章太炎在《國故論衡》中認為，儒有三科，關達、類、私之名，達名為儒。儒者，術士也。（《說文》。）儒之名蓋出於需。需者，雲上於天，而儒亦知天文，識旱潦。儒是指壹種以宗教為生的職業，負責治喪、祭神等 各種宗教儀式。他說：“儒本求雨之師，故衍化為術士之稱。”儒最早是殷商教士，是儒教（非儒學）神職人員。昊天上帝創世化育萬民，自先秦起儒教百神，組成像人間官僚系統那樣的等級體系。每個神的品級、爵位，壹般說來，是由儒者規定的，並載入國家祀典。平素，它們依照規定，享受壹方祭祀，如同諸侯的有封地和食邑；大祭時，則依品級配享、從祀於天壇之上。不入祀典的，被稱為“淫祀”。“以***皇天、上帝、社稷、寢廟、山林、名川之祀”。天上的星星，地上的山河湖海，原則上都是儒教的神祇。各種自然現象，風雨雷電等，也是儒教的神祇。那些對人有益或者與人生活密切相關的動物、植物，也可以成為儒教的神祇。各種著名的人物，也都可以作為儒教的神祇。但是他們成為神祇，必須得到國家的認可，納入祀典。否則被認為是“淫祀”，即超出規定的祭祀。這樣的祭祀遭到儒教的反對，認為它不會帶來幸福：“非其所祭而祭之，名曰淫祀。淫祀無福。”儒教為壹神主多神崇拜，尊敬的神仙是仁義聖道的體現。
所謂非其所祭，就是說祭祀那些不該由自己祭祀的神祇。依照儒教的祭祀制度，只有天子可以祭天，祭天下的名山大川，祭祀所有的神祇。而諸侯不能祭天，只能祭祀處於自己境內的名山大川。普通百姓，能夠祭祀的公神就更少，除了竈神，幾乎只能祭祀自己的祖先。因此這些神祇在道教裏供平民崇拜，道教裏的高級神祇少數來自儒教，但更多來自民間神話信仰，天神比地神尊貴，也比人神尊貴，但在道教中，三清地位要高於上帝玉皇。儒教和道教的神祇對應關系如下： 天神 儒教 道教 上帝 昊天上帝 昊天金闕玉皇上帝 五方帝（東） 青帝靈威仰 青靈始老蒼帝君 五方帝（南） 赤帝赤熛怒 丹靈真老赤帝君 五方帝（中） 黃帝含樞紐 元靈元老黃帝君 五方帝（西） 白帝白招拒 皓靈皇老白帝君 五方帝（北） 黑帝汁光紀 五靈玄老黑帝君 北極星 中天紫薇北極大帝 七曜 日、月、歲星、熒惑星、鎮星、太白星、辰星 五星七曜星君慈輝朱日天尊，妙果素月天尊 十二辰 十二辰 四值功曹 二十八宿 二十八宿 四靈二十八宿 風雨雷電 風伯、雨師 風伯、雨師、雷公、電母 地神 皇地祇 承天效法後土皇地祈 城隍為《周宮》八神之壹 城隍 社稷 土地 五嶽、四鎮、海、四瀆 東嶽大帝、河神、海神 儒教信奉的最高神，是天。
在儒教經典中，和天相等的另壹稱號是上帝，或稱帝，天帝。皇天上帝的名稱來自《尚書·召誥》：“皇天上帝改厥元子茲大國殷之命。”《論語·堯曰》：“敢詔告於皇皇後帝”。《尚書·堯典》：“肆類於上帝，禋於六宗，望於山川，遍於群神。”中國古代的上帝，就是當時中國人的祖宗神。其中最優秀者，是黃帝和炎帝。而所謂“炎黃子孫”，首先是說，天子們的家族，乃是黃帝或炎帝的後代，後來就成為中國壹般人祖宗的代稱。也就是說，秦漢及其以前，中國古人所信仰的上帝，乃是他們的祖宗。
隋唐時期，國家統壹，至上神名字被依據《周禮》正式確定為“昊天上帝”。昊天上帝的意義，則依據儒者毛氏對於《詩經·黍離》中“悠悠蒼天”的解釋，認為昊天的意思是“浩大元氣”，而上帝的意思是說，天就像君主壹樣統治著世界。按《開寶通禮》，元氣廣大，則稱昊天。據遠視之蒼然，則稱蒼天。人之所尊，莫過於帝，托之於天，故稱上帝（《宋史·禮誌》）。
到了宋代，儒者程頤對於昊天上帝作出了進壹步解釋，認為那壹團元氣的自然之天，乃是上帝的身體；存在於元氣之中並且和元氣不可分離、主宰著元氣的天理，就是上帝。因此，從某種意義上說，天，或者上帝，就是理。這樣的上帝觀經過儒者朱熹的認可，成為元明清時代上帝觀念的正統解說。“天者，理也；神者，妙萬物而為言者也；帝者，以主宰事而名。”[23] 儒者們認為，上帝給人類指派了君和師，讓他們來教化、治理上帝的子民，是上帝的代表。“天降下民，作之君，作之師，惟曰其助上帝，寵之四方。”“神者，微妙玄通，不可測量，故能知鬼神之情狀，與天地相似。知周萬物，樂天知命，安土敦仁，範圍天地，曲成萬物，通乎晝夜，此皆神之功用也。作《易》者因自然之神以垂教，欲使聖人用此神道以被天下，雖是神之所為，亦是聖人所為。”“神道微妙，寂然不測。人若能豫知事之幾微，則能與其神道合會也······言凡物之體，從柔以至剛，凡事之理，從微以至彰，知幾之人，既知其始，又知其末，是合於神道，故為萬夫所瞻望也。萬夫舉大略而言。若知幾合神，則為天下之主，何直只雲萬夫而已，此知幾其神乎者也。”[24]“聖人之神道設教，觀乎天而得之，壹陰壹陽之謂，道陰陽不測之謂。神天之所以為天也，天何言哉，四時行焉，百物生焉，聖人垂衣裳而天下治，蓋取諸乾坤，聖人之所以為神也。”“陰陽所育，稟氣呈形，鼓之以雷霆，潤之以雲雨，春夏以生長之，秋冬以殺藏之。斯則德刑之設，著自神道。聖人處天地之間，率神祇之意。”[25]
君王是昊天上帝之嫡長子，其權力出於神授，是秉承天意治理天下，故稱天子。君王（皇帝）本身就是政教合壹的最高權威，壟斷了世俗與精神世界的權力。儒教教義的最終解釋權始終是通過科舉考試掌握在皇帝-官僚手中的。
聖人是上帝的使者。孔子死後，按照傳統的祭祀原則，他可以在家鄉享受自己後人的祭祀，也可以享受學生們的祭祀，但不是國家的公神。漢初，劉邦路過孔子家鄉，曾經祭祀過孔子，然而那僅僅是個人行為，是壹個後人對於先聖或者先賢的崇拜。西漢中期，天災頻發，社會動亂。儒者梅福認為，這是由於未能妥善安排對於孔子的祭祀，因而上天發怒。當時的國家政權接受了梅福的提議，封孔子為商湯的後代，接續先王的祭祀。到東漢，國家才正式把孔子作為國家的公神，其地位和社稷神同等。唐代，命令每個縣都要建廟祭祀孔子。每年春秋兩次大祭，每月初壹和十五兩次小祭。大的祭祀起初由學官主持，後來改由地方官主持。唐代以後，孔子的地位不斷提高，對孔子的封號也不斷增加。清代，孔子祭祀壹度成為和上帝、和國家的祖宗神同等級別的“大祀”。(這是孔子生前沒有料到的，正如老子被道教奉為教主沒有被老子料到壹樣)
孔子成為國家公神以後，儒者們的宗教地位也相應提高。唐代為孔子設立“從祀”即陪同享受祭祀的制度。最早選中陪同孔子的，是22位對於註釋儒經有重大貢獻的儒者，後來擴大到孔子的所有弟子和歷代著名的儒者。宋代，從祀制度逐漸完備起來。其最高的有四位，被稱為“四配”，他們是顏回、曾參、子思和孟軻。其次是“十哲”，孔子的十個優秀弟子。“德行：顏淵，閔子騫，冉伯牛，仲弓。言語：宰我，子貢。政事：冉有，季路。文學：子遊，子夏。”再次是“先賢”，祭祀那些親自接受孔子教導的弟子們。最後是“先儒”，祭祀孔子弟子以後歷代最優秀的儒者。而後來的儒者，也以死後能夠進入孔廟成為先儒為最高的榮譽。 儒教百神，組成像人間官僚系統那樣的等級體系，而已昊天上帝為首。每個神的品級、爵位，壹般說來是由儒者規定的，並載入國家祀典。平素，它們依照規定，享受壹方祭祀，如同諸侯有封地和食邑；大祭時，則依品級配享而從祀於天壇之上。不入祀典的，被稱為“淫祀”。
“以***皇天、上帝、社稷、寢廟、山林、名川之祀”。天上的星星，地上的山河湖海，原則上都是儒教的神祇。各種自然現象，風雨雷電等，也是儒教的神祇。那些對人有益或者與人生活密切相關的動物、植物，也可以成為儒教的神祇。各種著名的人物，也都可以作為儒教的神祇。但是他們成為神祇，必須得到國家的認可，納入祀典。否則被認為是“淫祀”，即超出規定的祭祀。這樣的祭祀遭到儒教的反對，認為它不會帶來幸福：“非其所祭而祭之，名曰淫祀。淫祀無福。” 所謂“非其所祭”，就是說祭祀那些不該由自己祭祀的神祇。依照儒教的祭祀制度，只有天子可以祭天，祭天下的名山大川，祭祀所有的神祇。而諸侯不能祭天，只能祭祀處於自己境內的名山大川。普通百姓，能夠祭祀的公神就更少，除了竈神，幾乎只能祭祀自己的祖先。孔子是國家的公神，但是按照規定，只能由儒者進行祭祀。官員可以祭祀孔子，因為獨尊儒術的國家，官員壹般也都是儒者。“凡始立學者，必釋奠於先聖先師天子視學，也須祭先師。天子出征歸來，要向先師行獻俘禮，報告成功。”
在歷史上，儒教國家對於民間不斷興起的神祇祭祀，壹般有三種態度。
其壹是將它們“招安”，收歸國有。其中最為顯著的是城隍、關帝、梓潼神（文昌）和媽祖。
其二是禁止。歷代都有作為國家官吏的儒者，其中如曹操、狄仁傑等，禁止他們認為危害社會安定、危害人民健康的神祇祭祀，拆毀廟宇，破壞神像。
其三是不收不禁，在國家遭遇大難大災時，甚至也會委派國家官吏去向這些神祇祈禱。