20世紀50年代，他把佛教哲學研究作為中國哲學研究的壹個組成部分。自20世紀50年代以來，他發表了多篇關於佛教哲學研究的文章，受到毛澤東的高度重視。這些論文後來作為漢唐佛教思想文集出版，成為新中國用馬克思主義研究宗教問題的奠基石。1964年，毛澤東主席和周恩來總理命令他建立世界宗教研究所。幾十年來，世界宗教研究所培養了壹批又壹批宗教研究人才。漢唐佛教思想集後，主編《中國佛教史》(八卷，已出版三卷)、《中國道教史》、《宗教大辭典》、《佛教大辭典》。
任先生的第三個學術貢獻是“儒學即教與言”，這從根本上改變了對中國傳統文化本質的看法，是認識中國傳統文化本來面目的基礎性理論成果。多年來，“儒學即教即講”逐漸被學術界所理解和認同。
任先生的第四個學術貢獻是領導了壹次大規模的傳統文化資料的整理工作。自20世紀80年代以來，任先生領導了中國大藏經的整理和編纂工作。全書106卷，102萬字。目前中國大藏經(下冊)也已經上線，預計2-3億字。同時，任先生還主持編纂了《中華大典》，估計有7億字。
任先生的第五個學術貢獻是始終堅持以科學無神論為基礎的馬克思主義宗教觀，在宗教研究中堅持馬克思主義立場，以無神論批判各種有神論，打著科學和民族文化的旗號抵制各種外來迷信。在他的領導下，創辦了建國以來唯壹以宣傳無神論為宗旨的雜誌《科學與無神論》。
專著有《漢唐佛教思想集》、《中國哲學史》、《任學術著作選》、《任學術文化論文集》、《老子全譯》、《老子詮釋》等。主編:《中國哲學簡史》、《中國哲學史》(4卷)、《中國佛教史》(8卷，1和2卷)、《宗教辭典》、《中國哲學發展史》(7卷，1和2卷)等。此外，他還主持編輯出版了《中國大藏經》(中文部分)；主要論文收錄於《漢唐佛教思想集》和《中國哲學史》。