全的博采眾長思想內涵豐富，可視為其壹生的學術總結。他特別反對盲目博采眾長、步他人後塵，或者固守壹家，囿於程學說，從而失去獨立思考的品格和學術創新的空間。他盛贊元代吳澄的學術成就，包括朱、張載、、陸九淵等，他在治學上並不拘泥於壹家，而是“為自得，不循聲”(《外編·城北經傳》)在他看來，自得之學應該是博采百家之長，再經過深思熟慮、融會貫通而獲得自己的真知。全王祖對黃潤玉在明代的學術成就給予了高度評價，並將其與明代大學者陳憲章相提並論。清初黃宗羲曾評論陳憲章的學術“自得”(明代儒學案:師說)。在全看來，黃潤玉的治學也是“盡其心之所欲，不虛其言”(《黃南山先生家書序》)。黃潤玉“故為朱學智之翼者，不合”(《衡西衡山書院外編》)。全還稱贊史的學術雖以宋代理學為基礎，卻能“探其見，執紀傳、張句、或文之是非，而不以為然”(《書院誌》，外國編者)。可見，全追求的自得之學、融會百家是壹種很高的境界，閃耀著不立門戶、不可互尊的思想光輝，充分顯示了他對先賢的尊重和繼承。
全把他的“自得之學”與兩種虛假的“自得之學”區分開來，並加以批判。第壹，擺脫對真知的“自滿”。他指出:“敬業之言有雲:‘學貴自得，心明。’這是對它的介紹。他還說，“妳通過仔細的思考得到它，通過認真的工作保持它。”這是它最大的努力。湯懷的弟子們以前總是口口聲聲說，認為他們畢竟有壹點見識，就是他們認為道是對的，但是他們去了空，變成了狂禪。”(《城外，城南書院》)這種“見壹點，即以為道正”的“自得”，本質上是虛妄之言，被全斥為無根之學的飄流之談。他引用宋元時期王的話，深刻地揭露了這種“自得”的實質和危害，指出“孟子所謂自得，就是想自然地獲得深造，並無強探之病。除非他說自己丟了儒家，否則壹定是有超脫獨立的看法。世人誤解了自滿的含義，出現了許多新奇的學說，害人不淺(《宋元學案·北山四學案》)。第二，把別人的看法當成“自我滿足”。宋代昆山有舒威數百人，他編纂了《禮記》壹百六十卷。這本書被廣泛收藏，但作者對此只字未提。對此，舒威自己也坦言:“別人寫書是怕書不是出自自己。恐怕不是人送的。全王祖稱贊這種誠實的態度，說這是“真的！"!天下之犬盜霸王龍祭祀著書，而以此為榮，或固守壹誌之士，亦可為夫。”(《魏橡木齋禮記》)給那些以掠奪之美為“自得其樂”的無恥之徒敲響了警鐘。
針對以上兩種積弊，全提出了“力行”的主張。他認為，既然有“跳空”之說，就應該“觀其行而不觀其言”(《楊公學書》，外編)，強調不應該只觀其言而觀其學，而應該在實踐中考察其理論。自鳴得意的學習必須經過實踐的檢驗。“如果沒有經過實踐的檢驗，就沒有必要去判斷是否實際達到”(《石破書院書》)。通過修行，狂禪的自滿會被打破。這種精神貫穿了全壹生的學術實踐。他為黃宗羲編撰和補充的《宋元學案》，是貫徹其學術宗旨的典範。全對宋元學案的續作主要包括三個方面:壹是在內容上有所補充。宋元學案91件，其中32件為全所加，共33卷，約占全書卷數的三分之壹。經過他的補充，宋元時期的主流和支流都得到了充分的體現，學術思想的發展也更加全面。二是對黃宗羲的原文進行修改、修訂和補充，並對其中的錯誤進行考辨。全沒有隱瞞黃宗羲的錯誤，明確指出了原書中的不足，在所有的學習計劃中不持任何意見，客觀地描述了各個學派的學術優劣，達到了整合百家的目的。三是改進學案風格。全將“史表”運用於學案體裁，首次在每壹篇學案中建立“學案表”以揭示學術淵源，是壹個創舉；同時更新前言，認真撰寫，總結評價各派學術。在對待各種流派的態度上，他比黃宗羲更開明，意見也往往比黃宗羲更寬廣、更包容。繼全之後的《宋元學案》，不僅成為中國學術史著作成熟的標誌，而且體現了融會各家之說、註重原創的學術精神，受到學者們的高度評價。此外，全七校《水經註》和三註《睡學註》的學術實踐，也是對其自得於學、融會百家思想的最好註解。正因為如此，全在清代學術風氣轉變中的作用是至關重要的，他的思想認識和學術主張對今天的學者也不失為壹種有益的借鑒和啟示。
全寫了許多傳記文章。《鐘公第二銘》、《二曲先生碑刻》、《先生神道表》、《李洲先生墓碑隨筆》、《桐城前侍郎墓碑銘》、《李墓銘》等碑文，是記述清代重要人物和學術文藝的重要文章。《莊太昌傳》、《論陳同甫》、《明帝列傳》等傳記，《濮陽河》等序文，《周莉先生思老序》，以及《心失後答銀鈴》等簡牘，以及其身後弟子編集的《白先生墳臺與梅花嶺初考》。但是，全的壹些觀點也很極端。他的文章是非正式的。有人嘲笑他不懂古文，敘述不準確(譚仙《唐宓日記》)等。，這實際上是壹種忽視內容，過度審查形式的批評。全的詩更註重評價人物，褒揚忠義，但過於健談直白。
《全》著作的整理出版是全研究的又壹項基礎性工作。民國時期，商務印書館出版了《戚穎亭集》和《戚穎亭集》四大系列圖書。前者收集了88冊藏書和10冊歷史問答。清本的影印和出版，為研究全提供了方便。
2000年，上海古籍出版社出版了《全學派筆記》。本書由謝國楨原創，朱竹筠收集了全的大部分著作，裝訂成三冊，是全著作的集大成之作。當然，如此大的文集，疏漏在所難免，辛德庸的《全註萬刻本——兼論上海古籍出版社》(書品，2004年5、6期)和胡煒的《校讎劄記》(南師大碩士論文，2006年)，都批評了此書的錯誤，糾正了61個標點和文字錯誤。全的作品由黃的《應奇亭文集選註》(齊魯書局1982)和詹海雲的《全學派筆記》(臺北市丁文書所，2003年)以及《全學派手稿合編》(中國國家圖書館縮微中心1996)和《宋元學案》(民國時有中華書局《四註》抄本，現有196
關於全著述過程及其分布的最重要、最全面的考證文章是蔣天舒的《全謝山先生著作考證》(國立北平圖書館學報第7卷第1933號第2期第1號)。本文對全的全部著作及其流傳過程作了全面的考察。指出有全的著作，如《公車上士錄》、《讀易別錄》、《困學筆記三則》、《地方音》、《續教舊詩》、《宋元學案》、《漢書史記》、《七校水經註》、《歷史問答》、《易》等。此後，的《傳註》、黃的《亭集序》、謝國楨的《清代傑出史學家全》和的《全及其著作》(古籍整理與研究，第5期，中華書局，1980，10。因為全的《柳亭集》在滯留多年，引發了壹場公案。劉孔福《內外本源流》(廣西師範學院學報1986年4月)認為董炳春兩次整理文集才形成內外本，並指出謝國楨的“仿明遺民，分內外本”說和黃的“怕災”說不妥。
全有七派“水鏡朱”。在《胡適全集》中，有不少論述全《水經註》五派和七派版本的文字。但是胡適太多疑，假設太大膽。起初，他認為全第七學派是假的，貶低了全的學術態度和成就。後來他在天津圖書館發現了第五派，並撰文承認了第七派的真實性，引起了壹些不必要的考證和討論。謝中嶽的文章《全朱胡適天津圖書館》對此有具體的評論(《圖書館工作與研究》650除胡適外，王國維、陳巧儀、吳等人也評論了全派《水經註》的貢獻。
此外，全還完成了黃宗羲未完成的手稿《宋元學案》。從乾隆十壹年開始，全歷時九年，對黃的原書進行了補充和修訂，增設了三十二個學案。陸的《論編選、體例特點及其歷史地位》(史學史研究1986第2期)、陳祖武的《編選與補充》(中國史學史研究1994第4期)、林九貴的《論作者與寫作經歷》(宋元學例)(黃岡師範學院學報1998年8月)、倉和呂建初的《全與〈宋元學例〉》(歷史月刊第2期) 的《〈宋元學案〉的編纂與成就》(《歷史研究》1990卷3期)、的《全對《宋元學案》補編的貢獻》在該書的歷史、編纂人員和失傳版本(《杭師大學報》2008年6月第1期)及評註傳記中得到高度評價。