“敦煌”壹詞，最早見於《史記·大宛列傳》中張騫給漢武帝的報告，說“始月氏居敦煌、祁連間”，公元前111年，漢朝正式設敦煌郡。古代人壹般用漢語字面意義來解釋“敦煌”地名，如東漢應邵註《漢書》中說“敦，大也。煌，盛也。”唐朝李吉甫編的《元和郡縣圖誌》進壹步發揮道：“敦，大也。以其廣開西域，故以盛名。”
但現代大多數學者認為“敦煌”的詞源不是漢語。壹般認為，《山海經》中記載的“敦薨”即是敦煌最早的稱呼，而“敦薨”或敦煌是當地少數民族語言的漢語音譯，至於是哪個民族，則是眾說紛紜。日本學者藤田豐八考證說，敦煌可能是都貨羅（Tokhara）譯音，而都貨羅也就是當時居住在敦煌、祁連間的月氏人 ；中國學者岑仲勉認為敦煌的詞源是“桃花石”（Taugas） ；王宗維認為“敦薨”或敦煌為“吐火羅”的音譯，並推斷敦煌為吐火羅人居住的故地 ；李得賢則認為敦煌為古羌人語言“朵航”（義為誦經地或誦經處）的對音。 總之，“敦煌”地名的詞源為漢朝以前的當地少數民族語言之漢譯，這點應是沒有疑問的。