音標和自然拼讀並不沖突，是兩個不同的東西，所以不需要取舍，最好的方式都學。
音標是往後必須學習的，後面系統學習發音，自己閱讀中查字典，都需要用到音標。自然拼讀是推薦學習，是幫助提升閱讀、拼寫能力的方法，但它也有局限性。學習順序上，對於年齡小、沒多少英語基礎的孩子，可以先學自然拼讀，再學音標。有英語基礎的學習者，這兩個學習次序無所謂。
音標的話，小學、初中課堂會有教學，所以不必在啟蒙階段花去提前學習，需要做的只是聽讀輸入就可以了（英文有聲書，影視動畫，繪本分級讀物等），並且是聽的占的比例要更大。自然拼讀的話，不需要刻意系統學習，並不影響整體英語的學習，會隨著輸入量增多而自己摸索出壹些規律，所以自然拼讀也非必須，是個錦上添花的事兒。
自然拼讀的局限性：
自然拼讀只能解決70%到80%的單詞的發音問題，因為英語裏只有這麽多的詞是規則的，還有壹些不規則的詞，僅僅看到它的拼寫根本確定不了它的發音。因為母語者有大量的聽力詞匯，這些詞匯的發音和意思都能知道，儲存在大腦裏。遇到知道怎麽讀的詞，可以用不同的發音去猜，壹旦試出來的音聽到過，就知道怎麽念了。
此外，根據上下文，母語者也容易猜測出不認識的單詞的意思，有了意思，壹對照拼寫，也就推斷出了發音。而外語學習者就不同了。如果沒有母語者那樣的聽力詞匯量，這20%~30%的單詞就無法讀準。好在現在的電子詞典能解決這個問題，可以點擊發音的按鈕多聽幾遍。學自然拼讀，壹定要有高水平的聽力，聽力詞匯量越大越好。