中國已知大約有8000種。傳統的分類方法分為四類，即藻菌綱、子囊菌綱、擔子菌綱和半真菌綱。新分類分為五個亞科，即鞭毛菌亞科、接合菌亞科、子囊菌亞科、擔子菌亞科和半知亞科。1.活性細胞(遊動孢子)；有性階段的孢子是典型的卵孢子，鞭毛藻的壹個亞科。
1.固定細胞
2.性階段
3.有性階段的孢子為接合孢子-接合菌亞門。
3.沒有接合孢子
4.有性階段的孢子為子囊孢子-子囊菌亞門。
4.有性階段的孢子為擔子菌亞門。
2.性缺失階段——半知菌子囊菌亞科是真菌中種類最多的亞科，全世界有2720屬28650種。除少數低等子囊菌為單細胞外，大部分都有發達的菌絲，菌絲有橫隔，緊密結合成壹定的形狀。子囊菌的無性繁殖特別發達，包括分裂、出芽或形成各種孢子，如分生孢子、節孢子、厚垣孢子(厚垣孢子)等。有性生殖產生子囊和子囊孢子，這是子囊菌亞科最重要的特征。除少數原始種外，子囊菌都是裸露的，不形成子實體，如酵母。大多數子囊菌產生子實體，子囊菌被包在子實體內。子囊菌的子實體也叫子囊果。子囊菌的形狀是子囊菌分類的重要依據。有三種常見類型:
子囊殼的果實呈圓盤狀、杯狀或碗狀，子囊殼中的許多子囊菌和隔膜(不育菌絲)垂直排列在壹起，形成壹層子實層。種子層完全暴露在外面，如盤菌。
閉囊殼中的子囊菌完全閉合成球形，沒有開口，子囊孢子破碎後才能散開。
子囊果為瓶狀或囊狀，頂端開口。這種子囊果多埋在子座內，如麥角菌、冬蟲夏草等。擔子菌亞門是壹個多樣的真菌類群，全世界有1100多個屬，16000個種。都是由多細胞菌絲體組成的生物，菌絲體有隔膜。在整個發育過程中，產生兩種不同形態的菌絲:壹種是擔孢子萌發形成的帶有單核細胞的菌絲，稱為初生菌絲。以後通過單核菌絲的加入，細胞核不及時結合，保持雙核狀態。這種菌絲稱為次生菌絲。次級菌絲的雙核期相當長，這是擔子菌的特點之壹。擔子菌最大的特點是形成擔子和擔孢子。在擔子菌和擔孢子形成的過程中，菌絲體頂端的細胞壁上產生壹個喙狀突起，向下彎曲形成壹種特殊的結構，稱為鎖連合(下圖)。在鎖閉合生過程中，細胞內的兩個核經過壹系列從分裂到融合的變化，形成壹個二倍體(2n)核，經過二次分裂，其中壹次是減數分裂，從而產生四個單倍體(n)。此時頂細胞膨大成壹個擔子，擔子上生出四個小梗，於是四個小核分別移入小梗中，* * *發育成四個孢子——擔孢子。產生擔子菌的復雜結構菌絲體稱為擔子果，是擔子菌的子實體。它的形狀，大小，顏色都不壹樣，有傘，有扇，有球，有頭，有筆。在傳統的分類系統中，擔子菌被當作擔子菌，分為兩個亞類，即有隔膜的擔子菌和無隔膜的擔子菌。現代分類學將擔子菌分為四類，即:擔子菌，如銀耳、木耳、蘑菇、靈芝等。Gasteromycetes，如馬勃菌和鬼筆菌；銹菌(Urediniomycetes)和黑粉菌(ustilinginomycetes)，如玉米粉(玉米芯)。
擔子菌是昆布綱中最常見的壹類。該綱擔子菌有傘狀或帽狀的子實體，其上的平展部分稱為菌蓋。帽下從中心到邊緣有許多放射狀排列的薄片，稱為鰓。用顯微鏡觀察菌褶時，可以看到稱為擔子菌的桿狀細胞，頂端有四個小梗，每個梗上生有壹個擔孢子。有壹些菌絲夾在不產生擔孢子的擔子菌之間稱為側絲，擔子菌和側絲形成壹層子實層。褶皺中間是菌絲交織的菌絲體。在壹些蘑菇中，褶皺之間有幾排被稱為隔膜(囊)的大細胞。隔膜展開褶皺，有利於擔孢子的展開。在菌蓋下面是壹個細長的柄，叫做菌柄。當壹些傘菌的子實體是年輕的時，在菌蓋邊緣和菌柄之間有壹層膜，這種膜被稱為傘菌。當瓶蓋打開時，內部的傘菌被打破，留在柄上的部分構成壹個環。壹些子實體在年輕時被壹層膜覆蓋，這種膜被稱為universalveil agaricales。當柄被拉長時，被膜破裂並保留在柄基部的壹部分，從而導致團藻。這些結構特征是鑒別傘菌屬的重要依據。許多種類的蘑菇是可食用的，少數是劇毒的。雖然形式簡單，生理比較復雜，但種類很多，應用也多種多樣。工業上用於釀酒，銀耳
酵母將葡萄糖、果糖、甘露糖等單糖吸入細胞，通過內部酶的作用，在厭氧條件下將單糖分解為二氧化碳和酒精。這個動作就是發酵。在醫學上，由於酵母含有豐富的維生素B、蛋白質和各種酶，細菌可以制成酵母片。可用於治療消化不良，可從酵母中提取生產核酸衍生物、輔酶a、細胞色素C、谷胱甘肽和各種氨基酸的原料。屬於枝孢科。菌絲有隔膜，是多細胞的。無性繁殖發達，菌絲體產生大量分生孢子，頂端膨大成球狀，稱為分生孢子。在孢子囊的整個表面上，產生許多放射狀排列的孢子囊，在孢子囊的頂部生長著壹系列球形分生孢子。分生孢子有綠色、黑色、棕色、黃色和橙色。曲黴菌種類繁多，廣泛分布於空氣、土壤、糧食和中草藥中。它是釀酒工業中的重要菌株，能產生檸檬酸、葡萄糖酸和其他有機酸。黑曲黴和雜色曲黴。)Tiraboschi可引起糧食和中藥材黴變，後者還產生sterigatocystin，可引起肝損傷。尤其是花生和花生粕中常見的黃曲黴毒素(Aspergillus flavus A.flavusLink)，能產生劇毒的afla—毒素，引起肝癌。