自焚說。據永樂年間《實錄》和《明史稿》的記載，建文帝繼位後，即用兵部尚書齊泰和大常卿黃子澄謀，定策削藩。領兵在外、身為燕王的朱棣立即打著清君側的旗號，起兵南下，發起“靖難之役”。不到四年，燕王即揮師渡過長江，兵臨南京城下，建文帝求和不允，只好死守，但是他的主帥李景隆卻打開金川門迎燕王大軍入城，滿朝文武紛紛投降。建文帝眼看大勢已去，不得已下令焚宮，頓時火光熊熊，建文帝攜皇後馬氏，跳入火中自焚，妃嬪侍從等，大都亦隨其蹈火而死。燕王朱棣入宮後，清宮三日，搜查建文帝下落。宮內侍人都說建文帝已自焚，並從火堆裏扒出壹具燒焦的屍體證明之。燕王見到屍體，分不清男女，慘不忍睹。其繼位稱帝後，只得以天子“禮葬建文皇帝”。《明史·成祖本紀》及《明史·方孝儒傳》均持此說。
削發為僧說。清代名人呂安世和近人蔡東藩等則認為燕軍破城後，建文帝無可奈何，遂想壹死了之。此時少監王鉞告訴他：妳祖父臨死時，給妳留下壹個鐵箱子，讓我在妳大難臨頭時交給妳。我壹直把它秘密收藏在奉先殿內。群臣急忙把箱子擡來，打開壹看，裏邊有三張度牒，就是做僧人的身份證，上面寫好了建文帝等三個人的名字。還放著三件僧衣、壹把剃頭刀、白金十錠、遺書壹封，書中寫明：“建文帝從鬼門出，其它人從水關禦溝走，傍晚在神樂觀西房會集。”據此，建文帝三人剃了頭，換上了憎衣，只帶了九個人來到鬼門。鬼門在太平門內，是內城壹扇小矮門。僅容壹人出入，外通水道，建文帝彎著身子出了鬼門，其他八人隨之出了鬼門後，就看見水道上停放著壹只小船，船上站著壹位僧人，僧人招呼他們上船，並向建文帝叩首稱萬歲，建文帝問他怎麽知道我有難，僧人答道：“我叫王升，是神樂觀住持，昨夜夢見妳祖父朱元璋，他本是出家之人，叫我在此等候，接妳入觀為僧。”至此，建文帝似削發為僧，繼承了祖業。
此外，在《明史·姚廣孝傳》和《胡濙傳》裏記載：明成祖朱棣當了皇帝後，對建文帝自焚而死，也產生過懷疑，也有人告訴他那具燒焦的屍體是馬皇後的，建文帝削發為僧外逃了。他就把建文帝的主錄僧溥洽抓了起來關進監獄長達十余年，逼他供出建文帝下落。並派鄭和下西洋“欲尋蹤跡”，派戶科都給事中胡濙遍行郡、鄉、邑長達16年，搜尋建文帝下落，壹直到朱棣死前壹年的壹個晚上，他已睡下了，但聽說胡濙回來了，急忙穿上衣服，在臥室單獨召見。胡濙訪得建文帝離開紫禁宮後，削發為僧，既沒有去神樂觀，也沒有去西南、東南周遊避難，而是被僧司溥洽所救，壹直藏在江蘇吳縣普洛寺內，此後壹心為僧，無復國之意。近年徐作生也通過查閱大量文獻和實地考察後，指出：永樂二十壹年（1423），建文帝死於江蘇吳縣穹窿山，終年46歲，葬於皇駕庵後的小山坡上。
也有人指出，建文帝自焚身亡是歷史真實，因為當時燕軍兵臨城下，把紫禁宮團團圍住，建文帝想逃也來不及了，更何況經考查也無鬼門、禦溝逃路。建文帝也深知他的四叔是個貪權無厭、殘暴無情的武夫，落在他手裏決無好下場，不如以死了之為上策。燕王朱棣也絕不會讓建文帝活下去，否則，他就不能當皇帝。朱棣為了不留下“殺侄奪位”之臭名，故意苦心尋找建文帝下落，留下了歷史疑案，這可能是朱棣的用心之機。
綜上，朱棣在即位後，下令搜尋建文帝，這是歷史事實。但他的真實用心及建文帝的真正下落，至今仍是壹個未揭開的歷史之謎。各類詞書字典，也只好註明；“建文帝不知所終”。