袁崇煥是被皇帝下令處死的。
當初後金軍進入的關口是屬於薊遼總理劉策所管轄，而袁崇煥得知後金軍入關，直逼京城，於是千裏迢迢趕來救援，自認為有功無罪，但是朝中大臣卻有很多人認為是袁崇煥放清兵入關，於是紛紛誹謗袁崇煥與後金軍有勾結，朱由檢對此也很懷疑。此時後金軍也設計離間，說袁崇煥與後金軍有秘密約定。十二月，朱由檢將袁崇煥下獄。
魏忠賢遺黨王永光、高捷、袁弘勛、史褷等人想趁機給魏忠賢報仇，以擅自與後金軍議和、擅殺毛文龍兩條罪名定袁崇煥死罪，並意圖壹並殺死錢龍錫。崇禎三年（1630年）八月，袁崇煥被淩遲處死，家人被流徙三千裏，並抄沒家產，實則家無余財。
擴展資料：
袁崇煥（1584年—1630年），字元素，籍貫廣東東莞石碣，通籍廣西梧州（籍貫爭議）。明朝末年薊遼督師。
萬歷四十七年（1619年）中進士，後通過自薦的方式在遼東邊關任職，得到孫承宗的器重鎮守寧遠。在抗擊清軍（後金）的戰爭中先後取得寧遠大捷、寧錦大捷，但因為不得魏忠賢歡心辭官回鄉。
明思宗朱由檢即位後袁崇煥得以重新啟用，於崇禎二年（1629年）擊退皇太極，解京師之圍後，魏忠賢余黨以“擅殺島帥（毛文龍）”、“與清廷議和”、“市米資敵”等罪名彈劾袁崇煥，皇太極又趁機實施反間計，袁崇煥最終被朱由檢認為與後金有密約而遭淩遲處死。
袁崇煥雖為抗清名將，但也是壹位爭議較大的人物。有《袁督師遺集》存世，今人輯有《袁崇煥集》。
參考資料：
百度百科-袁崇煥（明末將領）