壹般認為，「萌え」壹字是由「燃え」所變化而來，來源是出自日文的IME輸入法。「萌」本意是指讀者在看到美少女角色時，產生壹種熱血沸騰的精神狀態。熱血類作品經常使用「燃燒」來形容這狀態，用羅馬拼音輸入的話，就是「Mo E（も え）」。利用日文輸入法的話，輸入Mo E只會顯示「燃え」和「萌え」。為了區分因為美少女而熱血的狀態，和傳統的熱血的分別，就借用同音的「萌え」來形容，並成為ACG界的壹種網路黑語。
根據日本同人辭典，「萌」的來源還有其他說法。其中壹個說法是出自1993年NHK放送的《天才電視君》的女主角「鷺傼 萌(SAGISAWA．MOE)」主角在她有難的時候，會大叫她的名字「萌~！」壹部份的迷因此而模仿。另壹個說法是由TV動畫《美少女戰士SAILOR MOON S》中的土萌(TOMOE)螢出現等等說法。但現在卻還沒有壹個是確定的，所以「燃え」、「萌え」的說法就成為現時最被接受的壹套說法。
另壹個說法則跟漢字的本身意義有關。根據《商務學生詞典》，「萌」指草木發芽，及比喻事物的開始，所以用作「開始吸引目光」的「引伸義」也是有可能的。也有說是指看到美少女時，就如春天降臨壹樣的感覺，而草木萌芽則在春天，因此就借用來代表這種「心花怒放」的狀態。由於筆者本身日文水平有限，加上對這方面沒什麼研究，因此也不詳述了。