據說，朱允炆逃離京城後，顛沛流離，千方百計逃避追殺，後隱居於湄江的觀音崖壹帶。誠心向佛，終了壹生，著名的藏君洞也因此而得名。
朱允炆在當皇太孫時，太祖朱元璋曾出聯“風吹馬尾千條線“，要他和燕王朱棣以對。朱允炆對曰：“雨打羊毛壹片膻。“朱棣則對曰：“日照龍鱗萬點金。“朱棣之對太祖較為滿意。從中也看出了朱允炆的懦弱、平庸和朱棣的雄心。太祖駕崩後，皇室想了壹些方法來鞏固朱允炆的皇位。但後來江山終究被朱棣所得。而上面的對聯卻成為二人命運的讖語。
話說朱允炆在湄江隱姓埋名，自稱應文和尚，留下了許多對聯詩話。其中對觀音崖風光的描寫聯“峰如巢風彩，崖似臥龍文。“
在長期的流亡過程中，朱允炆壹直以晉公子重耳的故事鞭策自己。希望有東山再起的壹天。但後來他慢慢地發現，朱 棣管理國家的能力比自己實在要強得多，也就慢慢地打消了這個念頭。有聯為證：“有夢難圓，塵世著魔迷木性；無風易醒，洞泉悟道靜凡心。“輕風吹拂著平靜的心，沈醉於大自然之中，哪還管什麽皇權富貴，都是過眼雲煙。
多年以後，朱允炆觸景傷情，詠聯壹副：“家從京畿而來，回首五嶽峨眉，此等山川甲天下；帝似堯舜以後，伉懷秦皇漢武，如我王孫曠古今。“這既是對湄江美麗風光的衷心贊美，也是對自己壹生坎坷命運的高度概括，更是對無奈現實的宣泄、壯誌難酬的遺憾的真實寫照。 “史書“說
“宮中火起，帝不知所終。燕王遣中使出帝後屍於火中“。
（在燕兵攻陷京師後，朱允炆）“遂闔宮自已焚燃。上望見宮中煙起，急遣中使往救，至已不及，中使出其屍於火中，還白上，上哭曰，果然，若是癡呆耶！“
朱棣登位後在給朝鮮國王的詔書上亦曰：“不期建文為權奸逼脅，闔宮自己焚燃“（《明實錄·太宗實錄》）。
“棣遣中使出後屍於火，詭雲帝屍，越八日壬申，用學士王景言，備禮葬之。“
“上入宮，忽火發，皇後馬氏暴崩，程濟奉上變僧服遁去。燕王遂入宮。因指燼中後骨以為上！“。
“出家為僧“說
（壹）湖南新田大觀堡說
湖南永州新田縣發現明代遺址大觀堡，該古城堡工程規模宏大，建築面積7000平方米，石頭壘成的堡壘周長346米，城墻殘高4米左右，疑為建文帝避難行宮。後經部分文物和史學專家多方求證，認為建文帝極有可能避難新田，中國明史學會會長商傳認為“建文帝蹤跡永州（新田）說出來最晚，但材料最硬”，““在全國多處出現的建文帝‘下落說’中，有的是傳說，有的只有族譜，而只有新田縣有相關碑刻”, “使建文帝研究向前推進了壹大步”，“成為關於建文下落的壹種很重要的說法”.
該說主要的證據有（不完全統計）：
1、龍池寺遺址碑刻記載“夫山曰安曇寺曰龍池”、“自大明皇朝先師鐵峯悟真流亡”、“剃本靖為僧‘燕師’”等；梅木塘碑刻記載“聖帝之壽誕，為同人之嘉節，首士齊集虔誠致祭……誓詞惟皇上禦極之年歲次月日等謹以……二帝神位前曰，惟二帝職司陰鑒”等。
2、大觀堡遺址
3、其他文物：象牙朝笏；道教神仙人物長卷畫；
4、《史氏族譜》記載
（二）東明寺說
萬歷《錢塘縣誌·紀制》記載：“東明寺在安溪大遮山前，建文君為僧至此，有遺像“。（《杭縣誌稿》卷八）“相傳朱允炆遁跡至此，時旭日始旦，題曰東明。自歸國後，方知為帝。今範其遺像。有手植牡丹，色白如銀“。明代嘉靖年間《留青日劄摘抄》、清代康熙年間《湖堧雜記》中也都有記載。
據2010年12月7日，余杭縣史誌辦張炳林先生從上海圖書館發現《東明寺誌》，翻開第壹頁，上面寫著“東明寺誌敘“五個大字。《東明寺誌》（三卷）清釋湛潛篡，清康熙十二年（1674年）版本。寺誌中是如此記載：“迨壬午金川變作，啟篋得楊應能度牒及披剃具，佛知運數巳定，乃僧服出遜，由吳興至錢塘遁棲東明山，親灸旵祖座下，凡六載，跡漸彰乃辭去。“由此可見，朱允炆到東明寺出家為僧不是空穴來風，是確有其人其事。當年眾僧們皆尊稱朱允炆為“應能問道老佛“，寺誌中還特地將“應能問道老佛“排列在祖師堂的第二位置，僅次於東明禪寺的開法祖師慧旵，明白無疑確定了東明禪寺與朱允炆之間的密切。其中還披露了二個重要信息：所謂“靜室“壹是當年東明寺開法禪師慧旵禪師的閉關之處，二是朱允炆在東明禪寺出家為僧的居所，這是初聞。
東明寺大雄寶殿內右側有朱允炆塑像，殿柱上刻有如下對聯：僧為帝，帝亦為僧，壹再傳，衣缽相授，留偈而化；叔負侄，侄不負叔，三百載，江山依舊，到老皆空。
朱允炆親手植之桂花，經過日寇焚燒，僅剩樹幹。但大難不死，第二年又綻新枝，現枝高葉茂，秋季花開，香溢四野，且金銀雙色各半，傳為奇談佳話。
孟將殿，原有座小廟現已毀，不知是否屬實？民間稱之“罵將殿“。 相傳明成祖派壹位朱允炆當朝時的武狀元出身將軍追殺朱允炆。追至東明山，朱允炆痛斥其助紂為虐。他進退兩難：遜帝有恩，今上難違。回京又無顏復命，終而自殺。因該將軍姓孟，後人建孟將軍廟以資紀念。
“自焚而死“說
據永樂年間《實錄》和《明史稿》的記載，朱允炆繼位後，即用兵部尚書齊泰和大常卿黃子澄謀，定策削藩。領兵在外、身為燕王的朱棣立即打著清君側的旗號，起兵南下，發起“靖難之役“。不到四年，燕王即揮師渡過長江，兵臨南京城下，朱允炆求和不允，只好死守，但是他的主帥李景隆卻打開金川門迎燕王大軍入城，滿朝文武紛紛投降。朱允炆眼看大勢已去，下令焚宮，頓時火光熊熊，朱允炆攜皇後馬氏，跳入火中自焚，妃嬪侍從等，大都亦隨其蹈火而死。燕王朱棣入宮後，清宮三日，搜查朱允炆下落。宮內侍人都說朱允炆已自焚，並從火堆裏扒出壹具燒焦的屍體證明之。燕王見到屍體，分不清男女，慘不忍睹。其繼位稱帝後，只得以天子“禮葬建文皇帝“。《明史·成祖本紀》及《明史·方孝儒傳》均持此說。
“遁入道門“說
據有學者考證，朱允炆晚年化名詹碧雲，隱蹤在江西上饒玉山三清山任三清宮住持道士，在三清福地借修建道教宮觀為掩護，巧妙修築了“明治山詹碧雲藏竹之所“的陵墓和其他相關石雕、楹聯、三清山石刻260余處，留下了“風流建水翁承贊，樽酒論文千載同“、“方豪上“、“都俞脫生“、“壺市安井“等壹系列可供考研的石刻隱逸文化密碼。
此外，在《明史·姚廣孝傳》和《胡濙傳》裏記載：明成祖朱棣當了皇帝後，對朱允炆自焚而死，也產生過懷疑，也有人告訴他那具燒焦的屍體是馬皇後的，朱允炆削發為僧外逃了。他就把朱允炆的主錄僧溥洽抓了起來關進監獄長達十余年，逼他供出朱允炆下落。並派鄭和下西洋“欲尋蹤跡“，派戶科都給事中胡濙遍行郡、鄉、邑長達16年，搜尋朱允炆下落，壹直到朱棣死前壹年的壹個晚上，他已睡下了，但聽說胡濙回來了，急忙穿上衣服，在臥室單獨召見。胡濙訪得朱允炆離開紫禁宮後，削發為僧，既沒有去神樂觀，也沒有去西南、東南周遊避難，而是被僧司溥洽所救，壹直藏在江蘇吳縣普洛寺內，此後壹心為僧，無復國之意。近年徐作生也通過查閱大量文獻和實地考察後，指出：永樂二十壹年（1423年），朱允炆死於江蘇吳縣穹窿山，終年46歲，葬於皇駕庵後的小山坡上。
也有人指出，朱允炆自焚身亡是歷史真實，因為當時燕軍兵臨城下，把紫禁宮團團圍住，朱允炆想逃也來不及了，更何況經考查也無鬼門、禦溝逃路。朱允炆也深知他的四叔是個貪權無厭、殘暴無情的武夫，落在他手裏決無好下場，不如以死了之為上策。燕王朱棣也絕不會讓朱允炆活下去，否則，他就不能當皇帝。朱棣為了不留下“殺侄奪位“之臭名，苦心尋找朱允炆下落，留下了歷史疑案。
綜上，朱棣在即位後，下令搜尋朱允炆，這是歷史事實。朱允炆的真正下落，至今仍是壹個未揭開的歷史之謎。
有的學者認為，朱允炆並沒有死，而是走了後門，到了山中去做了和尚，紅崖天書就是他寫下的。