宋代，明州經濟有了進壹步發展。北方邊境的戰事進壹步提高了明州港作為江南港口的地位。隨著以王安石為代表的壹批文人官員的上任，明州的文化教育開始發展。1143年二月初三，南下金軍占領明州17天，州城內建築多被焚毀，成為寧波古代史上最大的浩劫。南宋建都臨安之後，1195年(南宋慶元元年)，宋寧宗趙擴賜明州年號慶元，升為慶元府。 明州依靠大批北方南遷人口帶來的文化和人才以及鄰近首都的地理優勢和長期的貿易傳統，發展經濟和文化，本土學派四明學派開始產生。
月湖在宋代成為寧波的學術中心 1047年(北宋慶歷七年)，王安石任鄞縣令。任上重新劃定東錢湖界，興修水利，降低捐稅。同時，在孔廟興辦縣學，倡導經世實用之風，與“慶歷五先生”楊適、杜醇、樓郁、王致、王說壹道探討學問，推廣教育。寧波的官方文化教育事業從此開始。 壹般認為，寧波民間形成的“田家有子皆習書，士儒無人不織麻”的風氣，就從那時開始。 另壹位任職寧波的著名文人是曾鞏。1078年(元豐元年)，曾鞏知明州，疏浚月湖。 此後，月湖成為明州(慶元)的學術中心。靖康之亂以後，大批北方望族開始南遷，眾多名門望族的到來使得寧波擁有了大批優秀人才。據《浙江通誌》記載，南宋時期，寧波***擁有進士983人，占全省的17%。南宋時期，“甬上淳熙四先生”楊簡、袁燮、舒璘、沈煥在月湖講授和研討陸九淵的心學，形成明州第壹個本土學派——四明學派。鄞縣史氏家族誕生的眾多官員使，，得當時的朝廷“壹朝紫衣貴，皆是四明人”。
南宋鄞縣王應麟撰寫的三字經由此誕生，其內容涵蓋了歷史、天文、地理、道德以及壹些民間傳說，所謂“熟讀《三字經》，可知千古事”。基於歷史原因，《三字經》難免含有壹些精神糟粕、藝術瑕疵，但其獨特的思想價值和文化魅力仍然為世人所公認，被歷代中國人奉為經典並不斷流傳。 1370年(明洪武三年)，設明州、泉州、廣州3市舶司。此後，由於倭患，1374年、1523年、1565年三罷明州(寧波)市舶司，但不久均重新開啟。1524年(嘉靖三年)起，葡萄牙人進入雙嶼港進行走私貿易，港口壹時繁榮，葡萄牙人修建住宅，教堂，壹度居留上千人。1542年(嘉靖二十壹年)，因“通番船招致海寇”被取締。 此後，寧波民間對外貿易日漸衰微，但是官方貿易仍然繁榮。寧波與日本、朝鮮的官方貿易仍然延續。中日勘合貿易制度也在那時確立，寧波是唯壹接受日本進貢的港口。
從明初開始，倭寇不斷侵擾寧波，並與本地豪強裏應外合，屢有得手。1548年(嘉靖二十七年)，朱紈派遣盧鏜進攻雙嶼港，倭寇稍緩，但次年朱紈遭誣貶官之後，倭寇復張。王直更是在日本與倭寇合作，屢屢進攻浙東。1553年(嘉靖三十二年)閏三月，俞大猷部搗毀瀝港倭寇據點。1555年(嘉靖三十四年)秋，戚繼光調任浙江都司，1559年(嘉靖三十八年)訓練抗倭新軍，稱戚家軍。1558年(嘉靖三十七年)，浙江總制胡宗憲誘使王直至杭州，下獄論死。同年七月，王滶從岑港逃走，倭寇之患方獲解除。 明代，寧波成為浙江各府中考取進士最多的地區。寧海人方孝孺由於反對朱棣靖難而遭“株十族”，對後世儒生產生了重要影響。明代中葉，余姚思想家王守仁推崇濂洛的“身心之學”，創立陽明心學，提出“致良知”、“知行合壹”等觀念，極大地影響了晚明和日本的思想。1521年(正德十六年)九月，王守仁回余姚，講學於中天閣，影響了錢德洪等學者。王守仁之後，姚江書院派繼承了王守仁的思想，其代表為沈國模、韓孔當和邵廷采。這壹學派與劉宗周創立的蕺山學派形成了浙東明末清初最主要的王學流派。
兵部右侍郎範欽告老還鄉後建成投入使用的天壹閣藏書樓，目前是中國現存最悠久的私人藏書樓，也是世界上現存歷史最悠久的私人藏書樓之壹。始建於公元1561年（明嘉靖四十），建成於1566年（明嘉靖四十五年）。
明代萬歷年間，寧波商人孫春陽在蘇州開設“孫春陽南貨鋪”。萬歷、天啟年間，寧波商人在北京經營藥材、成衣逐漸增多。崇禎年間，位於今天北京市東城區薜家灣的鄞縣會館成立，這標誌著寧波商幫開始以壹個同鄉商業團體出現。