秦朝不僅“焚書坑儒”，還下“挾書令”，藏有儒家經典者治罪，因此在秦代無傳授和學習儒家經典者。
今文經
西漢初年，漢高祖劉邦很不重視儒學。至惠帝時，廢除“挾書令”，儒家思想言論這個禁區開始松動。從這時起，到文帝時期，壹些尚存的老儒依靠記憶，口頭傳經。弟子們因找不到書籍，就用當時通行的隸書將老儒背誦的經典文本和解釋記錄下來，這樣的經典就是所謂的“今文經”，釋文謂之傳。文帝時，開始設置經學博上，由今文經學家充任，以備顧問。武帝時，置五經博士，亦由今文經學家充任，在太學教授弟子。從此，今文經學得到廣泛的傳播。
今文經來自老儒的記憶，因每個老儒的記憶有出入，解說有差異，於是出現了壹經有幾家說法的情況。代代相傳，逐漸形成了壹些學術流派。宜帝時，在太學中立學官的，《易》有三家，《書》有三家，《詩》有三家，《禮》有壹家，《春秋》有二家，***十二博士。東漢初年，增為十四博士。
古文經
古文經是用秦統壹以前的篆書抄寫的經典。秦在焚書時，人們將這樣的經典和其它壹些古書埋藏起來。西漢前期，由於拆除老房，相繼發現了壹些古書。武帝時，下令獻書。成帝時，設官負責收集古書，並著手進行整理。西漢末年，劉歆在整理古書時，發現古文經典不僅經文與今文經互異，而且篇章也多出不少。如《禮》多39篇，《書》多16篇。《毛詩》和《左氏春秋》等則為今文經所不載。這些新發現的經典就叫做“古文經”。
劉歆對於古文經很贊賞，建議在太學立學宮，但卻遭到今文經學博士們的激烈反對。劉歆批評這些博士“專己守殘，黨同門，妒道真。”可是由於執政大臣也反對，劉散的建議未被采納。平帝時，王莽專權，為了利用古文經進行“改制”，就立《古文尚書》、《毛詩》、《逸禮》、《左氏春秋》四個博士。東漢初，又被取消。
古文經雖不得立學官，但在民間卻廣為流傳。古文經中固然有些內容是經過兩漢學者竄改或增加者；但總的說來，古文經學家是按字的形、音、義解經，極力恢復經的本義，不作任意發揮。於是形成了系統的訓話方法。古文經學家賈逵、馬融、鄭玄兼通今文經。鄭玄破除各家傳統，廣采眾說，遍註群經，得到經今、古文兩派的贊許，號稱“鄭學”。至此，基本上結束了今、古文經的鬥爭。賈逵的學生許慎為了反對今文經學派根據隸書經典，穿鑿附會，曲解經文，用了22年的時間，寫成《說文解字》壹書，收小篆9353個，收古文（戰國文字）、籀（zh騯宙，西周、春秋文字）文1163個為重文：每個字標明字形，註出讀音，推究字義，全書分為540部，全部解說不過13萬3千多字，簡明扼要。是我國最早的壹部編輯完善、內容豐富的字典。 兩漢時期，哲學的唯心主義的代表人物是西漢中期的董仲舒，唯物主義的代表人物是東漢前期的王充。
唯心主義
董仲舒是今文經學派的《公羊》學家。他的思想集中體現在《天人三策》和《春秋繁露》壹書中。他反對天道自然觀，進壹步發展了先秦的“天人同壹”思想，這個思想的核心是“天人感應”說。他說：“國家將有失道之敗，而天乃先出災害以譴告之，不知自省，又出怪異以警懼之；尚不知變，而傷敗乃至。”他又說，“道之大，原出於天；天不變，道亦不變。”道是法則、規律，這裏借為封建制度。由此看來，董仲舒的宇宙觀是唯心主義的，方法論是形而上學的。
唯物主義
王充出身於“細族孤門”，曾做過州郡小吏，大部分時間以教學為生。他著《論衡》壹書，計85篇（今存84篇），20多萬言。
他認為萬物由元氣構成，“元氣未分，混沌為壹。及其分離，輕者為天，濁者為地。”人和禽獸也是由元氣演化而來。他認為元氣是壹種客觀存在的物質。他反對天人感應說，反對有神論，發展了古代的天道自然觀。他說：“人之所以生者，精氣也；死而精氣滅。能為精氣者，血脈也；人死血脈竭，竭而精氣滅，滅而形體朽，朽而成灰土，何用為鬼？”他又說：“人之死，猶火之滅也。”他認為鬼只是人們的壹種幻覺。
王充的論證方法是“引物事以驗其言行”，是比較科學的。但由於當時自然科學不甚發達，引作論據的事物有些不真實，因此做出的結論也難免有錯誤。他在對社會問題或歷史人物評述時，往往歸之於命，這是唯心主義。 兩漢時期的主要宗教有道教和佛教，都是在東漢時期開始流傳的。
道教
道教是由黃老學說與巫術結合而形成的。東漢順帝時，瑯邪人宮崇向朝廷獻其師於吉所得《太平清領書》170卷。這是我國最早的道教經典。今存的《太平經》殘本基本上保存了這部經典的面貌。
東漢末年，道教分為三大支派，壹支為太平道，以張角為教主，在黃河南北傳教，另壹支為天師道，亦稱為五鬥米道，以張修和張魯為教主，在漢中、巴蜀壹帶傳教；第三支以於吉（與上同名）為教主，在長江下遊傳教。三派的信徒多為貧苦農民，這些信徒的多數成為農民大起義的主力。
佛教
佛教是迦毗至印度研究佛學歸來，在洛陽建寺譯經，中國開始有漢譯本佛經。東漢末年，安息（今伊朗）僧人安世高、月氏僧人支讖（chen襯）等相繼來到洛陽，翻譯佛經。漢人嚴浮調從安世高學經，並參與翻譯。從此，佛教教義也在中國流傳。