幾乎所有患者都有癥狀性自主神經功能障礙、排尿功能障礙和癥狀性直立性低血壓。睡眠障礙是MSA的常見癥狀之壹，包括失眠、白天嗜睡、不寧腿綜合征、快動眼睡眠行為障礙、睡眠呼吸障礙等。
多系統萎縮在中醫中沒有對應的病名。根據癥狀可分為頭暈、震顫綜合征、眩暈、痿弱等類別。《黃帝內經》中的許多論述與多系統萎縮的臨床癥狀相似，如《靈豎亥論》“髓海不足，耳鳴，脛痛麻木”。
從病因病機來說，病位在腦，與肝、脾、腎關系密切。《醫宗金鏡》中記載“頭為諸陽之首，位階最高，含腦髓，腦為元神之府，以統攝全身。”大腦的生理功能無法正常發揮，出現頭暈耳鳴，走路不穩:腦髓充盈，身輕體壯。
腎為先天之本，藏精生髓，腦為髓海。《論蘇文與逆調》“腎不生，髓不盈。”腎陰不足，腦衰，上下不足，就會頭暈。肝腎同源，腎陰虛不能養肝木，導致肝陰虛，肝陰虛可降腎陰，使腎陰不足，所以兩臟陰液常同損，不能養頭清竅。腎精不足，導致髓海充盈喪失，身心失養，筋脈失榮，四肢失控，故見肢體震顫或搖頭等臨床表現。命門火衰，溫熱功能下降，可見陽痿、性欲減退。
脾為後天之本，氣血生化之源《蘇文五臟根篇》中說:“脾主水谷精氣的運化以滋養肌肉，故主肉。”《太平盛輝方》= '脾胃為水谷之精，化為氣血。氣血充盈，營衛循環，滋養身體，以肌肉為榮。“水谷的精氣運行在三焦和血管中，起到滋養五臟六腑和四肢的作用。脾胃虛寒，精氣不散，則肌肉失養，陽氣不升。靈樞口文之日，“中氣不足，我必改之。“中焦脾胃虛弱，氣機不能升降於下焦，導致膀胱氣化不正常，尿頻、尿急和尿失禁。