種子萌發的過程如下:種子在適宜的環境條件下開始萌發。種子萌發時吸水膨脹，種皮變軟，呼吸功能逐漸增強。儲存在子葉或胚乳中的營養物質逐漸分解轉化為細胞可以吸收利用的營養物質，然後輸送到胚、下胚軸和胚根。
種子的胚根首先突破種皮長到地上，然後發育成幼苗的根。隨後，下胚軸的細胞也生長伸長，發育成根與莖的連接部，胚發育成幼苗的莖和葉。同時，貯存營養物質的胚乳或子葉由於營養物質的消耗而逐漸萎縮，這表明胚是發育幼苗的結構。
雙子葉植物的無胚乳種子，如大豆、棉花和各種瓜類，萌發時胚根先伸入土壤形成主根，然後下胚軸伸長，將子葉和胚推出土壤。這顆幼苗的子葉出土了。子葉下的幼苗主軸部分從下胚軸上伸長；子葉和第壹片真葉之間的主軸由上胚軸形成。子葉出土後壹般會變綠，可以暫時進行光合作用。後來，胚芽發育成莖和地上的真葉。子葉中的營養物質耗盡後會枯萎脫落。
雙子葉植物如豌豆、荔枝、橙子的無胚乳種子和三葉草橡膠種子的胚乳種子，單子葉植物如水稻、小麥、玉米的胚乳種子萌發時，下胚軸不伸長，子葉留在土壤中。上胚軸或中胚軸和胚伸出地表。