《中國獸藥典》2005年版在設計上分為三部：
第壹部收載化學藥品，抗生素、生化藥品原料及各類制劑等質量標準448種；
第二部收載中藥材、成份制劑質量標準685種；
第三部收載生物制品質量標準115種，每部分別有各自的凡例、附錄、目錄及索引等。