毛奇齡博覽群書,經學詞章各擅勝場。又善於雄辯標新立異。遇有異說,必“搜討源頭”“字字質正”,好持自己獨特見解。其所撰《四書改錯》是針對朱熹《四書集註》之抨擊。毛奇齡壹生以辯定諸經為己任,力主治經以原文為主,不摻雜別家述說。他在少林寺寫的《大學知本圖說》,為其得意之作。以及其它眾多著作,均闡明他的治經思想。除潛心經學外,對地方誌亦有研究,著有《湘湖水利誌》3卷,《蕭山縣誌刊誤》3卷等。此外,毛對文學、音樂頗有造詣,好詩詞歌賦,著有《西河詩話》、《西河詞話》多卷;又曾教授樂律,著有《竟山樂泉》4卷,《樂本解說》2卷等。
毛奇齡70歲時,自撰墓誌銘.提出死後“不冠、不履,不易衣服,不接受吊客”。康熙五十五年(1716)在家病逝。他的遺著由學生編纂為《西河全集》,***493卷,有40余部著作收錄幹《四庫全書》。
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