法國哲學有懷疑主義的傳統。早在16世紀，蒙田就用懷疑主義來倡導宗教寬容，笛卡爾也用懷疑主義來解釋傳統知識的不可靠性。貝爾的懷疑論也有同樣的目的。他認為懷疑主義的精神實質是理性批判和探索的精神。從這個意義上說，“所有的哲學家都是學者和飛行員”。懷疑論的目標不是針對科學和社會，而是針對宗教神學。他指出，所有的神學問題和爭論都是混亂的，沒有意義的。諸如恩典和意誌自由、惡的起源和上帝的全能、上帝的存在和靈魂不滅等教條沒有理性的確定性，無法通過懷疑主義的考察。如“三位壹體”的學說，與邏輯的同壹性、人格、個體、個性的同壹性、與“個體是肉體與靈魂的結合體”的哲學相矛盾。
貝爾指出理性與信仰的矛盾，壹方面是為了說明我們不能用信仰否定理性，另壹方面是為了說明理性不能否定信仰。他的懷疑結論是:既然我們既不能證明信仰為真，也不能否認信仰為假，那麽我們就應該對宗教信仰保持寬容的態度。出於宗教寬容的目的，貝爾懷疑論的最終歸宿是信仰和理性的“雙重真理論”。這與後來的百科全書派站在唯物主義立場上對宗教和基督教信仰的激烈批判是完全不同的。貝爾只批判神學和壹切用理性證明信仰的哲學理論，但他並沒有批判信仰本身。相反，他說信仰來源於“啟示之光”，理性是“自然之光”，信仰在理性之外，但又不失確定性和真理性。宗教信徒完全有權利相信世界末日和奇跡。只要他們不把信仰和理性混為壹談，他們的信仰就是不容置疑的真理。
貝爾不僅將理性從信仰中分離出來，也以同樣的方式將道德從宗教中分離出來。他說，道德的基礎不完全是信仰，對實際環境和行動後果的理性計算也能使人趨善避惡。他說:
對上帝的敬畏和熱愛並不總是比其他動機更積極的動力，對榮譽的熱愛，對死亡的恐懼，對惡名和痛苦的恐懼，對官位的期待。對有些人來說，驅動力應該是取悅上帝，害怕打破教條。
他建議將“對上帝的敬畏和熱愛並不總是人們行動的最積極的動力”納入壹般道德準則。根據這個道德原則，異教徒和無神論者都可以行善，他們也可以組成壹個秩序井然、道德高尚的社會，尤其是無神論者。他以遙遠的中國為例，說明世界上存在這樣壹個無神論社會。這在當時是壹個令人震驚的結論。馬克思說，這壹思想“宣布了壹個註定要立即開始的無神論社會的到來”。當時德國的弗裏德裏希大帝在評價啟蒙學者的貢獻時說，貝爾打響了啟蒙運動的戰役，壹批英國哲學家緊隨其後，伏爾泰最終果斷結束了這場戰役。