晨曦未露，六歲玄燁已在冰天雪地之中，趕往蒙館讀書，但仍遲誤了半個時辰，帝師魏承謨鞭責陪同玄燁念書的兒子魏東亭。順治皇帝下旨，令眾皇子廷試，並視廷試情況獎罰師徒。其實，此舉乃是順治有意向佛，挑選接位之子，並請僧人行森大師相助。玄燁在廷試中頂撞順治，被罰站立應試。順治愛妃鄂貴妃病危，提出想要壹個孩子，順治準備將玄燁過繼給她，引起玄燁生母佟妃不滿，向孝莊太後哭訴，孝莊太後決定將玄燁帶在自己身邊。玄燁廷試表現優異，令順治和行森驚嘆不已，被獎，並可在龍椅上睡覺。少女蘇麻喇姑被孝莊太後憐愛，收在自己身邊，並叫她做玄燁的姐姐，陪伴玄燁。不料，玄燁突生惡疾天花，病情危急。在行森的挑唆下，加上鄂貴妃病勢加重，順治更加堅定了皈依佛門的心意。玄燁突生天花，順治疑是曾生過天花的蘇麻喇姑所染，令宮內太監將她拉出去辦了。第二集
宮內太監準備將蘇麻喇姑活埋，幸虧孝莊太後趕到，加以阻止，並令蘇麻喇姑出宮。順治為鄂貴妃和玄燁病情所困，向佛之心日重，久疏朝政，令大臣萬分著急。在行森的建議下，順治為鄂貴妃舉行佛法道場，宮廷內彌漫氤氳佛聲。全國四方急奏高積，眾大臣無奈之中，闖入道場，企圖勸駕。孝莊太後也是萬分悲急，令大臣改朱批為藍批，處理朝政事務。蘇麻喇姑上山采集天花良藥芨芨草，在宮廷外跪站壹天，終被叫進宮內。玄燁服用以後，病情開始好轉。孝莊太後令佟妃送同樣的藥給鄂貴妃。在順治面前，佟妃卻說這藥原是牛服用的，於是被順治斥退。玄燁病愈，孝莊太後欣喜之余，說救命恩人是蘇麻喇姑，蘇麻喇姑又被召進宮伺候玄燁。鄂貴妃終於病逝，順治在靈堂中決定皈依佛門。大臣索尼闖宮被阻，在大堂外大喊大叫。第三集
順治終於給索尼開了門，並說日出之前決定歸宿。眾大臣遂相告孝莊太後。孝莊太後令索尼尋找行森師爺玉林秀，請他收治行森，並對宮廷防備作了安排。孝莊太後和順治母子在掛有祖宗畫像的大堂內相見，孝莊太後怒斥順治，並向順治跪下哀求，但順治終無意皇位，向心佛國。孝莊太後決定毒死順治，將準備好的毒酒遞給順治。順治正欲喝下，被躲在門外偷聽的玄燁沖進奪下。孝莊太後怕毒酒壹事影響玄燁壹生，將此事問玄燁，玄燁機靈作答，說出自己的想法，令孝莊太後非常欣慰。孝莊太後與玉林秀相見，將皇帝在行森引誘之下想當和尚之事實情相告，玉林秀願以佛門法規收治行森。第四集
玉林秀厲責行森，說勸誘皇帝出家，必將引起宮廷震怒，殃及佛門，但行森力辯，死不改意。順治有意禪位玄燁，問玄燁敢不敢做皇帝，玄燁態度堅決。順治令魏承謨擬“罪己詔”，魏承謨無奈之中只好從命。玉林秀見行森頑固到底，只好搬用佛門法規火燒行森。順治令人給他剃度，奴才均不敢應承，蘇麻喇姑站了出來，替他剃了頭發。索尼等眾大臣在旁監督火燒行森。行森面無懼色，壹意孤行。順治趕到現場，意欲救行森，眾大臣卻跪下請皇帝下旨。順治無奈之中，只好眼睜睜看著行森被燒死。魏承謨宣讀由他筆錄的順治退位的《罪己書》，眾大臣力主不應該將其公之於眾，孝莊太後卻令加上三條罪己條文，明示天下，並公告清始祖順治皇帝龍禦歸天。順治遁入空門以後，法名行癡。玄燁即位，是為康熙皇帝。第五集
康熙即位儀式，本由帝師魏承謨司儀。但鰲拜等權臣以魏承謨是漢人為由，提議應由滿人吳良輔即鰲拜的幹兒子執掌，孝莊皇太後為了穩定政權局勢，只好妥協，改由良輔主持皇位登基，並封鰲拜、索尼、遏必隆、蘇克沙哈等四人為侯爵，主持朝政。公元1661年，八歲康熙正式登基。鰲拜大肆圈占土地，魏承謨上奏訴清查，康熙令索尼徹底清查，索尼則提議應以蘇克沙哈主持此事。鰲拜與遏必隆等開始結黨，索尼則居中觀鬥。鰲拜派人捕走康熙侍衛，康熙大怒。康熙命魏東亭免去陪讀之職，管帶鰲拜派來的新的侍衛。在朝政上，鰲拜、遏必隆等權臣借口不願意與奸黨同朝，站在大殿外拒絕入內，威逼康熙，而索尼又稱病不朝，魏承謨只好稱疾請退出朝政，康熙無奈準請。魏承謨退出朝政之後，鰲拜方才進入大殿，稱捕走侍衛乃是因為他們在後花園內舞弄刀棒拳腳有違祖規，並已斬決。康熙震怒，鰲拜又稱此等人在宮廷內散布先帝未死而是去當和尚等謠言，罪當斬殺，康熙只好憤然宣布退朝。第六集
鰲拜得寸進尺，向孝莊皇太後提議改換帝師，稱魏承謨告他圈地乃是誣陷，孝莊皇太後為大局計，準鰲拜所請，同意鰲拜提議的帝師人選，但同時又要鰲拜提議魏承謨出任外省巡撫。康熙將鰲拜捕殺侍衛之事記恨在心，魏東亭終於為他尋得壹個報復的機會。吳良輔為了給義父鰲拜的生日送賀禮，偷竊宮廷寶物，被康熙抓住，並以監守自盜為名，棒責吳良輔。鰲拜領來新任帝師濟世拜見孝莊皇太後，卻被告吳良輔被棒打，火速趕往，吳良輔已死。濟世跪地請命，康熙只好稱師，但對他教學不滿，濟世卻以先帝之師要挾。孝莊提醒康熙，濟世並非等閑之輩，要把他當作磨刀石，磨練自己。第七集
康熙詢問濟世自己才學如何，濟世說只及秀才，望在兩年之內達到進士水平。康熙決定匿名參加科舉考試，遂勤奮攻讀。考子伍次友困餓於旅店門口，被明珠相救。蘇克沙哈與班布爾善相商，***同搜集鰲拜圈地證據。蘇克沙哈又隱名造訪伍次友和明珠，望他們在應試中關註圈地活動，以爭取下層民意。鰲拜、遏必隆與蘇克沙哈同時拜訪索尼，企圖爭取這位權臣。鰲拜等權臣提出以班布爾善為科舉主考，蘇克沙哈則力爭自己擔任，並就考試展開爭論。索尼居中左右為難，幹脆佯裝急疾突發，退出朝議，並且在家閉門不出。為了磨練康熙獨立處理朝政能力，孝莊皇太後令鰲拜、遏必隆、蘇克沙哈盡心輔助康熙。孝莊走後，康熙壹身輕松，魏東亭則提醒他別忘了後天即是科舉考試之日。鰲拜與屬下權臣相議圈地壹事，表示決不退讓，並決定與班布爾善壹起向蘇克沙哈攤牌。第八集
科舉應試之日，伍次友以自擬試題“論圈地亂國”最早交卷，康熙也在另室隱名應考。進土放榜以後，康熙榜上無名，萬分懊喪。蘇克沙哈來報，請康熙禦點進士頭三名，康熙始發現自己化名的卷子高中三甲，濟世愧然請辭帝師。蘇克沙哈拿出伍次友的卷子請康熙定奪，康熙閱畢，說要請此人為師，蘇克沙哈決定奏請彈劾鰲拜圈地，及康熙提前親政。班布爾善向鰲拜密告伍次友的卷子，鰲拜大怒，派人搜尋伍次友的下落。兩人決定在朝政之日向蘇克沙哈出手。濟世向康熙請辭，並說自己是鰲拜派在皇帝身邊的眼線，但自己從未做過違心之事。康熙決定在明日朝政除掉鰲拜之後，提前親政，蘇麻喇姑無法勸阻，連夜趕往東陵，拜見孝莊皇太後，孝莊決定即夜回京。朝政開始，索尼也被擡著進殿。蘇克沙哈上奏彈劾鰲拜，鰲拜反奏彈劾蘇克沙哈，形勢壹觸即發。蘇克沙哈拿出伍次友的卷子，稱請民意，提出懲辦鰲拜，並請班布爾善作證。班布爾善則聲稱鰲拜並未圈占壹畝土地，眾臣紛紛附議。鰲拜等權臣反戈壹擊，並要求捕抓伍次友。康熙趕快小聲令魏東亭讓伍次友躲藏起來。第九集
朝政之上，鰲拜威逼有加，康熙無力控制局勢，只好逮捕蘇克沙哈。孝莊皇太後回京以後，嚴斥康熙。鰲拜、遏必隆、班布爾善面見孝莊皇太後，故作自責。孝莊皇太後為了安撫鰲拜等權臣，下旨斬殺蘇克沙哈。康熙不解，孝莊說要用蘇克沙哈的頭換取天下幾個月的太平，並在除掉鰲拜之後，再給蘇克沙哈平反。康熙以龍兒之名造訪伍次友，拜伍次友為師。蘇麻喇姑對伍次友頗有好感。伍次友對康熙縱論天下大事，並說目前可以扭轉局勢的人只有索尼。明珠在門外翻看馬鞍，辨識龍兒身份。康熙與明珠在門口相遇，康熙向他道中舉之喜。孝莊皇太後造訪索尼，為了拉攏索尼，作主將索尼之孫女赫舍裏嫁給康熙。鰲拜等人深感不安。鰲拜決定暫且退讓，向孝莊皇太後賀喜。孝莊令他主持康熙婚禮大典。康熙聯姻索尼，實力大增。第十集
朝政之上，索尼主張康熙親政，鰲拜雖反對但也不敢肆意囂張。康熙故意三辭，最後在眾臣的壹片擁戴聲中，開始親政理國。赫舍裏回索府，索尼告戒孫女要謹慎從事。康熙與赫舍裏互訴衷腸，感情開始融洽起來。索尼病情日危，康熙前往探望，索尼告訴康熙，清廷有兩大隱患，壹是鰲拜、二是吳三桂，應該分而治之。索尼終於病故。鰲拜又開始稱病，要求設立首輔大臣，向康熙施壓。鰲拜不朝，軍機陷入混亂。康熙知道索尼病故，鰲拜少了壹個強硬對手，急欲乘機擴展自己的權勢，但康熙仍不同意封鰲拜為首輔大臣，而是每個內閣大臣為輔政大臣。退朝之後，魏東亭提醒康熙請孝莊皇太後收服鰲拜。康熙決定自己親自動手，並向幾位大臣下了密旨。鰲拜和班布爾善等幾位權臣也在商議對策，班布爾善提出廢君另立，鰲拜認為不妥。第十壹集
六人舉行手跡表決，除鰲拜寫的是“隱”之外，其他五人寫的均是“廢”，鰲拜決定廢君。康熙又向伍次友求學，蘇麻喇姑對伍次友日益愛慕起來，為他縫了壹雙新鞋。街頭發生毆鬥，在伍次友寓外放哨的魏東亭介入其中，被京城九門提督、人稱鐵丐的吳六壹抓住，幸虧康熙從寓所出來看到，叫蘇麻喇姑令吳六壹放人。明珠向康熙跪立稱奴，康熙封他為五品後補道臺。康熙啟用剛才街頭善鬥之人，成立新的貼身侍衛，以備清除鰲拜之用。康熙故意讓貼身侍衛與鰲拜過招，俱敗，鰲拜更加藐視。京城內外軍隊俱為鰲拜所掌，惟獨九門提督吳六壹除外。康熙決定重用吳六壹，並將其身陷囹圄的義父從獄中放出。鰲拜也去拉攏吳六壹。吳六壹的義父被送回吳府。吳六壹卻主張送義父回牢房，用自己的功勞換回。鰲拜開始調防京城嫡系部隊，卻借遏必隆之手批復。康熙怒斥遏必隆中立自保，將他拉回自己壹邊。第十二集
鰲拜密探報告康熙經常與伍次友來往，班布爾善提議將康熙殺死在伍次友寓處，然後嫁禍於伍次友，此刻，康熙來訪，鰲拜佯病迎出。康熙表面上對鰲拜敬重有加，稱他為大清恩人，鰲拜有所心軟，但班布爾善卻極力慫恿，按既定目標行事。吳六壹與魏東亭密商擒鰲拜之事。康熙向孝莊皇太後表白擒鰲拜決心，並勸孝莊去奉天避避風頭，但孝莊不願，對康熙鼓勵有加。康熙為侍衛們喝酒壯膽。班布爾善向吳六壹傳鰲拜的假聖旨，企圖以明升暗降的辦法，將吳六壹調離九門提督，由自己心腹執掌。待他走後，吳六壹卻拿出康熙聖旨宣讀，自己還將留任。康熙約鰲拜單獨晉見，鰲拜思量再三，慨然前往。班布爾善居心險惡，想在康熙與鰲拜搏鬥之時，沖進宮內，殺死康熙，然後嫁禍於鰲拜，企圖篡位。鰲拜單獨來到康熙殿前，身後重門壹扇壹扇關上。康熙怒斥鰲拜，侍衛與鰲拜展開血搏。班布爾善在宮外試圖沖進，用巨木撞擊宮門。康熙最終擒獲鰲拜，鰲拜仍勸康熙退位，可以保其平安。班布爾善撞門不休。
第十三集 危急之際，吳六壹率軍趕到，與班布爾善展開血刃。康熙方才走出大殿，上朝。康熙令遏必隆審理鰲拜案件，並令在魏東亭身邊的臥底現身，稱贊魏東亭是位忠臣。康熙在荒郊野外巧遇行癡大師，行癡請康熙查看他在北方種水稻的試驗，並說秋日即可收獲，對康熙諄諄教誨。分別之後，蘇麻喇姑說行癡重病染身，將不久於人世。康熙欲重用伍次友，伍次友卻請辭離去，蘇麻喇姑追上，問他為何舍她而去，伍次友述說原委。
第十四集 蘇麻喇姑開門之後，卻不從，孝莊皇太後也無奈，下旨給她新建壹座尼姑庵，讓她永久居住，帶發修行。朝政之上，康熙讓念朱國治上奏彈劾吳三桂之折，群臣沈默謹慎。後又讓念吳三桂上奏彈劾朱國治之折，誣陷朱國治擁兵自重，割據壹方。在京郊小店，朱國治與周培公相遇，相談甚暢，後周培公見朱國治將要披枷進京，詢問原委。
第十五集 康熙來到獄中，欲殺朱國治，但說殺他並非因他誣陷吳三桂，而是為給國家爭取兩年穩定，以後定當給他昭雪，子孫受封，朱國治慨然赴死，康熙卻下令釋枷，說殺忠臣自己豈非昏君，並下旨命朱國治為雲南巡撫，以牽制和監視吳三桂。朱國治提出想啟用周培公。周培公流落街頭，賣字為生，並用自己老師伍次友寫給康熙的推薦信的背面，給壹位冤女寫了訴狀。吳應熊行賄索額圖，請他疏通皇太後，吳應熊向孝莊表忠。孝莊皇太後提醒康熙平“三藩”不要操之過急。
第十六集 三藩正商議撤藩之事時，假稱朱三太子的楊起隆來訪，鼓勵“反清復明”，被吳三桂抓下，後又被吳三桂故意放走，以便利用楊起隆對付朝廷。黃敬密報楊起隆，康熙要出京。吳三桂向朝廷修書壹封請辭，背後又大動軍事。康熙南巡，駐紮戶部尚書陳廷敬老家山西陽城皇城村。為體察民情，康熙分三路進行，在皇城村匯集。康熙召集當地文武百官訓話，縱談天下大事。魏東亭壹路探得知府周雲龍私通吳三桂，剝奪百姓，卻被封為廉吏。康熙不知底細，也稱贊周雲龍為三晉楷模，並封他的夫人為壹品誥命夫人。康熙詢問百官，如果有人謀反，妳們將會如何？康熙恩威有加，聲明誓死維護疆土統壹。
第十七集 康熙將錯就錯，令魏東亭查實情況，處死周雲龍，然後再給他哀榮。王輔臣晉見康熙，康熙對他曉之以禮，並封他為山峽大將軍，統領軍隊，他的兒子留京陪侍。康熙下旨給明珠，索額圖準備庭議撤藩之事。康熙在朝廷上痛斥“三藩”之弊，“三藩”開支已占國庫支出壹半，“三藩”之力足可敵國，群臣紛議。赫舍裏懷上龍胎，孝莊皇太後滿心歡喜，吳應熊又來表忠。眾臣各懷心事。索額圖說應安撫吳三桂，不應撤藩，明珠、陳廷敬則力主削藩。康熙痛下決心，朝廷只準議論如何撤藩。吳應熊向孝莊皇太後陳述今天朝政就是商議如何撤藩之事，孝莊大驚，怒斥康熙。康熙痛斥南巡所見，表明“三藩”已成清朝大患。
第十八集 吳應熊修書吳三桂，說明康熙已定撤藩，但內部仍有歧議。新任雲南巡撫朱國治拜見吳三桂，宣讀康熙同意吳三桂請辭的聖旨，吳三桂表面表示尊旨，並處斬拒不同意撤藩之下屬，還向朱國治家中送禮。周培公露宿寺廟，來到冤女賣豆腐處巧遇康熙。康熙看了冤女訴狀，見背面卻是伍次友對周培公的推薦信，便邀周培公到茶館壹敘。周培公向康熙跪地叩拜，表明知道康熙身份。康熙令北京府衙護送被錯抓的冤女回鄉申冤。明珠來報，稱雲南巡撫朱國治奏折已到。
第十九集 朱國治向吳三桂傳達朝廷同意撤藩所用錢糧額度奏折，吳三桂交出平西大印，並稱履約撤藩日期。吳三桂去信吳應熊，叫他離京回滇。吳應熊決定暫不離京，以麻痹康熙，並與楊起隆相見，捐錢資助楊起隆起事。雲南奏折到京，稱撤藩日期已定，康熙大悅，向孝莊皇太後報喜。黃敬向康熙吹說煙花之處明月樓如何香艷，康熙微服前往，魏東亭在近處侍衛。鴇母叫來頭牌名妓紫雲給康熙翩翩起舞，頗吸引康熙。周培公宮廷內遍尋康熙不著，萬分著急，率兵來到街上，碰到太監小毛子，得知康熙在明月樓。康熙對紫雲頗有好感。吳應熊向楊起隆點明應謀殺康熙，楊起隆稱在康熙身邊安插了許多密探太監，並說可以利用自己的妹妹紫雲謀殺康熙。
第二十集 康熙懷疑宮內有楊起隆亂黨臥底，因此故意鞭責太監小毛子，讓他混入亂黨臥底。吳三桂兵力對準朱國治，封鎖關隘，準備起事。朱國治請欽差大臣速赴京城向康熙報告吳三桂起兵壹事，自己拒絕逃逸離滇。欽差大臣裝成跑馬幫的，潛出雲南。朱國治在家中與夫人商談後事，表明為國慨然赴死決心。朱國治夫人自縊殉節，朱國治又殺死壹對兒女，直闖吳三桂兵營，怒斥吳三桂，被血刃祭旗。吳三桂正式起兵反清，楊起隆在北方遙相策應。康熙又與被另外安置的紫雲相會。在楊起隆處臥底成功的太監小毛子火速回報，說紫雲要毒害康熙。
第二十壹集 魏東亭緊急來到明月樓，紫雲已在康熙懷裏死了。小毛子報吳三桂已經反叛，康熙不信，並令其拿著他的信物去告訴楊起隆，說康熙已被毒死。赴滇欽差大臣來報，吳三桂已反，康熙大驚失色。周培公提議京城緊急戒嚴，以防楊起隆攻打朝廷。康熙給王輔臣下旨，令他領兵反叛，王輔臣卻按兵不動，靜待時局變化。周培公給康熙具體分析三藩詳情，並認為王輔臣違旨，乃是觀望戰局發展，若吳三桂勝，則攻打朝廷，反之則揮戈南擊吳三桂。朝廷將士目前戰勢不順，屢被吳三桂擊敗。康熙自覺削藩操之過急。索額圖前來進獻平叛之策，說要用明珠、周培公的人頭去安撫吳三桂，康熙怒斥。赫舍裏難產，生下了壹個龍子，康熙立他為太子，赫舍裏含笑而死。
第二十二集 小毛子從牢獄逃脫。孝莊皇太後厲責康熙，要他振作起來，楊起隆亂黨闖入宮內，宮內太監造反，與朝廷將士激戰，威脅康熙與孝莊皇太後的安全。索額圖請求康熙與孝莊皇太後暫避，孝莊皇太後臨危不亂，聲稱平三藩是她的旨意，康熙只是遵旨行事，只要君臣同心，清廷必將永遠不敗。朝廷官兵與楊起隆亂黨展開激戰，亂黨不敵，楊起隆欲自盡，被下屬勸阻逃走。吳應熊被押到孝莊皇太後處，孝莊說他有罪但沒有錯。索額圖收留壹孤女，給她取名紅玉，藏匿家中。
第二十三集 周培公與副將圖海率軍勢如破竹，很快滅了察哈爾王叛軍。解除朝廷危機後，又揮師西南直逼吳三桂叛軍。羈留京中的王輔臣兒子王吉貞，帶著康熙親筆禦信，火速面見王輔臣。康熙在信中恩威並施，並表明必勝吳三桂的信心，但王輔臣仍持觀望態度。原先以為王吉貞被朝廷大炮轟死的王輔臣，見兒子平安歸來，終於投向朝廷陣營。康熙見王輔臣歸順大喜，但明珠提出應節制周培公。周培公率軍南下，吳三桂屢遭重創。吳三桂登基稱皇，企圖鼓舞士氣。京城來旨，調周培公回京，把最後取勝吳三桂的機遇讓給圖海。經過五年奮戰，康熙終於平定“三藩”。
第二十四集 康熙接到福建軍情危急匯報，心中十分憂慮。康熙與病危的周培公相見。康熙向周培公坦言把他貶到盛京緣由，並說這次出巡的目的之壹是為了安撫蒙古各族首領，同時，想重用周培公攻打臺灣。周培公稱病重，向康熙推薦了姚啟聖。康熙禦覽周培公積十年之功繪就的中華全圖，十分激動。周培公向康熙陳述葛爾丹之隱患，不久離開人世，康熙為周培公亡靈守夜。朝政之上，康熙要求商議臺灣問題，群臣意見分歧，索額圖陳述姚啟聖官越做越小的原因。康熙派太監尋找姚啟聖。姚啟聖與太監發生爭執受辱，而又依理鞭打太監。
第二十五集
康熙為了打擊姚啟聖的狂氣，將他投進大牢，令大阿哥胤礻是前往福建前線，擔任副將。姚啟聖在牢內，康熙不準任何人跟他說話，把姚啟聖憋得要命。康熙召集蒙古各族首領，進行安撫，群首領進言康熙剿滅葛爾丹。喀爾喀大汗力戰不敵葛爾丹，臨終前叮囑女兒寶日龍梅向康熙請兵光復部族。寶日龍梅血刃沖出重圍，千裏迢迢奔向京城。康熙對私通葛爾丹的科爾沁部落首領恩威並用，叫他把收下的葛爾丹錢財運往京城，算是借用，又封豐腴之地與他，進行分化拉攏。胤礻是來到福建前線，急於建立軍功，率軍出征，起初把施瑯打敗。康熙收到捷報，大喜封賞，並準備把姚啟聖逐出牢房回去養馬。第二十六集
康熙叫姚啟聖坐到自己車上。姚啟聖嗜書如命，偷了康熙壹本書勤讀。康熙斥責姚啟聖張狂，輕視滿清，並表示願意與他討論漢族文化。姚啟聖自責，稱康熙是聖君，學問可比壹代宗師。康熙回到京城，把書賜給姚啟聖，姚啟聖感動不已。姚啟聖被重用以後，詳列收復臺灣策略，並推薦了他的學生、臺灣水師主將施瑯，可以進行策反重用。康熙當著姚啟聖的面，將順治皇帝永不錄用姚啟聖的聖旨燒毀，並任命姚啟聖為福建總督，主平臺之事。臺灣首領鄭經與從將商議戰事，施瑯主張議和，而鄭經卻主張力在戰，並對施瑯掠奪東南五省稅糧數目問題產生疑心。第二十七集