日本佛教的早期建立歸功於聖德太子的推動。他在攝政王的30年間，上書弘揚佛教，建立寺廟，親自宣講佛經，向唐朝派遣使節，將從朝鮮傳入中國文化的方式改為從日本直接與隋唐文化交流，並以佛教為國教。推古三十三年(625年)，朝鮮的薩摩亞人帶著智慧來到日本，傳播了三大學說，開創了日本佛教的三大流派，成為這壹時期佛教的主流。另壹種方式，趙入唐(653)，師從玄奘大師，這是日本法香宗的第壹部傳記。再看佛教在最初傳播的時候，是受到國家保護的，但當時社會還是以求神的心態來崇拜佛教，還沒有進入真正的智慧和修行。
奈良時代繼承了明日香時期的護國政策，用興隆佛教護國利民。聖武天皇熱心弘揚佛教，修建宏偉的東大寺，鑄造舉世聞名的奈良大佛，並請大和尚唐設壇講戒，正式確立日本佛教的戒律，推崇華嚴思想，以體現其政教合壹的思想。這壹時期，佛教學風鼎盛，主要有三論、石成、法家、聚社、法家、華嚴六大門派，即所謂的“奈良六派”。寺院大多是各種教派並存，研究者也同時研究幾個教派。只是其中，華嚴宗為聖武天皇所看重，具有統治地位。法香宗人才輩出，成為這壹時期佛教思想的主流。其他方面，如寫經、佛教文學、美術等，也同時受到歡迎。綜合看待這壹時期的佛教，它強調人文性和民族性，具有學術發展的特點。在中國是從教義上流傳下來的，沒有新的理論。
平安前時期的佛教興盛於天臺宗和甄珍教，是從海最清空的唐代傳入的。到了唐代，日本的佛教成為具有日本特色的復雜而完整的天臺宗。空海著有《論秘密宗教的識別與揭示》，這是最早的判斷秘密宗教的理論著作。至此，日本佛教已逐漸脫離中國的範疇，發展成為壹種民族化的佛教。另外，在最清最空的唐朝前後，也有很多僧人同時到中國學習，也就是所謂的“入唐八家”，在古今也是赫赫有名，他們的學習都和密教有關。因此，平安前時期的日本佛教可稱為密宗佛教的興盛時期。這壹時期，佛教深受貴族的信仰，貴族青年都以出家為時尚。
平安中期以後，貴族和武士矛盾嚴重。佛教為了保護寺廟財產，招募武士為僧兵，於是佛教僧侶卷入日本政治漩渦，奈良六宗衰落，產生了佛教的思想。但由於佛教的警惕，新的教派開始出現。最早出現的學派是以凈土思想思考佛與死的學派，以天上的人和慧心源頭的信為代表。因此，奈良時代的國家和學術佛教在平安時代轉變為民間佛教。
鐮倉時代
平安末年慘烈的內戰後，元來王朝在鐮倉設置了將軍幕府，開啟了鐮倉幕府時代，也拉開了日本軍事獨裁制度的序幕。在佛教方面，新教派層出不窮，奈良六派也處於復興之勢，新舊佛教存在多元化的互動和影響。根據發展時間，分為三個階段。
室町時代
由於社會動蕩，佛教也從巔峰走向衰落。只有禪宗，因為武士的投降和“看清自然”的宗旨，才能夠在戰爭災難中盛行於各行各業，並由此產生了日本的茶道、花道、書道和夾雜著禪味的劍道。禪僧受到將軍和武士的尊重和支持，自然促進了禪宗的盛行。這壹時期最受推崇的老師是夢窗和大燈，奠定了“五嶽文學”的地位。此外，凈土宗、凈土真宗、日蓮宗等教派在創始人去世後，因正統之爭逐漸分裂成許多教派，但仍受到許多農民信徒的保護。室町末期，戰國時期，佛教形成了兩種不同的局面:壹種是與武士聯合以適應環境，如咒文、天臺宗；另壹股勢力聯合被壓迫的民眾，如農民、下層民眾，爭取有利的局面，如凈土宗、日蓮宗等。
江戶時代
戰國動亂後，德川家康在江戶設立幕府，為減少外來壓力和內部紛爭，頒布“鎖國政策”，禁止耶穌會士等容易引發動亂的活動，使佛教等文化得以穩定持續發展。德川家康是凈土宗信徒，他極力保護佛教，並將其納入封建政權。他頒布“寺院章程”，制定各教派寺院的隸屬關系和關於寺院的各種規定。還實行了“寺廟-檀香制”，讓全國每個國民都有壹座屬於保護的寺廟。由於法度的限制和寺廟檀香的設立，寺廟僧人的生活得到了保障，但也導致了佛教發展的停滯。
這壹期的佛教，從中國請來了隱士祁龍禪師(1592-1673)，打造日本小檗教派，最受關註。“黃渤教”與林佶教和曹東教壹起，是日本禪宗的第三大教派。總的來說，這壹時期的法度體系獎勵學習，但在思想上有所局限，所以在佛學研究上沒有特別的表現。相反，江戶末期，積極推行儒學和漢學。此時日本的神道也及時復興，但受“廢佛毀寺”的影響，佛教再次進入黑暗期。
明治維新至今
孝明帝慶英英第三年(1867)，歸還大政方針，第二年開始明治維新。明治元年(1868)，明治天皇頒布了神佛分離令，以神道教為國教，以各種理由強迫僧侶采用共同姓氏，甚至鼓勵僧侶吃肉娶妻。於是佛教界聚集信眾發起“護法掌摑”(團結)運動進行抵抗，被制止了，但受到了日本凈土的影響。新佛教的先驅如福田航傑、大谷光尊、赤松光英等，以世界宗教潮流批判政府的宗教政策，其他如西本安寺真宗的島津美利等，則大力主張宗教自由的立場，最終於明治二十二年通過了關於宗教自由的法律規定。至此，佛教得以渡過難關，進入新時代。
明治20年前後，佛學自由研究的新思潮廣泛傳播，佛學大學的建立、經典的整理、佛教辭書的編纂發行，豐富了日本近代佛學的內容。在信仰上，已經脫離了中國的佛教風格和觀念，日本文化釀造的佛教也在民間得到了普及。第二次世界大戰後，佛教如雨後春筍般蓬勃發展。