系統首先利用前端GIS平臺軟件處理多源、多格式的數據，根據相關數據庫建設的標準指南，形成Arc/Info空間圖層數據，利用Arc/Info COM編寫的定制工具轉換成GeoDa?tabase格式，並形成最簡單的農業地質環境GeoDatabase模型（獨立的農業地質環境要素層集合），每個要素層簡單地包含點、線、多邊形或註記。農業地質環境GeoDatabase（多用戶）以表的形式存儲在SQL Server中，ArcSDE是AGEIS系統操縱GeoDatabase的壹個通道，並且讓GeoDatabase能在關系數據庫中準確有效地存儲和訪問數據。文檔多媒體等非空間數據庫直接導入到SQL Server中存儲，並通過SQL語言來訪問管理數據庫。其總體處理流程如圖3-4所示。
用戶要訪問AGEIS系統數據庫，均需得到系統管理員的授權，系統管理員授權包括操作功能和數據訪問內容兩大類，其中考慮到工作區的空間數據圖層是無縫拼接的，數據訪問內容包含可查詢數據的空間範圍與數據圖層2部分。密碼和權限表存儲在SQL Server 2000中，所有用戶均需與SQL Server 2000和ArcSDE連接之後並通過密碼驗證才能登錄到主界面。
導航窗口主要負責空間數據查詢範圍的選擇。可根據用戶需要，在已授權限的數據範圍內還可根據對象及多邊形方式進行二次數據範圍選擇，其中對象選擇方式包括按不同比例尺（1：5萬、1：10萬、1：25萬、1：50萬、1：100萬），不同行政區劃（鄉鎮、縣、地市、全省），不同工作區（浙北、浙東、浙中）；多邊形選擇方式包括直接在地理背景圖上勾畫任意多邊形和通過輸入封閉的經緯度坐標2種。選擇的結果最終產生壹個裁剪框（型態為HRGN），其與所訪問的數據圖層交集被裝入內存，該數據可在地圖窗口中進壹步分析。而裁剪區範圍之外的圖形將不會被顯示。
地圖窗口的操作對象是導航窗口所選擇範圍內的數據，操作方式包括地圖符號化顯示、GIS查詢及結果的術語化顯示、地球化學參數統計與多元統計、基於集合論的空間分析、地球化學綜合評價及輸出。
系統可采用“層結構”和“庫結構”2種模式來管理空間數據圖層。在地圖專業顯示上要建立地圖符號庫，主要包括點狀、線狀、面狀符號，地圖符號化再現是根據當前矢量數據的屬性編碼，按照符號搭配表調用符號庫中的對應符號來顯示該層矢量數據。對於點狀符號，也可采用TrueType字體所創建字（符號）庫來輔助實現。而對於土壤地質年代單位（如中更新世紅土紅壤，Q2 R）的註記可應用GDI技術解決其上下標的顯示。GIS查詢是通過幾何參數、空間定位、空間關系和SQL來實現，查詢的結果返回之前應通過數據字典的圖層名稱代碼對照表、數據項代碼對照表、各種參數及國標代碼對照表進行解釋，使術語化結果更加易讀易解。地球化學參數統計可對表層地球化學全量、深層地球化學全量、有效態等分析測試數據進行批量統計，統計指標有樣品數、平均值、離差、變異系數、極大值、極小值、眾值、中位數等。在各類評價模型的基礎上，通過壹定參數選擇進行向導式地球化學評價。
利用Visual Studio.net開發環境構建地球化學信息評價結果的三維靜態/動態數據模型和三維顯示模型，並利用COM組件技術進行封裝。三維組件包括數據處理與三維顯示組件（Zj3dData.dll）、海量地形與影像管理組件（TerDataMgr.dll）、三維動態演化組件（Zj3 dEvolve.dll）、色柱組件（ColorColumn4.dll）4個。地圖數據管理子系統可通過ShapeFiles文件格式的數據接口來實現與三維窗口的轉換。三維窗口操作的數據對象為地圖窗口所圈定範圍內的數據和柵格數據。壹方面能夠讀取地圖窗口轉換來的數據，進行插值運算（距離加權倒數法、克呂金法、四方八角距離加權倒數法）後，進行三維顯示；另壹方面可以導入2批次數據，通過時間維和空間維的插值，進行三維動態演化，實現預警。此外，海量地形與影像數據采用層次細節模型（LOD）來管理，建立金字塔數據時可以設定索引格網大小和層數，調用時根據視圖大小自動讀取數據精細和範圍，實現三維數據快速再現，操作可設定飛行路線或直接使用鍵盤控制飛行。
圖3-4 系統總體處理流程圖
文檔窗口主要負責查詢顯示政策法規、指南標準、項目成果等非空間數據。基於文件格式的非空間數據按照壹定的編碼規則編寫文件名並導入數據庫中，客戶端則通過ADO（Microsoft ? Active X ? Data Objects）來訪問數據，並同樣根據編碼規則進行分類查詢顯示。