的不同，也有性格的不同。有善有惡，謂之“性情”。以上兩種性質並存於人體之中，這就是朱的二元人性觀。