自1998起，蔡琴與國托劇院合作，涉足音樂劇領域，演出《不夜城天使》，已在中國大陸巡演。2003年，演出改編自茶花女的音樂劇《上海壹夜》，她在其中演唱了許多老歌。2005年，她又演出了由電影《修女也瘋狂》改編的音樂劇《奔跑的天使》，再次贏得了觀眾的喜愛。
近年來，蔡琴在巡回演唱會上取得了突出的成績。無論臺灣省、中國大陸、香港，甚至歐美國家，都不例外。
蔡琴信仰基督教，並擔任許多公益活動的代言人。她因電影《青梅竹馬》與已故電影導演相識並結婚，但後來因楊對女鋼琴家的移情作用而離婚。