南京是六朝時期的文學中心。東晉永明八年(公元409年)，詩人謝朓在《入韓歌》中寫下了“江南錦繡，金陵帝都，碧水蜿蜒，壹路撐起朱樓臺”的詩句。這首詩寫的是金陵皇城的輝煌與繁華，以及名利雙收的進取精神。昭明太子在此編輯文選，劉勰在此撰寫《文心雕龍》...有學者認為，六朝的文學傳統給南京留下了“古典金粉、嬌媚色、清淡別致、浪漫淡遠”的氣息，使南京成為今天研究六朝文學的首選[18]。
在唐代，南京作為壹個荒蕪的古都，仍然吸引了許多詩人和作家在這裏流連忘返，感嘆世事變遷。在所有的詩人中，李白對南京有著深厚的感情。李白曾經在各地生活過，在金陵停留的時間最長。李白寫了近200首關於南京的詩，其中關於“金陵”的詩不下20首，其中著名的有《長征》、《登上南京鳳凰臺》和《臨別南京酒樓》。安史之亂後，李白也曾建議遷都金陵，並寫下“請為宋仲誠邀京師至金陵”。金陵懷古詩在唐代成為壹大流派，如詩人劉禹錫《懷古詩》中的第二首“朱雀橋上有野草，夕陽西下在五邑香口。舊社會王謝堂死在燕子面前，飛入尋常百姓家。”又憶西堡山舊事:“自王君引大船自益州下，禦鬼在南京城憔悴。長張騫鏈沈入河底，石墻上降下壹面旗幟。生命中有多少悲傷的過去，高山依然不改寒冷。現在是中國世界統壹的壹天，古老的堡壘充滿了廢墟和秋天的蘆葦。”杜牧《博秦淮》中有“煙籠帶冷水月籠沙，夜泊秦淮酒樓附近。商人和女人不知道如何恨國家，但他們仍然唱著名的詩“後院花”過河。詩人王昌齡，曾任南京江寧丞，被譽為“詩人王昌齡江寧”(另說王昌齡生於南京)。
南唐皇後李煜出生於南京，是著名詩人，被王國維譽為“壹代詞宗”，寫過許多名句，如“何以堪憂，恰似壹江春水向東流”。宋代，1010年，21歲的範仲淹到南京應天府書院(宋代四大著名書院之壹)求學，寫下名句:“先天下之憂而憂，後天下之樂而樂”，1015年考中。王安石曾長期居住在南京，視南京為故鄉，最後葬於中山腳下的半山花園。
清朝初年，吳定居南京秦淮河，又名《秦淮客》，著有《南京進士》，對南京的風光和文人的活動描寫得非常詳細。比如“城中有河，秦淮河東西十裏。水滿了，劃船，吹笛打鼓，日夜不停。秦淮有月色的時候，夜越深，吹船歌越來越多，悲涼委婉，感人至深。住在河兩岸房子裏的姑娘們，穿著輕紗，披著茉莉花，壹起卷起湖南的窗簾，靠在欄桿邊聽著。所以，當燈船的鼓聲響起時，兩邊的簾子都卷開了，河房裏燃燒的龍涎香和沈香壹起噴了出來，與河中的月光煙霧結合在壹起，看起來像是元朗的仙女，也像是遙觀的仙女。”【19】，甚至感嘆南京的攤販、典當散發著壹種不可理喻的文化氣息(《六朝煙雲》)。下班後，他們只好“永寧春吃壹壺水，回雨花臺見陽光”[20]。《紅樓夢》作者曹雪芹也是南京人，直到雍正六年曹家被沒收，她家才遷回北京。《紅樓夢》中的12個主要女性人物也被命名為“金陵十二釵”。清初年，孔的名劇《桃花扇》以明末清初的南京為背景，描寫了復社文人與秦淮八大美女之壹的名妓李的愛情故事。清代著名學者袁枚也選擇在南京定居，並在城西建園。
民國初年，1923年8月22日，朱自清和俞平伯都寫過壹篇同名散文《槳聲燈影中的秦淮河》[21]。在1930年代，賽珍珠還完成了小說《大地》，這部小說為她贏得了諾貝爾文學獎。近代南京仍是文學創作活躍的城市之壹，出現了葉、蘇童等壹批知名作家。此外，《全唐詩》、《宋詞》、《永樂大典》等也在南京編書。就連魏源(和林則徐)的第壹部《看世界》巨著、洪仁的中國第壹部資本主義思想巨著《資政》(以及之前的太平天國終身制和後來影響深遠的《民國臨時約法》)和李時珍的醫學巨著《本草綱目》都是在南京寫成或出版的。明朝時期，南京國子監(南監)作為中國兩大官方文化出版機構，編輯出版了大量文獻和書籍，數量遠超同時期的北京國子監(北監)。史稱這些書為《南鑒本》。