康熙三年(1664)，高士奇隨父高古北上京城求學。因為父親去世不久，他靠賣文章貼補生活。新年對人是春帖，對自己是書。康熙八年(1669)入國子監，第壹次能夠見到康熙皇帝。康熙皇帝很喜歡他關於理學的文章，親自給了他應試的資格。不出半個月，高士奇在第二次考試中名列第壹，被冊封在國子監。高士奇走上了仕途之路。
康熙十年(1671)，入國子監。試完之後留在國子監侍奉內廷，受到康熙皇帝的高度重視。康熙十壹年(1672)，康熙皇帝東巡，高士奇隨行。
康熙十四年(1675)，被授予詹府刺史。康熙十六年(1677)，高士奇被授予中書舍人稱號，進入皇宮。康熙皇帝賜禦書《忠孝》。
康熙十七年(1678)，康熙帝設立南書房，負責起草聖旨，以加強皇權。高士奇奉命進入南書房，康熙帝親自賜封“忠孝之家”。在大內被賦予“元熙”。
康熙十八年(1679)，清廷開設博學詩科。高士奇仲博洪雪Ci部。康熙十九年(1680)，高士奇被授予翰林院副學士。不久，他被授予侍應，在日本做了官，動了天子的私生子。官詹侍傅少詹侍中。康熙二十二年(1683)，清廷收復臺灣省，山河統壹。高士奇被任命為執事日講師。
康熙二十三年(1684)，康熙皇帝南巡，到曲阜孔廟祭奠孔子。高士奇被移到尤春芳的右邊，然後移到左春芳的左邊。他被提升為翰林院的學士助理講師，並陪同他南巡。康熙二十五年(1686)，高士奇被封為統制總裁兼政典副總裁。這些年是高士奇最艱難的日子。每天晚上，她總是工作到第二天或第三天晚上。他的妻子坐在家裏有吃有喝，偶爾也會直話直說，所以她用勤奮鼓勵對方。講《周易》的時候，高士奇深夜回家，第二天探究他講了什麽才敢睡覺，而且不管天冷天熱，他的妻子總是陪著他。在此期間，康熙在高士奇的陪同下遊覽了松亭、塞北、盛京、烏拉和浙江。高士奇寫過這樣壹首詩:“塞北松亭攜筆多，江南群山不時巡，旨在善待自己，關愛自己。”這首詩既體現了他與康熙之間的“寫頻”，也是對妻子“保重”的道歉。但高士奇畢竟以康熙為重。巡江南時，康熙二十三年(1684)十壹月，康熙讀夜三更，高士奇說:“皇上勞累過度，要愛惜身體。”康熙答道:“我五歲就開始讀書了；堅持晚上看書到今天，還樂在其中！”足見君臣之親。
康熙二十八年(1689)，康熙又壹次南巡，瞻仰明陵。高士奇陪同司機南巡。他被封為“竹窗”，“竹窗”二字是康熙皇帝給他的。十月，高士奇辭官歸田，定居平湖。康熙二十九年(1690)，康熙帝親自簽署噶爾丹，高士奇流亡海外。
康熙三十二年(1693)，高士奇第壹次被流放。4月16日，康熙拉了高士奇壹把:“我這個少年，不喜歡參加，我也知道。只是因為之前大病了壹場，也是因為這個藥才康復的。於是，人們去長白山找了十幾個長八九寸，重五六倍的人，最好的有好幾公斤。本以為江湖相隔甚遠，痛苦頻生。我覺得可能不太壹樣。所以給南方壹瓶人參脯，壹斤好人參，兩斤人參。妳要照顧好自己，不要太擔心。”七月，高士奇得到壹把皇家扇子，上面有壹首皇家詩歌:“我的老朋友已經離開三年了，所以我發了壹封信，以此來紀念這壹天如果妳生病了，妳應該會感興趣。每讀壹首詩，都要讀壹朵白雲。"
康熙三十三年(1694)，清廷設立圖書館編纂《明史》，編纂了《古今圖書集》、《全唐詩》、《裴雲紋賦》、《康熙字典》等。高士奇第二次被召入京，恢復了原職。他仍然住在大內。康熙三十四年(1695)，噶爾丹第二次南侵。高士奇在工作中學習書籍。
康熙三十五年(1697)，康熙親征噶爾丹，高士奇親征噶爾丹。康熙三十六年(1698)，親筆簽下加爾丹。高士奇懇求他的養母回來，特別授予詹氏傅詹氏，並尋求壹個侍郎誰不去，因為他的母親老了。而高士奇這位康熙認為他不在領導政府後兩榜之列的老師，卻總是那麽深情難忘，充滿了真摯的愛和關懷，這在歷史上是不多見的。
康熙三十七年(1698)七月，高士奇第二次流亡。贈禦詩壹首:“我寫作二十年，渴望留在江湖；我忽然回憶起當時說的是左國，依稀是十三秋。”康熙三十八年(1699)，三月，康熙贈高士奇《忠孝節義》禦件。同年，康熙第四次南巡。高士奇在杭州西溪高莊與司機見面。康熙禦書《竹窗》互贈。
康熙四十年(1701)，康熙送給高士奇壹副對聯，上書禦書:“忠為表，孝為裏；言有物，行有恒。”康熙四十壹年(1702)，康熙提拔高士奇為禮部侍郎，而高士奇以母親年事已高為由沒有赴京任職。
康熙四十二年(1703)，康熙五次南巡，高士奇被叫到淮安接駕，隨康熙遊江南。南巡之後，高士奇再次驅車進京。我第三次住在陸贄的歐哈奇。2月後，他回到萍萍，並於6月30日去世。
康熙四十三年(1704)正月，康熙任命翰林院侍郎、學士高士奇。派浙江等地為第壹使，三等郎廷吉為禦祭欽差。康熙親自致悼詞，並著書悼念對聯:“學承先誌，精誠報國。”謚號柯文。