考古發掘與研究 上個世紀30、40年代，壹批著名專家學者雲集南京博物院，如李濟、吳金鼎、夏鼐、曾昭燏、王天木等，他們或獨立、或與中央研究院合作，對四川、雲南、貴州、甘肅、新疆等地的民族、民俗、古跡、民間藝術，進行調查、發掘和研究，主持或參與了雲南蒼洱地區考古發掘、四川彭山崖墓考古發掘、河南安陽殷遺址考古發掘、山東日照兩城鎮龍山文化城址考古發掘等。通過收購、撥交、發掘，曾壹度集中了全國的壹流珍品二三十萬件，其中包括繪畫中的《歷代帝後像》、《唐明皇幸蜀圖》，銅器中的毛公鼎、司母戊鼎等稀世國寶。
上世紀50年代初，南京博物院作為華東文物工作隊的主要組成，曾在江蘇、福建、浙江、安徽、山東等地主持或參與發掘了壹批文化遺址和墓葬，曾昭燏、尹煥章、趙青芳等主持發掘的南唐二陵、青蓮崗遺址等大批墓葬都頗具影響。1954年後，考古調查和發掘工作以江蘇境內為主。
上世紀90年代後，南京博物院的考古工作重點圍繞區域文化研究，對大型遺址進行科 學的考古發掘，碩果累累。及至2007年底，由南京博物院主持進行的昆山趙陵山遺址（1991）、高郵龍虬莊遺址（1993）、揚州唐城遺址（1993）、徐州獅子山西漢楚王陵墓（1995）、揚州宋大城遺址（1995）、金壇三星村遺址（1998）、江陰高城墩遺址（1999）、連雲港藤花落遺址（2000）、無錫鴻山越國貴族墓（2004）、江蘇句容金壇土墩墓墓群（2005）等十項考古發掘，相繼被評為“全國十大考古發現”，位居全國前列。其中藤花落、句容金壇土墩墓考古發掘還獲得全國田野考古二等獎、三星村遺址的考古發掘獲得三等獎，顯示了南京博物院考古的實力和水平。
在考古發掘的基礎上，南京博物院考古工作者歷年整理出版了《南京附近考古報告》、《華東新石器時代遺址》、《南唐二陵》、《沂南古畫像石墓發掘報告》、《北陰陽營》、《四川彭山漢代崖墓》、《無錫鴻山越墓》等大型發掘報告，尤其是提出的龍虬文化、“青蓮崗文化”、“湖熟文化”等考古學文化的命名，曾在中國考古學界引起了較大的反響。 文物保護技術研究 南京博物院文物保護技術研究起步於上個世紀70年代中後期，承擔著江蘇省館藏文物和地面文物的保護工作，並以較強的技術優勢為周邊省區搶救保護了大批珍貴文物。自2001年以來先後有“舊紙張保護技術”、“NMF—1防黴劑”、“復方中草藥殺蟲劑”等14個項目，獲國家、文化部、省文化廳各種等級大獎。 “脆弱紙張網膜加固技術”在國內處於領先水平，“青銅器保護新材料”、“白蟻防治新藥”等研究成果在全國推廣應用，取得了顯著的效益。 民族民俗學調查 民族民俗學的調查和征集工作是南博機構建置的另壹特點，是全國博物館中唯壹設置有民族民俗學研究的機構，它起源於40年代在川、康、黔等省對彜、納西、苗、傣、僳僳等少數民族的調查，而主要對太湖地區漢族的民俗、民風進行專題調查，並取得了可喜的成果。 學術活動及期刊 江蘇省博物館學會、考古學會、民俗學會和吳文化學會都掛靠在南京博物院，自上個世紀70年代後期起，以學會為依托，先後開展了“長江下遊史前文化研究”、“紅樓夢研究”、“吳 文化研究”等研究活動。由四個學會合辦的《文博通訊》，經過十余年的發展，成為公開發行的《東南文化》雜誌，是國內外文博、考古界的重要學術刊物，連續被評為省內10種優秀社科雜誌之壹，2001年還被列為“中國期刊方陣”的“雙效”刊物。進入21世紀以來，南京博物院立足江蘇，放眼全國，主辦或承辦的“中國文物保護技術協會第五次全國代表大會” 、“中國數字博物館論壇暨中國博物館學會博物館數字化專業委員會2006年會”等壹系列學術活動都獲得較好的反響。 出版 建院以來，南京博物院主持編撰了文博、考古圖書百余部。其中上世紀30年代曾昭燏、李濟的著述《博物館學》奠定了中國博物館學的基礎。進入新時期以來編撰出版的《南京博物院藏寶錄》、《新沂花廳——新石期時代遺址發掘報告》、《南京博物院文物博物館考古文集》、《中國清代官窯瓷器》、《南京博物院藏名畫欣賞》、《南京博物院藏明清肖像畫》 、《吳文化國際學術研討會論文集》等都受到學界好評。 信息技術 隨著現代信息技術的飛速發展，人類文明快速進入全球化和信息化的新時代，互聯網等技術手段也在變革著人們利用博物館的方式。1999年，南京博物院成立了信息中心。在規劃、建設、維護本院的信息網絡和通信網絡系統的基礎上，建立文化遺產信息管理系統，承擔文博信息化科研工作。自建立以來在文博信息化建設方面取得了較多的成果，推動南京博物院進入了國內博物館信息化建設的先進行列。2003年，設計、開發的南京博物院網站榮獲文化部、團中央、國家信息化推進工作辦公室、新華社和《人民日報》等十家單位聯合頒發的“全國優秀文化網站”稱號。完成了承擔的國家“十五”科技攻關課題——“大遺址保護中虛擬現實技術的應用研究”的科研工作。信息中心還受到許多文博機構的邀請，協助數十家博物館完成了信息化、多媒體展覽的規劃、設計。 在抗日戰爭內遷西南期間，壹批著名專家雲集於此，如李濟、吳金鼎、夏鼐、曾昭橘、王天木等。進行考古發掘、民族調查，南京博物院還編輯出版《南京附近考古報告》、《華東新石器時代遺址》、《沂南漢畫像石墓發掘報告》、《南京博物院院藏古畫選集》 、《南唐二陵發掘報告》、《揚州八家畫集》、《江蘇省出土文物選集》、《蘇州磚刻》、《南京博物院藏畫集》、《江蘇彩陶》、《江蘇六朝青瓷》 、《六朝藝術》、《南朝陵墓石刻》、《太平天國壁畫》、《南京博物院》 、《雲南蒼洱境考古報告》、《麽些象形文字字典》等數十種圖冊、專著及《南京博物院集刊》、《東南文化》等刊物。
2002年10月15日，南京博物院獲得“中國優秀文化網站”稱號。
2002年11月中旬-2003年1月22日，由南京博物院考古研究所和宿遷市文化局、泗陽縣廣播電視文化局聯合組成的考古隊，對泗陽縣三莊鄉的陳墩漢墓、大青墩漢墓進行了搶救性考古發掘，出土了青銅器、漆木器、玉器、樂器、錢幣、印章等壹批珍貴文物，並且還發現了由龐大的木質大門、回廊、院子構成的壹個完整的建築形態。
2002年4月26日，南京博物院獲南京市政府殘疾人工作協調委員會、南京市無礙設施建設工作先進單位。
2002年，在江陰佘城遺址發現商代中期公***建築。圖為2號房址。
2002年6月21日，張雪菲同誌參加江蘇省省級機關紀念建黨80周年演講比賽，榮獲中***江蘇省委省級機關工作委員會頒發的演員二等獎.徐湖平作品《五月的鮮花》榮獲壹等獎。