“清華園”之名乃清代鹹豐皇帝所賜。清華園原址為康熙年間所修的熙春園的壹部分。在道光年間，原來的熙春園被分成東西兩個部分，西邊的園子被起名“迎春園”，東邊的園子仍名為“熙春園”。鹹豐皇帝登基之後，就將東邊的熙春園改名華園了。
現在清華園的工字廳後面的匾額為“水木清華”四字，兩旁有壹副對聯：檻外山光歷春夏秋冬萬千變幻都非凡境；窗中雲影任東西南北去來淡蕩洵是仙居。這“水木清華”四字典出晉代謝叔源的《遊西池》詩：景昃鳴禽集，水木湛清華。“湛”為澄清之意。因此廳後面有水池，所以就用了上面的詩句題匾為“水木清華”。
到了1910年，在清華園內用庚子賠款建造了“清華學堂”，於1911年正式開課，這就是清華大學的前身。