窠和巢區別如下：
巢，念cháo，本義是指鳥搭在樹上的窩，亦指蜂、蟻等動物的窩，借指敵人或盜賊的藏身之所。如：鳥巢；蜂巢；巢窟；匪巢；巢穴。巢也是姓。
窠，念kē，本義是指築在地洞裏的鳥窩，亦指蟲、獸的巢穴，借指人安居或聚會的處所。如：窠巢；狗窠。
《說文解字》指出：“鳥在木上曰巢，在穴曰窠。”所以，從本義上說，巢與窠都是指鳥窩，但巢是在樹上，窠是在地洞中，還是有區別的。
從現代意義上看，巢和窠除了指鳥窩外，均還可指蟲、獸的窩，也借指人的聚所。但在指人的聚所時，巢含貶義，是指敵人或盜賊的聚所；而窠則可指人們的居所，不含貶義。
窠康熙字典：
《唐韻》《集韻》《正韻》?苦禾切，音科。《說文》空也，穴中曰窠，樹上曰巢。《小爾雅》雞雉所乳謂之窠。《廣韻》窠窟，又巢。《左思·蜀都賦》榷惟庸蜀，與鴝鵒同窠。
說文解字：
卷七穴部窠。
空也。穴中曰窠，樹上曰巢。從穴果聲。苦禾切。