南宋時期(公元425年)，開國皇帝劉玉的兒子劉義隆遊覽天門山。因為他看到壹座山從中間劈開，兩座山峰聳立在壁上，他壹步壹步爬上山，像上天門，故名天門山。這裏建的寺廟叫天門寺。
唐時，天門寺毀於戰亂。
北宋時，天門寺重建。
從元代到正念時期，禪宗高僧凈本等人對天門寺進行了修繕。
明宣德四年，重修周知秘境，改名“天門寺”。
清朝鹹豐年間，知縣張吉亮寫了《天門觀遊》。
1998，蕭縣民宗局註冊。
2000年，國家文物保護委員會授予天門寺為“中國歷史文化遺產保護區”。
2006年，天門寺被列為市級文物保護單位。因為天門寺有很多古檀香樹，在2006年的全省旅遊工作會議上，安徽省政府向全國打出了“皖南迎客松，皖北古檀香”的亮麗品牌。
2008年6月5438+10月，正式通過國家旅遊局組織的國家4A風景名勝區評審。
2010被安徽省委統戰部、省宗教局表彰為省級和諧寺廟。
2011新版《水滸傳》野豬林在天門寺拍攝。
2015年，國家宗教局授予天門寺為中國佛教活動場所。