2.秘密；秘密。《古今小說·滕鬼斷家具》:“這是我的尋歡圖，其中自有玄機。可以悄悄收，不要露眼睛。”《官場現形》中第壹次:“他是壹個前有發展，後知玄機的人。”老舍《四世同堂》:“婚宴他會訂多少桌，怎麽稍微調整壹下菜單碼就省了壹元錢，讓普通客人看不出玄機。”
3.深刻的真理。佛教術語的意思是佛經所講的道理是神秘的，不可說的，我們要盡力去理解。詳見《多佛塔》:“密蓮花也，諸佛密藏也。