1894年8月22日生於湖南省湘鄉縣蕭家沖。1910年在湘鄉縣東山高等小學堂讀書。毛澤東與蕭子升的相識是在湘鄉縣東山學校。他們在這裏同窗***讀只半年時間，但誌趣相同，感情深厚。1911年兩人先後又到了長沙，蕭子升考入了省立第壹師範，毛澤東先是進入湘鄉駐省中學，1913年也考入了省立第壹師範，長沙第壹師範學校的學生中,楊昌濟老師有三位得意弟子:蕭子升、蔡和森與毛澤東.他們品學兼優、誌趣相投,人稱"湘江三友".
蕭子升1915年秋畢業，毛澤東1918年畢業，與蕭子升在壹師同學兩年多，他們結成了最親密的朋友，並於1918年***同創立了新民學會，蕭子升還擔任過學會的總幹事。
在1921年夏新民學會解散前，毛澤東與蕭子升發生過激烈爭論。蕭子升力主保存新民學會，並以無政府主義作新民學會的指導思想；而毛澤東則主張解散新民學會，先進青年可以加入***產黨和社會青年團組織。結果，他們從此分道揚鑣了。
蕭子升1915年秋畢業後，到長沙楚怡學校任教。1919年赴法國勤工儉學，是民國初年湖南青年參加赴法勤工儉學的主要策動者之壹；在全國性的勤工儉學運動中他亦扮演重要角色。1924年回國，任國民黨北平市黨務指導委員、《民報》總編輯、中法大學教授、國立北京大學委員兼農學院院長、華北大學校長及國民政府農礦部次長、國立歷史博物館館長等職。大陸解放後，隨國民黨政府去臺灣，後來又到法國、瑞士。
1952年去南美烏拉圭，從事教育事業。1976年11月21日，蕭子升在烏拉圭去世，終年83歲。生前曾留下遺囑：“死後骨灰和蕭夫人骨灰同放壹處，如有可能，運回湖南湘鄉祖墳處與原配夫人遺骨同葬壹處”。
1959年，蕭子升在國外出版了壹本關於他與毛澤東交往的書（中譯本書名：《我與毛澤東的壹段曲折經歷》，昆侖出版社出版），之中，詳細描寫了他與毛澤東倆人壹文不名而步行遊走湖南省內長沙、寧鄉、安化、益陽、沅江五個縣的傳奇經歷。