明末政治腐敗，積弊難匡，權閹魏忠賢與客氏狼狽為奸，殘害臣民，荼毒天下。熹宗至死不能察其奸情，終生為之蒙蔽。天啟七年（1627）八月，熹宗病篤，召見閣、部、科、道官員於乾清官，宣諭魏忠賢、王體乾都是老實聽命、對皇室忠貞不渝之人，可以與之***商大事。“內閣黃立極等對曰：‘皇帝任賢勿貳，諸臣不敢仰體！’上悅”。熹宗又下壹道遺詔說：“以皇五弟信王由檢嗣皇帝位。”時魏忠賢勢力猖熾，中外危傈。熹宗召信王入宮，對群臣說：“吾弟當為堯舜之君。”信王惶恐不敢當，只說：“陛下為此言，臣應萬死。”信王出，熹宗死於乾清宮，年23歲。魏忠賢親迎信王入大內，朱由檢萬分惶恐，在袖中自帶食物入宮，不敢用禦膳，深懼食中投毒。時大臣亦不得見信王。朱由檢是夜燃燭獨坐。久之，見壹太監持劍過門，信王取劍觀賞，留於幾上，允以有賞。旋又有值更者擊梆而過，信王出門慰勞，問左右欲給酒食，何出？侍者以宜問光祿寺。傳旨取給之，歡聲如雷。次日，即皇帝位於中極殿，受百官朝拜，不準慶賀，是為莊烈帝。
朱由檢即位之初，頗思有所振作，素知魏忠賢專權誤國，蓄意除之。先是，楊所修、楊雛垣彈劾崔呈秀，誠探朱由檢是否能辨奸邪。崇禎帝覽奏，令崔呈秀歸裏守制。接著，賈繼春上疏彈劾崔呈秀，給事中許可征揭露崔呈秀子崔鐸考試作弊，非法中舉做官。經吏部核實後，罷崔呈秀官。又浙江巡撫潘汝禎為魏忠賢建祠作俑，被削籍。因崔呈秀案件事多涉魏忠賢，所以崇禎帝將魏忠賢調離大內，安置於鳳陽。
先是，魏忠賢奸黨頌其功德，請建生祠者絡繹於道。此時楊邦憲上疏披露此事，朱由檢剛剛繼位，讀此疏時，邊讀邊笑。魏忠賢預感崇禎帝深惡此事，急忙辯解，硬說疏中頗有誇張不實之辭，朱由檢權且作罷。後主事錢元憋又上疏揭露說：魏忠賢構黨株連，陰養死士，陳兵自衛。員外史躬盛、主事陸澄源也都交章論其罪惡。嘉興貢生錢嘉征，列魏忠賢十大罪狀。其中，“掩邊功：遼左用兵以來，墮名城、殺大將，而冒侯封伯。傷民財：郡縣請祠遍天下，壹祠所費不下五萬金。敲骨剝髓，孰非國家之脂膏！褻名器：崔呈秀之子鐸，目不識丁，賢書（因魏忠賢致書考官示意）遂登前列”。讀後令人發指。於是朱由檢召見魏忠賢，使內侍宣讀十大罪狀疏，忠賢震恐喪魄，以重寶賂信王府太監徐應元求解難。徐應元曾是魏忠賢的賭友，朱由檢得知此事，痛斥徐應元，立即下令收捕魏忠賢。詔諭說：“逆惡魏忠賢，擅竊國柄，誣陷忠良，罪當死，姑從輕發鳳陽。乃不思自懲，素蓄亡命之徒，環擁隨護，勢若叛然，令錦衣衛逮治。”魏忠賢接旨從鳳陽上路後，走到阜城，忽聞皇帝下諭逮治，知無生路，即與死黨李朝欽壹起自縊身亡。崔呈秀在家，聽說魏忠賢已死，於是排列姬妾，羅列珍寶，呼酒痛飲，壹杯畢則碎壹杯，飲後自縊而亡。熹宗乳母客氏亦被處死，其家屬無少長皆被誅。人皆以為這是客氏壹家過去荼毒天下臣民的報應。
初，魏忠賢用事，外廷文武大臣阿附魏忠賢者，有“五虎”、“五彪”之目。“五虎”是文臣崔呈秀、田吉、吳淳夫、李夔龍、仇文煥五人，他們主要是給魏忠賢出謀劃策的。“五彪”是武官許顯純、田爾耕、孫雲鶴、楊寰、崔應元五人，他們主要是主管殺戮的。所以在詔書中特別標明這文武十人名姓。此外還有周應秋、曹欽程等號為“十狗”，又有“十孩兒”、“四十孫”之號，不可勝數。總之，朱由檢即位之日，也正是魏忠賢勢力極為囂張之時，然而崇禎帝能不動聲色，懲辦元兇，盡誅黨羽，旁無壹人相助，能做到“神明自運，宗社再安”。史書謂“崇禎始政，天下翕然稱之”。在誅殺魏忠賢翦除閹黨的同時，還罷蘇、杭織造。並詔諭天下說；“封疆多事，征輸重繁，朕甚憫焉。不忍以衣服組繡之工，重困壹方民。其俟東西底定之日，方行開造，以稱朕敬天恤民至意。”
南京禦史劉漢建議尊崇儒學，整頓吏治，慎加名號，重農節用。朱由檢同意此議。下旨：吏部對現任官員嚴加清汰，正式編制之外的官員，要嚴加薦選，寧缺勿濫。文臣不是正卿，武臣不是勛爵，總兵不是實有戰功之人，不得妄加保、傅之銜。朱由檢在便殿批閱奏章，聞到壹股香氣，心意擾亂，他很懷疑，出外散步片刻才安定下來。他詢問內官此為何香？內官回答說：這是內宮發春之香，兩朝都照此點燃。崇禎帝怒斥內官，讓他們立即毀掉，不準再燃。同時還長嘆說：“皇考、皇兄皆為此誤也。”
崇禎元年（1628）正月，禁止宮中穿文繡華麗衣飾，婦女不準戴金冠等。這是聽了禦史梁天奇的諫議後，崇禎帝作出的決定。敕命司禮監典賣魏忠賢田宅。有人請求將魏忠賢宅院加賜功臣。崇禎帝說：“俟東西底定，留賜策以待功臣。”並榜示其宅第為“策勛府”。戶部給事中黃承昊上疏說：太祖時，邊餉銀只有四十九萬三千八十八兩，神宗時就增到二百八十五萬五千九百余兩，熹宗時已達三百五十三萬七千七百余兩。其他京支雜項，萬歷年間歲收不過三十四萬壹千六百余兩，而近年來竟增到六十八萬二千五百余兩。今戶部開支***五百余萬兩，而歲入不過三百二十三萬兩，虧空近二百萬兩。這樣邊兵無法不荒疏，而農官也無法不愁怨。請求敕令各邊都撫，清查歷年增餉用度。至於京支雜項，也要切令各衙門自加嚴汰。還建議西北邊塞，應督責當地官府開墾荒田，以定軍餉。
戶部給事中韓壹良上言：以前皇上召大臣於平臺，有“文臣不愛錢”之語，然而今天世上哪壹個地方可以不用錢呢？又有哪壹個官員不愛錢呢？韓壹良認為，當時的官員，縣官是行賄的首惡，各部給事是納賄之魁。而當今說起蠹民之罪，沒有壹個不歸罪於郡守縣令的。然而守令的薪俸又多不到位，又怎能養廉呢？他說，自己上任不到兩個月就辭退賂金500兩。他說自己交友很少，還有賄賂者，其余官員貪贓情況就可想而知了。他建議嚴懲納賄貪贓者，首惡重辦，使所有官員視錢為汙，懼錢如禍，這樣文官不愛錢的風氣才能樹立。崇禎帝認為韓壹良的建議很好，特將中外大臣召集於平臺，讓韓壹良宣讀他的建議，並予以褒獎，當即提升他做右僉都禦史。
崇禎元年（1628）七月，寧遠兵變。當時四川、湖廣兵駐寧遠的人，因為缺餉四個月，嘩變。其於13營也都響應，變兵將巡撫畢自肅、總兵官朱梅、通判張世榮、推官蘇涵淳捆綁於譙樓上。兵備副使郭廣剛剛到任，收集了兩萬金頒發給部眾，士兵仍不滿足，於是又向商民借了錢***足5萬兩。士兵怨恨稍平，釋放所縛官員。畢自肅引罪自縊。崇禎帝遣袁崇煥前去調解。袁崇煥八月抵山海關，與郭廣商議，先誘首惡張正朝、張思順，讓他們先抓15人斬於市。再斬中軍謀士吳國琦，杖責參將彭簪古，貶黜都司左良玉等人。然後讓張正朝、張思順為前鋒戴罪立功。張世榮、蘇涵淳以貪虐而引發兵變，也予以貶斥。只有都司程大樂所轄壹個營沒有附和嘩變，特予以褒獎。於是寧遠兵變始靖。十月，錦州又發生兵變，袁崇煥請增軍餉。崇禎帝召廷臣議，閣臣求允發增餉。崇禎責成戶部尚書畢自嚴全權辦理。禮部尚書周延儒說：“關門昔防敵，今且防兵。寧遠嘩餉之，錦州嘩復餉之，各邊且效尤。”帝曰：“‘卿謂何如？’延儒曰：‘事迫不得不發，但需求經久之策。’帝頷之，降旨責群臣。居數日，復召問，延儒曰：‘餉莫如粟，山海關粟不缺，缺銀耳。何故嘩，嘩必有隱情。安知非驕弁捕煽，以脅崇煥邪？’帝方疑邊將要挾，聞延儒言大悅，由此屬意延儒”。崇禎此時暗問周延儒，並聽信奸臣之言，對有功邊臣，始生狐疑猜度之心，為後來冤殺袁崇煥種下夙因。
崇禎二年（1629）四月，山陜大饑，起義發生，朝臣捐俸助餉。崇禎帝認為諸臣捐俸助餉是興利除弊，國家受益必多。順天府尹劉宗周說：陛下勵精圖治，召廷臣於文華殿，親理細務，朝令文考，急欲太平盛世速來。然而急功近利，就要見小利而慕近功。他說：朝廷汲汲所求者，邊事也。然而“竭天下之力以養饑軍，而軍愈驕，聚天下之軍以冀壹戰，而戰無日，此計之左者矣”。邊塞防守，情況復雜，應從長計議，不應急求數年之效，這樣必會引發相反效果。他又舉例說：“今日所規規於小利者，理財也。民力已竭，司農告匱，而壹時所講求者皆聚斂之術，水旱災傷，壹切不問。有司以掊克為循吏，而撫字之政絕；大吏以催科為殿最，而黜陟之法亡，赤子無寧歲矣。頃者嚴贓吏之誅，自執政以下坐重典者十余人，可謂得救時之權。然貪風不盡息者，由於道之未盡善，而功利之見不泯也。”崇禎帝不久又復故大學士張居正蔭，賜故都督戚繼光表忠祠堂。
八月，魏忠賢遺黨王永光、高捷、史堇，陰謀興大獄為魏忠賢及逆黨報仇。就以“擅主和議，專戮大帥”定袁崇煥罪名。還牽連到過去首輔錢龍錫，認為殺毛文龍，是錢龍錫首倡。史擎說：“袁崇煥離京時，以重金數萬賄賂錢龍錫，錢龍錫巧為營幹，轉禍於毛文龍，置國法於不顧。”崇禎覽奏後大怒，敕命刑部官五日內查明此案，案情查明後上報。崇禎帝召諸臣於平臺，認為袁崇煥謀叛，當處以極典。群臣認為，斬帥雖錢龍錫開端，但有“處置慎重”等語，本意不在專殺；至於議和之事，首倡於袁崇煥，錢龍錫並未批準。然而軍國大計，兩臣私下商議就去執行，不上疏請示，造成惡果，罪責難逃。“遂磔崇煥於市，兄弟妻子流三千裏，籍其家。崇煥無子，家亦無余貲，天下冤之”。劉宗周於十月“事稍定，乃上疏曰：‘己巳之變，誤國者袁崇煥壹人。小人競修門戶之怨。異己者，概坐以崇煥黨，日造蜚語，次第去之。自此小人進而君子退。中官用事而外廷浸疏。文法日繁，欺罔日甚，朝廷日墮，邊防日壞，今日之禍，實已巳以來釀成之也。”’可見崇禎自錯殺袁崇煥後，對朝廷危害極大，奸臣競進，朝政日暗，明王朝危亡之勢已難挽回。
刑科給事中吳執禦說：理財加派不得已而用之，這種事怎可逾年而不廢止？他認為，捐募和搜刮，兩者很難取法。崇禎帝則認為，加派是向富人加派，連累不了窮人，捐募是憑人們的正義感，至於搜刮固然會滋養奸邪，但如果得到循吏，依法行事，難道還會給百姓帶來不利嗎？這時崇禎帝已經露出剛愎自用，不納嘉言的本性。是年（1631），浙江海盜擾害沿海，湖廣民變後樹幟與朝廷對抗。宣大兵餉需數十萬，責成兩廣解納，實際只納銀七千兩遠不及酬，崇禎帝責其玩忽職守。山、陜饑民起事，見官兵即散，官兵退則又聚。崇禎帝認為，“寇”也是朝廷子民，可撫就撫。廣西靖江王府，因爭繼位內哄。四川鄉紳褒挾禦史事發生。雲南、貴州亦生民變。朝廷面臨多事之秋，吳執禦上疏說：現在朝廷每年收入四百萬兩，今天又加到七百萬兩，但仍缺額壹百六十萬兩，朝廷仍覺糧餉不裕。吳執禦認為，加派則害民，不加派則害兵。過去寧遠、錦州兵變，袁崇煥集數百萬金消解，耗費浩大。他認為沿邊各城邑，應令吏部選補賢能，用本地錢糧訓練本地土著，這個辦法壹實行，糧餉可以不取償於司農，兵不借助於戍卒，當屬方便可行之策。崇禎帝認為，錢糧留截本地，國稅將從何而出？不聽。不久，吏科給事顏繼祖又諫減催科事，嚴遭斥責。此後，吏部考選官員，先看稅糧能否完足，不問如何撫民。朝廷選官又專於催科。這壹切都導致了明朝法制的明顯變化。
崇禎帝於多事之秋，惟思急功近利，不思納諫革弊，摧舊立新。山西提學僉事袁繼鹹上言曰：“養鳳欲鳴，養鷹欲擊。今鳴而箝其舌，擊而紲其羽，朝廷之於言官，何異於此！使言官括囊無咎，而大臣終無壹人議其後，大臣所甚利，忠臣所深憂，臣所為太息也！且皇上所樂聽者讜言，而天下誤以攻彈貴近為天子所厭聞，其勢將披靡不止。”崇禎帝認為袁繼鹹是越職言事，痛加斥責。這時崇禎帝益加剛愎自用，不納忠言，再也不像初登極嘁那樣謙恭謹慎了。
崇禎後期，邊關戰事日緊，山陜農民起義日熾，全國災荒頻仍。在危難之中，崇禎帝還要經常遊獵，性格也變得喜怒無常，苛責直言忠鯁之士，親信重用佞俸之臣。為應付後金進攻，加強薊遼邊防，加派遼餉；為鎮壓農民起義，加派剿餉；為操練士馬，再加派練餉。三餉負擔已超過農民—之半，再加上其它京用雜項催征，百姓苦不堪言。荒年饑歲則人相食。以致朝野臣民均斥崇禎帝為暴主昏君！終於在內外交困之下，陷大明王朝於覆亡之地。
崇禎十五年（1642）十壹月，左都禦史劉宗周上言六事：壹、建道揆，他認為京城是首善之地，先臣馮從吾曾建“首善書院”，請求迅速恢復，以表明朝廷致治之本；二、貞法守，太祖讀《老子》，深知“民不畏死，奈何以死懼之”之理，立即焚毀錦衣刑具，要求壹切訴訟，聽法司決斷，不必下錦衣，今應恢復此事；三、崇國體，大臣三品以上獲罪應該讓九卿、科、道會審後，交付刑法部門，依法收系，不可濫系無辜。即使在刑戮之時，也不能忘記禮遇之意；四、清伏奸，凡是朝廷收到匿名文書，請求立即毀掉；五、懲官邪，京城士大夫與地方官員交際愈多，奸巧愈深，要求臣屬聽到消息後，就馬上彈劾告發。再遇中外官勾結之事，皇上要嚴斷；六、飭吏治，他認為當今吏治腐敗，如催科火耗、詞訟贖鍰，已成定例。至於營升謝薦，賄賂之風就更加厲害。請求嚴懲貪贓枉法，以清吏治。不難看出，劉宗周所言六事，活生生勾勒出崇禎末年明朝官場腐敗，弊端叢生、風教敗壞的黑暗政治概貌。崇禎帝對這六條建議雖深感痛切，但已無力回天。
崇禎帝統治晚期舉措失當之處更多。如不顧天下災荒頻仍，催科捐稅，加派三餉日甚壹日，把全國人民推入苦難深淵；為加強防邊和鎮壓各地起義，督飭巡撫、總兵奮力剿討，也不顧條件如何，敵我形勢是否許可，凡邊將失事敗陣者，非系即殺，從不與廷臣商討。因此很多鎮將遭敵圍襲，只能戰死疆場，以報效朝廷，致使名將越來越少。尤甚者，偏信中官，總以中官鎮撫、監督各要害，以致邊將鎮卒難以獨立運作，手腳被縛。如崇禎十七年（1644）正月，明朝覆亡在即，清兵與李自成起義軍都逼近京師，崇禎帝仍“遣內臣高起潛、杜勛等十人監視諸邊及近畿要害”。關鍵時刻京城守備至關重要，崇禎帝竟令“太監王承恩督察城守”。然而太監並不完全忠心於崇禎帝，如李自成兵至宣府時，“太監杜勛降”。當李自成兵臨居庸關時，崇禎帝又遣他認為可靠的唐通“偕內臣杜之秩守居庸關”。不料，起義軍壹到，“唐通、杜之秩降於自成”。李自成入居庸關。在這個生死存亡的關頭，他壹向寵信的貼身太監王承恩，應在京城守衛戰中大顯身手。不料，李自成軍剛到，未及交手，“京師京營兵潰”。這時，只能把崇禎帝逼上煤山與王承恩同死。特別值得壹提的是，京城面臨危急時，左都禦史李邦華、右庶子李明睿“請南遷，及太子撫軍江南”，皆不準。當李自成起義軍兵臨居庸關時，李建泰亦請南遷，崇禎帝卻“召廷臣於平臺，示建泰疏曰：‘國君死社稷，朕將焉往？’李邦華等復請太子撫軍南京，不聽”。既無充足準備，又根本不具備必勝條件，不思采取靈活變通之計，死守京城。自己不思轉機，又不肯放權於皇太子，那麽京城的文武重臣、皇親國眷就只能隨這個糊塗皇帝壹起殉葬了。在國家危亡，迫在眉睫之時，崇禎帝的措置之誤，更是難以令人理解到崇禎帝縊死煤山前，在禦書衣襟中還說：“朕涼德藐躬，上幹天咎，然皆諸臣誤朕，朕死無面目見祖宗。”崇禎帝自信自用如此，至死不覺己非，將壹切罪過都推給諸臣，其剛愎自用則可想而知！但，他畢竟不能算是個荒淫暴君。史論說：崇禎帝“端居深念，旰食宵衣，不邇聲色，不殖貨利，而馴致敗亡，兒與暴君昏主同失而均貶”，其主要原因是“化導鮮術，貪濁之風成於下，股肱乏材，孤立之形見於上”。倒還頗有些功過分明的兩點論味道。比起崇禎帝的怨天尤人來要高明得多；《明史》的評論說：“崇禎帝雖每臨朝浩嘆慨然，思得非常之材。”但十分可惜的是他“用匪其人，益以債事。乃復信任宦官，布列要地，舉措失當，制置乖方”。這樣的評論似乎更近乎公允。因此講述崇禎帝，宜應區別前後兩期，前期誅滅權閹，不近聲色，不殖貨利，宵衣旰食，勵精圖治，大有中興氣象，因此“天下翕然稱是”。但到了後期，剛愎自信，不納忠言，用匪其人，以至於達到“舉措失當，制置乖方”的程度，最後落得個國破身死、求告無門的悲劇下場，也就不足為怪了。