中國民族醫藥協會成立於2月1994，18。它是經民政部批準，由有關單位的醫務工作者、管理人員和專家自願組成的全國性、非營利性社會組織。其業務單位是國家中醫藥管理局。
其分支機構有:中國民族醫藥協會教育研究分會、中國民族醫藥協會毛發健康專業委員會、中國民族醫藥協會疑難病專業委員會、中國民族醫藥協會芳香療法專業委員會、中國民族醫藥協會侗藥專家委員會、中國民族醫藥協會蛇傷藥專家委員會、中國民族醫藥協會土家藥專家委員會、中國民族醫藥協會苗藥專家委員會、中國民族醫藥協會蒙藥專家委員會、 中國民族醫藥協會維吾爾醫藥專家委員會、中國民族醫藥協會畬族醫藥專家委員會、中國民族醫藥協會朝鮮族醫藥專家委員會等。