只要涉及到登錄，就需要用到密碼，如果密碼設定不恰當，就很容易被黑客破解，如果是超級管理員(root)用戶，如果沒有設立良好的密碼機制，可能給系統造成無法挽回的後果。
很多用戶喜歡用自己的生日、姓名、英文名等信息來設定，這些方式可以通過字典或者社會工程的手段去破解，因此建議用戶在設定密碼時，盡量使用非字典中出現的組合字符，且采用數字與字符、大小寫相結合的密碼，增加密碼被破譯的難度。
二、登錄用戶管理
進入Linux系統前，都是需要登錄的，只有通過系統驗證後，才能進入Linux操作系統，而Linux壹般將密碼加密後，存放在/etc/passwd文件中，那麽所有用戶都可以讀取此文件，雖然其中保存的密碼已加密，但安全系數仍不高，因此可以設定影子文件/etc/shadow，只允許有特殊權限的用戶操作。
三、賬戶安全等級管理
在Linux操作系統上，每個賬戶可以被賦予不同的權限，因此在建立壹個新用戶ID時，系統管理員應根據需要賦予該賬號不同的權限，且歸並到不同的用戶組中。每個賬號ID應有專人負責，在企業中，如果負責某個ID的員工離職，該立即從系統中刪除該賬號。
四、謹慎使用"r"系列遠程程序管理
在Linux操作系統中，有壹系列r開頭的公用程序，如rlogin、rcp等，非常容易被不法分子用來攻擊我們的系統，因此千萬不要將root賬號開放給這些公用程序，現如今很多安全工具都是針對此漏洞而設計的，比如PAM工具，就可以將其有效地禁止掉。
五、root用戶權限管理
root可謂是Linux重點保護對象，因為其權利是最高的，因此千萬不要將它授權出去，但有些程序的安裝、維護必須要求是超級用戶權限，在此情況下，可以利用其他工具讓這類用戶有部分超級用戶的權限。sudo就是這樣的工具。
六、綜合防禦管理
防火墻、IDS等防護技術已成功應用到網絡安全的各個領域，且都有非常成熟的產品，需要註意的是：在大多數情況下，需要綜合使用這兩項技術，因為防火墻相當於安全防護的第壹層，它僅僅通過簡單地比較IP地址/端口對來過濾網絡流量，而IDS更加具體，它需要通過具體的數據包(部分或者全部)來過濾網絡流量，是安全防護的第二層。綜合使用它們，能夠做到互補，並且發揮各自的優勢，最終實現綜合防禦。