建安元年(196),袁譚攻打北海,孔融與之激戰數月,最後逃往山東。不久,他被朝廷招為主事,遷居少府,在太中任大夫。他自然樂於迎賓,批評時政,言辭激烈。終於在建安十三年(208)因觸怒丞相曹操而被殺。
孔融李讓的故事最早見於《世說新語》和《續漢書》。據說孔融四歲的時候,和哥哥壹起吃梨,卻壹直吃最小的梨。他爸爸奇怪的問他,他回答說:“我是小孩子,應該拿小的。”孔融的家族因此對他感到驚訝。