雖然“厘”和“理”都有“整理、治理”的意思，但二者的區別還是比較明顯的。
“厘”側重於使事物分開、剝離。厘清的支配對象往往是“關系”“原則”“任務”。在“厘清”之前，人們或許對某個問題或現象沒有分辨得很清楚，“厘清”之後，往往就劃分了某種界限，使得某問題或現象的性質等得以分明地呈現出來。而“理清”壹般用於有條理的事物，如“理清思路”“理清頭緒”。
《現代漢語詞典》（第6版）中“厘”的解釋為：（書）整理；治理，如厘定。“厘清”的解釋為：（動詞）梳理清楚，如厘清二者關系。“理”的解釋為：物質組織的條紋；紋理，如木理。管理；辦理，如理財。（動詞）整理；使整齊，如理發。
例如，在“厘清事實真相”中，“厘清”就是“澄清，查清楚”的意思；換句話說，“厘清事實真相”就是查清事實真相的意思。這裏如果改為“理清”，則是不準確的。